I. - Základné údaje

I.1 - Priezvisko

Vinař

I.2 - Meno

Tomáš

I.3 - Tituly

doc. Mgr. PhD.

I.4 - Rok narodenia

1976

I.5 - Názov pracoviska

Univerzita Komenského v Bratislave, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky

I.6 - Adresa pracoviska

Mlynská dolina, 842 48 Bratislava

I.7 - Pracovné zaradenie

docent

I.8 - E-mailová adresa

tomas.vinar@fmph.uniba.sk

I.9 - Hyperlink na záznam osoby v Registri zamestnancov vysokých škôl

https://www.portalvs.sk/regzam/detail/5517

I.10 - Názov študijného odboru, v ktorom osoba pôsobí na vysokej škole

informatika

I.11 - ORCID iD

0000-0003-3898-3447

II. - Vysokoškolské vzdelanie a ďalší kvalifikačný rast

II.1 - Vysokoškolské vzdelanie prvého stupňa

II.2 - Vysokoškolské vzdelanie druhého stupňa

II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie

Univerzita Komenského v Bratislave

II.b - Rok

1999

II.c - Odbor a program

informatika

II.3 - Vysokoškolské vzdelanie tretieho stupňa

II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie

University of Waterloo, Kanada

II.b - Rok

2006

II.c - Odbor a program

informatika

II.4 - Titul docent

II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie

Univerzita Komenského v Bratislave

II.b - Rok

2017

II.c - Odbor a program

informatika

II.5 - Titul profesor

II.6 - Titul DrSc.

III. - Súčasné a predchádzajúce zamestnania

III.a - Zamestnanie-pracovné zaradenie	III.b - Inštitúcia	III.c - Časové vymedzenie
docent (pred 06/2017 vedecký pracovník)	Univerzita Komenského v Bratislave	01/2009-doteraz
postdoktorandský výskumný pracovník	Cornell University, USA	08/2006-12/2008
research assistant professor	University of Waterloo, Canada	09/2005-07/2006
technický asistent / asistent	Univerzita Komenského v Bratislave	1994-1999

IV. - Rozvoj pedagogických, odborných, jazykových, digitálnych a iných zručností

IV.a - Popis aktivity, názov kurzu (ak išlo o kurz), iné	IV.b - Názov inštitúcie	IV.c - Rok
Test of English as Foreign Language (TOEFL)	ETS	1998
Úvod do metodiky e-learningu (školenie)	Univerzita Komenského v Bratislave	2021

V. - Prehľad aktivít v rámci pedagogického pôsobenia na vysokej škole

V.1 - Prehľad zabezpečovaných profilových študijných predmetov v aktuálnom akademickom roku podľa študijných programov

V.1.a - Názov profilového predmetu	V.1.b - Študijný program	V.1.c - Stupeň	V.1.d - Študijný odbor
Strojové učenie	aplikovaná informatika; informatika	II.	informatika
Metódy v bioinformatike	bioinformatika; informatika	I.; II.	informatika, biológia; informatika
Princípy dátovej vedy	dátová veda	I.	informatika, matematika
Efektívne algoritmy a dátové štruktúry	aplikovaná informatika	I.	informatika
Výzvy súčasnej bioinformatiky	bioinformatika	I.	informatika, biológia
Manažment dát	dátová veda; bioinformatika	I.	informatika, matematika; informatika, biológia
Genomika	informatika	II.	informatika

V.2 - Prehľad o zodpovednosti za uskutočňovanie, rozvoj a zabezpečenie kvality študijného programu alebo jeho časti na vysokej škole v aktuálnom akademickom roku

V.2.a - Názov študijného programu	V.2.b - Stupeň	V.2.c - Študijný odbor
Dátová veda	I.	informatika, matematika (medziodbor)

V.4 - Prehľad vedených záverečných prác

V.4.1 - Počet aktuálne vedených prác

V.4.a - Bakalárske (prvý stupeň)

0

V.4.b - Diplomové (druhý stupeň)

2

V.4.c - Dizertačné (tretí stupeň)

2

V.4.2 - Počet obhájených prác

V.4.a - Bakalárske (prvý stupeň)

15

V.4.b - Diplomové (druhý stupeň)

18

V.4.c - Dizertačné (tretí stupeň)

3

V.5 - Prehľad zabezpečovaných ostatných študijných predmetov podľa študijných programov v aktuálnom akademickom roku

V.5.a - Názov predmetu	V.5.b - Študijný program	V.5.c - Stupeň	V.5.d - Študijný odbor
Seminár z bioinformatiky	informatika; aplikovaná informatika	II.	informatika
Algoritmické riešenie ťažkých problémov	aplikovaná informatika	II.	informatika

VI. - Prehľad výsledkov tvorivej činnosti

VI.1 - Prehľad výstupov tvorivej činnosti a ohlasov na výstupy tvorivej činnosti

VI.1.1 - Počet výstupov tvorivej činnosti

VI.1.a - Celkovo

99

VI.1.b - Za posledných šesť rokov

32

VI.1.2 - Počet výstupov tvorivej činnosti registrovaných v databázach Web of Science alebo Scopus

VI.1.a - Celkovo

99

VI.1.b - Za posledných šesť rokov

32

VI.1.3 - Počet ohlasov na výstupy tvorivej činnosti

VI.1.a - Celkovo

4156

VI.1.b - Za posledných šesť rokov

1851

VI.1.4 - Počet ohlasov registrovaných v databázach Web of Science alebo Scopus na výstupy tvorivej činnosti

VI.1.a - Celkovo

4156

VI.1.b - Za posledných šesť rokov

1851

VI.1.5 - Počet pozvaných prednášok na medzinárodnej a národnej úrovni

VI.2 - Najvýznamnejšie výstupy tvorivej činnosti

1

Richard A Gibbs, Jeffrey Rogers, Michael G Katze, Roger Bumgarner, George M Weinstock, Tomas Vinar et al. Evolutionary and biomedical insights from the rhesus macaque genome. Science, 316(5822):222-234. 2007.

2

Carolin Kosiol, Tomas Vinar, Rute R. da Fonseca, Melissa J. Hubisz, Carlos D. Bustamante, Rasmus Nielsen, Adam Siepel. Patterns of positive selection in six Mammalian genomes. PLoS Genetics, 4(8):e1000144. 2008.

3

Vladimír Boža, Broňa Brejová, Tomáš Vinař. DeepNano: Deep recurrent neural networks for base calling in MinION nanopore reads. PLoS One, 12(6):e0178751. 2017.

4

Brona Brejova, Daniel G. Brown, Tomas Vinar. Vector seeds: an extension to spaced seeds. Journal of Computer and System Sciences, 70(3):364-380. 2005.

5

Vladimir Boza, Peter Peresini, Brona Brejova, Tomas Vinar. DeepNano-blitz: a fast base caller for MinION nanopore sequencers. Bioinformatics, 36(14):4191-4192. 2020.

VI.3 - Najvýznamnejšie výstupy tvorivej činnosti za ostatných šesť rokov

1

Vladimír Boža, Broňa Brejová, Tomáš Vinař. DeepNano: Deep recurrent neural networks for base calling in MinION nanopore reads. PLoS One, 12(6):e0178751. 2017.

2

Vladimir Boza, Peter Peresini, Brona Brejova, Tomas Vinar. DeepNano-blitz: a fast base caller for MinION nanopore sequencers. Bioinformatics, 36(14):4191-4192. 2020.

3

Baboon Genome Analysis Consortium. The Comparative Genomics and Complex Population History of Papio Baboons. Science Advances, 5(1):eaau6947. 2019

4

Kristina Borsova, Evan D. Paul, Viera Kovacova, Monika Radvanszka, Roman Hajdu, Viktoria Cabanova, Monika Slavikova, Martina Lickova, Lubomira Lukacikova, Andrej Belak, Lucia Roussier, Michaela Kosticova, Anna Liskova, Lucia Madarova, Maria Stefkovicova, Lenka Reizigova, Elena Novakova, Peter Sabaka, Alena Koscalova, Brona Brejova, Edita Staronova, Matej Misik, Tomas Vinar, Jozef Nosek, Pavol Cekan, Boris Klempa. Surveillance of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in Slovakia using a novel, multiplexedRT-qPCR assay. Scientific Reports, 11(1):20494. 2021.

5

Bronislava Brejova, Hana Lichancova, Filip Brazdovic, Eva Hegedusova, Michaela {Forgacova Jakubkova}, Viktoria Hodorova, Vladimira Dzugasova, Andrej Balaz, Lucia Zeiselova, Andrea Cillingova, Martina Nebohacova, Vladislav Raclavsky, Lubomir Tomaska, B. Franz Lang, Tomas Vinar, Jozef Nosek. Genome sequence of the opportunistic human pathogen Magnusiomyces capitatus. Current Genetics, 65(2):539-560. 2019.

VI.4 - Najvýznamnejšie ohlasy na výstupy tvorivej činnosti

1

Simpson, J.T., Wong, K., Jackman, S.D., Schein, J.E., Jones, S.J. and Birol, I., 2009. ABySS: a parallel assembler for short read sequence data. Genome research, 19(6), pp.1117-1123.

2

Yang, Z. and Dos Reis, M., 2010. Statistical properties of the branch-site test of positive selection. Molecular biology and evolution, 28(3), pp.1217-1228.

3

Ching, T., Himmelstein, D.S., Beaulieu-Jones, B.K., Kalinin, A.A., Do, B.T., Way, G.P., Ferrero, E., Agapow, P.M., Zietz, M., Hoffman, M.M. and Xie, W., 2018. Opportunities and obstacles for deep learning in biology and medicine. Journal of The Royal Society Interface, 15(141), p.20170387.

4

Gertz, E.M., Yu, Y.K., Agarwala, R., Schäffer, A.A. and Altschul, S.F., 2006. Composition-based statistics and translated nucleotide searches: improving the TBLASTN module of BLAST. BMC biology, 4(1), pp.1-14.

5

Silvestre-Ryan, J. and Holmes, I., 2021. Pair consensus decoding improves accuracy of neural network basecallers for nanopore sequencing. Genome biology, 22(1), pp.1-6.

VI.5 - Účasť na riešení (vedení) najvýznamnejších vedeckých projektov alebo umeleckých projektov za posledných šesť rokov

1

2021-2024: ALgorithms for PAngenome Computational Analysis, H2020 956229 (MSCA-ITN), ALPACA (zodpovedný riešiteľ za organizáciu)

2

2020-2025: Pan-genome Graph Algorithms and Data Integration, H2020 872539 (MSCA-RISE), PANGAIA (zodpovedný riešiteľ za organizáciu)

3

2018-2021: Chyby a neurčitosť v sekvenovaní DNA: Algoritmy a modely, VEGA 1/0458/18 (vedúci grantu)

4

2019-2023: Non-conventional applications of emerging sequencing technologies in comparative and functional genomics (Nekonvenčné aplikácie nových sekvenačných technológií v komparatívnej a funkčnej genomike), APVV-18-0239 (riešiteľ)

5

2014-2017: Algoritmy a modely pre analýzu komplexných biologických sekvencií, VEGA 1/0719/14 (vedúci grantu)

6

2022-2025: Bioinformatika patogénov a pangenómov, VEGA 1/0538/22 (vedúci grantu)

7

2021-2023: Pangenomics for personalized clinical management of infected patients based on viral genome and human exome, Operational Program Integrated Infrastructure ITMS2014: 313011ATL7

VII. - Prehľad aktivít v organizovaní vysokoškolského vzdelávania a tvorivých činností

VII.a - Aktivita, funkcia	VII.b - Názov inštitúcie, grémia	VII.c - Časové vymedzenia pôsobenia
Študentská vedecká konferencia FMFI UK, predseda / člen organizačného výboru	FMFI UK	2010-doteraz
Garant študijného program dátová veda	Univerzita Komenského v Bratislava	2020-doteraz

VIII. - Prehľad zahraničných mobilít a pôsobenia so zameraním na vzdelávanie a tvorivú činnosť v študijnom odbore

VIII.a - Názov inštitúcie	VIII.b - Sídlo inštitúcie	VIII.c - Obdobie trvania pôsobenia/pobytu (uviesť dátum odkedy dokedy trval pobyt)	VIII.d - Mobilitná schéma, pracovný kontrakt, iné (popísať)
University of Waterloo	200 University Ave W, Waterloo, ON, N2L 3G1, Canada	09/1999-11/2005	doktorandské štúdium
Simon Fraser University	8888 University Dr, Burnaby, BC, V5A 1S6, Canada	02/2022-08/2022	MSCA RISE

IX. - Iné relevantné skutočnosti

Dátum poslednej aktualizácie

10.11.2022

Meno a priezvisko	doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.
Typ dokumentu	Vedecko/umelecko-pedagogická charakteristika osoby

Názov vysokej školy	Univerzita Komenského v Bratislave
Sídlo vysokej školy	Šafárikovo námestie 6, 818 06 Bratislava
Názov fakulty	Fakulta matematiky, fyziky a informatiky
Sídlo fakulty	Mlynská dolina, 842 48 Bratislava