Vedecko/umelecko-pedagogická charakteristika osoby
Meno a priezvisko:
doc. RNDr. Tomáš Szemes, PhD.
Typ dokumentu:
Vedecko/umelecko-pedagogická charakteristika osoby
Názov vysokej školy:
Univerzita Komenského v Bratislave
Sídlo vysokej školy:
Šafárikovo námestie 6, 818 06 Bratislava

I. - Základné údaje

I.1 - Priezvisko
Szemes
I.2 - Meno
Tomáš
I.3 - Tituly
doc. RNDr., PhD.
I.4 - Rok narodenia
1980
I.5 - Názov pracoviska
Katedra molekulárnej biológie, Prírodovedecká fakulta, Univerzita Komenského v Bratislave
I.6 - Adresa pracoviska
Ilkovičova 6, 842 15 Bratislava
I.7 - Pracovné zaradenie
odborný asistent
I.8 - E-mailová adresa
tomas.szemes@uniba.sk
I.9 - Hyperlink na záznam osoby v Registri zamestnancov vysokých škôl
https://www.portalvs.sk/regzam/detail/4468
I.10 - Názov študijného odboru, v ktorom osoba pôsobí na vysokej škole
Biológia
I.11 - ORCID iD
0000-0002-0900-2534

II. - Vysokoškolské vzdelanie a ďalší kvalifikačný rast

II.1 - Vysokoškolské vzdelanie prvého stupňa
II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie
Univerzita Komenského v Bratislave, Prírodovedecká fakulta
II.b - Rok
2001
II.c - Odbor a program
Biológia, Molekulárna biológia
II.2 - Vysokoškolské vzdelanie druhého stupňa
II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie
Univerzita Komenského v Bratislave, Prírodovedecká fakulta
II.b - Rok
2003
II.c - Odbor a program
Biológia, Molekulárna biológia
II.3 - Vysokoškolské vzdelanie tretieho stupňa
II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie
Univerzita Komenského v Bratislave, Prírodovedecká fakulta
II.b - Rok
2010
II.c - Odbor a program
Biológia, Molekulárna biológia
II.4 - Titul docent
II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie
Univerzita Komenského v Bratislave, Prírodovedecká fakulta
II.b - Rok
2022
II.c - Odbor a program
Biológia, Molekulárna biológia
II.5 - Titul profesor
II.6 - Titul DrSc.

III. - Súčasné a predchádzajúce zamestnania

III.a - Zamestnanie-pracovné zaradenie III.b - Inštitúcia III.c - Časové vymedzenie
Vedecký pracovník Univerzita Komenského v Bratislave, Prírodovedecká fakulta 2006-2021
Vedecký pracovník Univerzita Komenského v Bratislave, Vedecký park 2016-2021
Vedúci vedecký pracovník Geneton s.r.o. 2011-2021
docent Univerzita Komenského v Bratislave, Prírodovedecká fakulta 2022 - doteraz
Výskumný pracovník - výskumník Univerzita Komenského v Bratislave, Vedecký park 2022 - doteraz

IV. - Rozvoj pedagogických, odborných, jazykových, digitálnych a iných zručností

V. - Prehľad aktivít v rámci pedagogického pôsobenia na vysokej škole

V.1 - Prehľad zabezpečovaných profilových študijných predmetov v aktuálnom akademickom roku podľa študijných programov
V.1.a - Názov profilového predmetu V.1.b - Študijný program V.1.c - Stupeň V.1.d - Študijný odbor
Informatika pre biológov Biológia a Medicínska biológia I. Biológia
Vysokoparalelné sekvenovanie a analýza dát Molekulárna biológia II. Biológia
Pokročilé metódy molekulárnej biológie Molekulárna biológia II. Biológia
Bioinformatics I. Biológia
Problémové úlohy a výpočty v molekulárnej biológii Molekulárna biológia II. Biológia
V.2 - Prehľad o zodpovednosti za uskutočňovanie, rozvoj a zabezpečenie kvality študijného programu alebo jeho časti na vysokej škole v aktuálnom akademickom roku
V.3 - Prehľad o zodpovednosti za rozvoj a kvalitu odboru habilitačného konania a inauguračného konania v aktuálnom akademickom roku
V.4 - Prehľad vedených záverečných prác
V.4.1 - Počet aktuálne vedených prác
V.4.a - Bakalárske (prvý stupeň)
0
V.4.b - Diplomové (druhý stupeň)
2
V.4.c - Dizertačné (tretí stupeň)
5
V.4.2 - Počet obhájených prác
V.4.a - Bakalárske (prvý stupeň)
12
V.4.b - Diplomové (druhý stupeň)
16
V.4.c - Dizertačné (tretí stupeň)
7
V.5 - Prehľad zabezpečovaných ostatných študijných predmetov podľa študijných programov v aktuálnom akademickom roku
V.5.a - Názov predmetu V.5.b - Študijný program V.5.c - Stupeň V.5.d - Študijný odbor
Marketing a ekonomika biotechnologických spoločností Molekulárna biológia II. Biológia

VI. - Prehľad výsledkov tvorivej činnosti

VI.1 - Prehľad výstupov tvorivej činnosti a ohlasov na výstupy tvorivej činnosti
VI.1.1 - Počet výstupov tvorivej činnosti
VI.1.a - Celkovo
215
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
95
VI.1.2 - Počet výstupov tvorivej činnosti registrovaných v databázach Web of Science alebo Scopus
VI.1.a - Celkovo
129
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
65
VI.1.3 - Počet ohlasov na výstupy tvorivej činnosti
VI.1.a - Celkovo
2859
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
2065
VI.1.4 - Počet ohlasov registrovaných v databázach Web of Science alebo Scopus na výstupy tvorivej činnosti
VI.1.a - Celkovo
2103
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
1602
VI.1.5 - Počet pozvaných prednášok na medzinárodnej a národnej úrovni
VI.1.a - Celkovo
7
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
6
VI.2 - Najvýznamnejšie výstupy tvorivej činnosti
1

Misova I, Pitelova A, Budis J, Gazdarica J, Sedlackova T, Jordakova A, Benko Z, Smondrkova M, Mayerova N, Pichlerova K, Strieskova L, Prevorovsky M, Gregan J, Cipak L, Szemes T, Polakova SB.

Repression of a large number of genes requires interplay between homologous recombination and HIRA.

Nucleic Acids Res. 2021 Feb 26;49(4):1914-1934.

2

Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S, Melidou A, Neher RA, O'Toole Á, Pereyaslov D; WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group; WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group*.

Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020.

Euro Surveill. 2020 Aug;25(32):2001410.

3

Budis J, Gazdarica J, Radvanszky J, Szucs G, Kucharik M, Strieskova L, Gazdaricova I, Harsanyova M, Duris F, Minarik G, Sekelska M, Nagy B, Turna J, Szemes T.

Combining count- and length-based z-scores leads to improved predictions in non-invasive prenatal testing.

Bioinformatics. 2019 Apr 15;35(8):1284-1291.

4

Pös O., Radvanszky J., Buglyó G., Pös Z., Rusnakova D., Nagy B., Szemes T.

DNA copy number variation: Main characteristics, evolutionary significance, and pathological aspects

(2021) Biomedical Journal, 44 (5), pp. 548 - 559.

5

Pös O., Biró O., Szemes T., Nagy B.

Circulating cell-free nucleic acids: Characteristics and applications

(2018) European Journal of Human Genetics, 26 (7), pp. 937 - 945

VI.3 - Najvýznamnejšie výstupy tvorivej činnosti za ostatných šesť rokov
1

Misova I, Pitelova A, Budis J, Gazdarica J, Sedlackova T, Jordakova A, Benko Z, Smondrkova M, Mayerova N, Pichlerova K, Strieskova L, Prevorovsky M, Gregan J, Cipak L, Szemes T, Polakova SB.

Repression of a large number of genes requires interplay between homologous recombination and HIRA. Nucleic Acids Res.

2021 Feb 26;49(4):1914-1934. doi: 10.1093/nar/gkab027.

2

Sládeček T., Gažiová M., Kucharík M., Zaťková A., Pös Z., Pös O., Krampl W., Tomková E., Hýblová M., Minárik G., Radvánszky J., Budiš J., Szemes T.

Combination of expert guidelines-based and machine learning-based approaches leads to superior accuracy of automated prediction of clinical effect of copy number variations

(2023) npj Scientific Reports, 13 (1), art. no. 10531

3

Styk J., Pös Z., Pös O., Radvanszky J., Turnova E.H., Buglyó G., Klimova D., Budis J., Repiska V., Nagy B., Szemes T.

Microsatellite instability assessment is instrumental for Predictive, Preventive and Personalised Medicine: status quo and outlook

(2023) EPMA Journal, 14 (1), pp. 143 - 165.

4

Pös O., Radvanszky J., Buglyó G., Pös Z., Rusnakova D., Nagy B., Szemes T.

DNA copy number variation: Main characteristics, evolutionary significance, and pathological aspects

(2021) Biomedical Journal, 44 (5), pp. 548 - 559.

5

Horti-Oravecz K., Bozsik A., Pócza T., Vereczkey I., Strausz T., Tóth E., Sedlackova T., Rusnakova D., Szemes T., Likó I., Oláh E., Butz H., Patócs A., Papp J., Grolmusz V.K.

Whole genome sequencing completes the molecular genetic testing workflow of patients with Lynch syndrome

(2025) npj Genomic Medicine, 10 (1), art. no. 5

VI.4 - Najvýznamnejšie ohlasy na výstupy tvorivej činnosti
1

Adrees, M., Ali, S., Rizwan, M., Zia-ur-Rehman, M., Ibrahim, M., Abbas, F., Farid, M., Qayyum, M.F., Irshad, M.K. Mechanisms of silicon-mediated alleviation of heavy metal toxicity in plants: A review (2015) Ecotoxicology and Environmental Safety, 119, pp. 186-197. Cited 715 times.

2

Mouliere, F., Chandrananda, D., Piskorz, A.M., Moore, E.K., Morris, J., Ahlborn, L.B., Mair, R., Goranova, T., Marass, F., Heider, K., Wan, J.C.M., Supernat, A., Hudecova, I., Gounaris, I., Ros, S., Jimenez-Linan, M., Garcia-Corbacho, J., Patel, K., Østrup, O., Murphy, S., Eldridge, M.D., Gale, D., Stewart, G.D., Burge, J., Cooper, W.N., Van Der Heijden, M.S., Massie, C.E., Watts, C., Corrie, P., Pacey, S., Brindle, K.M., Baird, R.D., Mau-Sørensen, M., Parkinson, C.A., Smith, C.G., Brenton, J.D., Rosenfeld, N. Enhanced detection of circulating tumor DNA by fragment size analysis (2018) Science Translational Medicine, 10 (466), . Cited 682 times.

3

Søreide, K., Sandvik, O.M., Søreide, J.A., Giljaca, V., Jureckova, A., Bulusu, V.R. Global epidemiology of gastrointestinal stromal tumours (GIST): A systematic review of population-based cohort studies (2016) Cancer Epidemiology, 40, pp. 39-46. Cited 541 times.

4

Singh, S., Singh, S.K., Chowdhury, I., Singh, R. Understanding the mechanism of bacterial biofilms resistance to antimicrobial agents (2017) Open Microbiology Journal, 11, pp. 53-62. Cited 520 times.

5

Montalbán-López M., Scott T.A., Ramesh S., Rahman I.R., Van Heel A.J., Viel J.H., Bandarian V., Dittmann E., Genilloud O., Goto Y., Grande Burgos M.J., Hill C., Kim S., Koehnke J., Latham J.A., Link A.J., Martínez B., Nair S.K., Nicolet Y., Rebuffat S., Sahl H.-G., Sareen D., Schmidt E.W., Schmitt L., Severinov K., Süssmuth R.D., Truman A.W., Wang H., Weng J.-K., Van Wezel G.P., Zhang Q., Zhong J., Piel J., Mitchell D.A., Kuipers O.P., Van Der Donk W.A.

New developments in RiPP discovery, enzymology and engineering

(2021) Natural Product Reports, 38 (1), pp. 130 - 239, Cited 441 times.

VI.5 - Účasť na riešení (vedení) najvýznamnejších vedeckých projektov alebo umeleckých projektov za posledných šesť rokov
1

Horizon Europe/FORGENOM II - Fostering Excellence in Advanced Genomics and Proteomics Research at Comenius University in Bratislava (HORIZON-WIDERA-2023-ACCESS-02-01 - Twinning Bottom-Up) - since 2024 - Principal Investigator of coordinator

2

H2020/PANGAIA - Pan-genome Graph Algorithms and Data Integration (MSCA-RISE-2019 - Research and Innovation Staff Exchange) - since 2020 - Principal Investigator of coordinator

3

OPVaI-VA/DP/2018 - Dlhodobý strategický výskum a vývoj zameraný na výskyt Lynchovho syndrómu v populácii SR a možnosti prevencie nádorov spojených s týmto syndrómom - 2020-2023 - Principal Investigator of coordinator

4

APVV-VV-21-0296/INCAM - Identifikácia nových biomarkerov spojených s relapsom metastatického kolorektálneho karcinómu po metastasektómii - since 2021 - Principal Investigator of coordinator

5

APVV-PP-COVID-20-0051/NecroCov - Analýza príčin úmrtia pacientov a optimalizácia diferenciálnej diagnostiky v súvislosti s infekciou SARS-CoV-2 v Slovenskej republike - since 2020 - Principal Investigator of coordinator

VII. - Prehľad aktivít v organizovaní vysokoškolského vzdelávania a tvorivých činností

VIII. - Prehľad zahraničných mobilít a pôsobenia so zameraním na vzdelávanie a tvorivú činnosť v študijnom odbore

IX. - Iné relevantné skutočnosti

Dátum poslednej aktualizácie
2025-02-28