Glasa M., Predajna L., Soltys K., Sabanadzovic S., Olmos A. (2015) Detection and molecular characterisation of Grapevine Syrah virus-1 isolates from Central Europe. Virus Genes, 51 (1) , pp. 112-121.

Kraková, L., Šoltys, K., Otlewska, A., Pietrzak, K., Purkrtová, S., Savická, D., Puškárová, A., Bučková, M., Szemes, T., Budiš, J., Demnerová, K., Gutarowska, B., Pangallo, D. Comparison of methods for identification of microbial communities in book collections: Culture-dependent (sequencing and MALDI-TOF MS) and culture-independent (Illumina MiSeq) (2018) International Biodeterioration and Biodegradation 131, pp. 51-59

Kraková, L., Šoltys, K., Puškárová, A., Bučková, M., Jeszeová, L., Kucharík, M., Budiš, J., Orovčík, L., Szemes, T.,

Pangallo, D. The microbiomes of a XVIII century mummy from the castle of Krásna Hôrka (Slovakia) and its surrounding environment (2018) Environmental Microbiology 20 (9), pp. 3294-3308.

Minarik G., Repiska G., Hyblova M., Nagyova E., Soltys K., Budis J., Duris F., (...), Szemes T. (2015) Utilization of benchtop next generation sequencing platforms ion torrent PGM and miseq in noninvasive prenatal testing for chromosome 21 trisomy and testing of impact of in silico and physical size selection on its analytical

performance PLoS ONE, 10 (12) , art. no. e0144811

Vďačný, P., Érseková, E., Šoltys, K., Budiš, J., Pecina, L., Rurik, I. Co-existence of multiple bacterivorous clevelandellid ciliate species in hindgut of wood-feeding cockroaches in light of their prokaryotic consortium (2018) Scientific reports 8 (1), art. no. 17749

Soltys, K., Stuchlikova, M., Hlavaty, T., Gaalova, B., Budis, J., Gazdarica, J., Krajcovicova, A., Zelinkova, Z.,Szemes, T., Kuba, D., Drahovska, H., Turna, J., Stuchlik, S. Seasonal changes of circulating 25-hydroxyvitamin D correlate with the lower gut microbiome composition in inflammatory bowel disease patients (2020) Scientific Reports 10 (1), art. no. 6024

Tomova, A., Soltys, K., Kemenyova, P., Karhanek, M., Babinska, K. The influence of food intake specificity in children with autism on gut microbiota (2020) International Journal of Molecular Sciences 21 (8), art. no. 2797

Bielik, V., Hric, I., BaláŽ, V., Penesová, A., Vávrová, S., Grones, J., Bokor, B., Budiš, J., Bohmer, M., Minárik, G., Augustovičová, D., Šoltys, K. Gut microbiota diversity in lean athletes is associated with positive energy balance (2020) . Annals of Nutrition and Metabolism

Šoltys, K., Planý, M., Biocca, P., Vianello, V., Bučková, M., Puškárová, A., Sclocchi, M.C., Colaizzi, P., Bicchieri, M., Pangallo, D., Pinzari, F. Lead soaps formation and biodiversity in a XVIII Century wax seal coloured with minium(2020) Environmental Microbiology 22 (4), pp. 1517-1534

Vďačný, P., Érseková, E., Šoltys, K., Budiš, J., Pecina, L., Rurik, I. Co-existence of multiple bacterivorous clevelandellid ciliate species in hindgut of wood-feeding cockroaches in light of their prokaryotic consortium (2018) Scientific reports 8 (1), art. no. 17749

Mouliere, F., Chandrananda, D., Piskorz, A.M., Moore, E.K., Morris, J., Ahlborn, L.B., Mair, R., Goranova, T., Marass, F., Heider, K., Wan, J.C.M., Supernat, A., Hudecova, I., Gounaris, I., Ros, S., Jimenez-Linan, M., Garcia-Corbacho, J., Patel, K., Østrup, O., Murphy, S., Eldridge, M.D., Gale, D., Stewart, G.D., Burge, J., Cooper, W.N., Van Der Heijden, M.S., Massie, C.E., Watts, C., Corrie, P., Pacey, S., Brindle, K.M., Baird, R.D., Mau-Sørensen, M., Parkinson, C.A., Smith, C.G., Brenton, J.D., Rosenfeld, N. Enhanced detection of circulating tumor DNA by fragment size analysis (2018) Science Translational Medicine, 10 (466), . Cited 155 times.IF: 11.64

Pinheiro, A.C., Sequeira, S.O., Macedo, M.F. Fungi in archives, libraries, and museums: a review on paper conservation and human health (2019) Critical Reviews in Microbiology, 45 (5-6), pp. 686-700. Cited 2 times.IF: 5.79

Dissanayake, A.J., Purahong, W., Wubet, T., Hyde, K.D., Zhang, W., Xu, H., Zhang, G., Fu, C., Liu, M., Xing, Q., Li, X., Yan, J. Direct comparison of culture-dependent and culture-independent molecular approaches reveal the diversity of fungal endophytic communities in stems of grapevine (Vitis vinifera) (2018) Fungal Diversity, 90 (1), pp. 85-107. Cited 35 times. IF: 15.09

Dan, Z., Mao, X., Liu, Q., Guo, M., Zhuang, Y., Liu, Z., Chen, K., Chen, J., Xu, R., Tang, J., Qin, L., Gu, B., Liu, K., Su, C., Zhang, F., Xia, Y., Hu, Z., Liu, X. Altered gut microbial profile is associated with abnormal metabolism activity of Autism Spectrum Disorder (2020) Gut Microbes, 11 (5), pp. 1246-1267. Cited 7 times.IF 8.0

Langdon, Q.K., Peris, D., Kyle, B., Hittinger, C.T. Sppider: A species identification tool to investigate hybrid genomes with high-throughput sequencing (2018) Molecular Biology and Evolution, 35 (11), pp. 2835-2849. Cited 13 times.IF 14

VEGA 1/0404/19 - Identifikácia adaptačných mechanizmov u kliešťa Ixodes ricinus počas cicania na úrovni individuálnych orgánov a identifikácia nových biomarkerov využiteľných pri príprave vakcín proti zoonózam prenášaných kliešťom Ixodes ricinus - VEGA - 2019-2022 (vedúci projektu) . Pre pochopenie podstaty epigenetických mechanizmov kliešťa je nevyhnutná analýza génovej expresie kódujúcich RNA, ale aj malých regulačných RNA. Naša štúdia sa preto sústredí na vytvorenie referenčného transkriptómu kódujúcich RNA a identifikáciu malých RNA, ako aj analýzu transkriptómu jednotlivých orgánov kliešťov pomocou masívne-paralelného sekvenovania, ktoré budú využité ako základ pre ďalšie epigenetické štúdie kliešťa ako modelového organizmu pri vývine vakcín. 

APVV-17-0099 - Ovplyvnenie črevnej mikrobioty telesným pohybom a stravou v zdravej populácii a u pacientov s neprenosnými chronickými ochoreniami – APVV - 2018-2022 (zodpovedný riešiteľ za PriFUK) Cieľom predkladaného projektu je charakterizovať črevnú mikrobiotu na jednotlivých taxonomických úrovniach v zdravej bežnej populácii, v skupine seniorov, v populácii športovcov a u pacientov s neprenosnými chronickými ochoreniami. Projekt je zároveň zameraný na modifikáciu črevnej mikrobioty telesným pohybom, stravou a zistiť vplyv týchto zmien na zdravotný stav seniorov a pacientov s neprenosnými chronickými ochoreniami. 

APVV-16-0411 - Faktory vedúce k druhovej rozmanitosti ektoparazitov APVV-2017-2021 (člen RK) Hlavným cieľom modernej ekológie je hľadanie faktorov ovplyvňujúcich rozmanitosť druhov a jej priestorovú

premenlivosť. 

APVV-14-0327 - Identifikácia nových biomarkerov a alternatívnych prístupov k analýze nádorovej DNA využiteľných v diagnostike a prognostike rakoviny prsníka – APVV - 2015-2018 (člen RK) Cieľom projektu bola identifikácia nových biomarkerových molekúl v biologickom materiály pacientiek pre účely včasnej diagnostiky rakoviny prsníka. Cieľom bol multidisciplinárny prístup reprezentovaný kombináciou mutačných MPS analýz (normálneho a nádorového tkaniva), analýz zmien expresie RNA a analýz patologicko-anatomických zmien v nádorovom tkanive. Jedným z cieľov bol aj skríning nádorovej DNA reprezentovanej analýzou cirkulujúcich nádorových DNA (ctDNA) pomocou neinvazívnych metód.

APVV-14-0400 - Využitie sekvenovania novej generácie pre analýzu virómu medicínsky a hospodársky významných organizmov APVV- 2015-2018 (člen RK) Cieľom predkladaného projektu bola optimalizácia metód NGS a následného bioinformatického spracovania získaných dát pre analýzu vírusových genómov priamo vo vzorkách prirodzených hostiteľských organizmov ako aj aplikácia optimalizovaných metód pre identifikáciu nových alebo novo sa objavujúcich vírusov, ako aj podrobná molekulárna charakterizácia populácie prítomných vírusov - virómu – vybraných modelových medicínsky a hospodársky významných hostiteľov, akými sú drobné cicavce a poľnohospodárske rastliny.