Vedecko/umelecko-pedagogická charakteristika osoby
Meno a priezvisko:
doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.
Typ dokumentu:
Vedecko/umelecko-pedagogická charakteristika osoby
Názov vysokej školy:
Univerzita Komenského v Bratislave
Sídlo vysokej školy:
Šafárikovo námestie 6, 818 06 Bratislava

I. - Základné údaje

I.1 - Priezvisko
Vinař
I.2 - Meno
Tomáš
I.3 - Tituly
doc. Mgr., PhD.
I.4 - Rok narodenia
1976
I.5 - Názov pracoviska
Univerzita Komenského v Bratislave, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky
I.6 - Adresa pracoviska
Mlynská dolina, 842 48 Bratislava
I.7 - Pracovné zaradenie
docent
I.8 - E-mailová adresa
tomas.vinar@fmph.uniba.sk
I.9 - Hyperlink na záznam osoby v Registri zamestnancov vysokých škôl
https://www.portalvs.sk/regzam/detail/5517
I.10 - Názov študijného odboru, v ktorom osoba pôsobí na vysokej škole
informatika
I.11 - ORCID iD
0000-0003-3898-3447

II. - Vysokoškolské vzdelanie a ďalší kvalifikačný rast

II.1 - Vysokoškolské vzdelanie prvého stupňa
II.2 - Vysokoškolské vzdelanie druhého stupňa
II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie
Univerzita Komenského v Bratislave
II.b - Rok
1999
II.c - Odbor a program
informatika
II.3 - Vysokoškolské vzdelanie tretieho stupňa
II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie
University of Waterloo, Kanada
II.b - Rok
2006
II.c - Odbor a program
informatika
II.4 - Titul docent
II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie
Univerzita Komenského v Bratislave
II.b - Rok
2017
II.c - Odbor a program
informatika
II.5 - Titul profesor
II.6 - Titul DrSc.

III. - Súčasné a predchádzajúce zamestnania

III.a - Zamestnanie-pracovné zaradenie III.b - Inštitúcia III.c - Časové vymedzenie
docent (pred 06/2017 vedecký pracovník) Univerzita Komenského v Bratislave 01/2009-doteraz
postdoktorandský výskumný pracovník Cornell University, USA 08/2006-12/2008
research assistant professor University of Waterloo, Canada 09/2005-07/2006
technický asistent / asistent Univerzita Komenského v Bratislave 1994-1999

IV. - Rozvoj pedagogických, odborných, jazykových, digitálnych a iných zručností

IV.a - Popis aktivity, názov kurzu (ak išlo o kurz), iné IV.b - Názov inštitúcie IV.c - Rok
Test of English as Foreign Language (TOEFL) ETS 1998
Úvod do metodiky e-learningu (školenie) Univerzita Komenského v Bratislave 2021
Prístupnosť webového sídla UK (školenie) Univerzita Komenského v Bratislave 2024

V. - Prehľad aktivít v rámci pedagogického pôsobenia na vysokej škole

V.1 - Prehľad zabezpečovaných profilových študijných predmetov v aktuálnom akademickom roku podľa študijných programov
V.1.a - Názov profilového predmetu V.1.b - Študijný program V.1.c - Stupeň V.1.d - Študijný odbor
Strojové učenie aplikovaná informatika; informatika II. informatika
Metódy v bioinformatike bioinformatika; informatika I.; II. informatika, biológia; informatika
Princípy dátovej vedy dátová veda I. informatika, matematika
Efektívne algoritmy a dátové štruktúry aplikovaná informatika I. informatika
Výzvy súčasnej bioinformatiky bioinformatika I. informatika, biológia
Manažment dát dátová veda; bioinformatika I. informatika, matematika; informatika, biológia
Genomika informatika II. informatika
V.2 - Prehľad o zodpovednosti za uskutočňovanie, rozvoj a zabezpečenie kvality študijného programu alebo jeho časti na vysokej škole v aktuálnom akademickom roku
V.2.a - Názov študijného programu V.2.b - Stupeň V.2.c - Študijný odbor
Dátová veda I. informatika, matematika (medziodbor)
V.3 - Prehľad o zodpovednosti za rozvoj a kvalitu odboru habilitačného konania a inauguračného konania v aktuálnom akademickom roku
V.4 - Prehľad vedených záverečných prác
V.4.1 - Počet aktuálne vedených prác
V.4.a - Bakalárske (prvý stupeň)
2
V.4.b - Diplomové (druhý stupeň)
2
V.4.c - Dizertačné (tretí stupeň)
2
V.4.2 - Počet obhájených prác
V.4.a - Bakalárske (prvý stupeň)
15
V.4.b - Diplomové (druhý stupeň)
18
V.4.c - Dizertačné (tretí stupeň)
3
V.5 - Prehľad zabezpečovaných ostatných študijných predmetov podľa študijných programov v aktuálnom akademickom roku
V.5.a - Názov predmetu V.5.b - Študijný program V.5.c - Stupeň V.5.d - Študijný odbor
Seminár z bioinformatiky informatika; aplikovaná informatika II. informatika
Algoritmické riešenie ťažkých problémov aplikovaná informatika II. informatika

VI. - Prehľad výsledkov tvorivej činnosti

VI.1 - Prehľad výstupov tvorivej činnosti a ohlasov na výstupy tvorivej činnosti
VI.1.1 - Počet výstupov tvorivej činnosti
VI.1.a - Celkovo
118
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
36
VI.1.2 - Počet výstupov tvorivej činnosti registrovaných v databázach Web of Science alebo Scopus
VI.1.a - Celkovo
118
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
36
VI.1.3 - Počet ohlasov na výstupy tvorivej činnosti
VI.1.a - Celkovo
5207
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
1970
VI.1.4 - Počet ohlasov registrovaných v databázach Web of Science alebo Scopus na výstupy tvorivej činnosti
VI.1.a - Celkovo
5207
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
1970
VI.1.5 - Počet pozvaných prednášok na medzinárodnej a národnej úrovni
VI.1.a - Celkovo
2
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
2
VI.2 - Najvýznamnejšie výstupy tvorivej činnosti
1
Richard A Gibbs, Jeffrey Rogers, Michael G Katze, Roger Bumgarner, George M Weinstock, Tomas Vinar et al. Evolutionary and biomedical insights from the rhesus macaque genome. Science, 316(5822):222-234. 2007.
2
Carolin Kosiol, Tomas Vinar, Rute R. da Fonseca, Melissa J. Hubisz, Carlos D. Bustamante, Rasmus Nielsen, Adam Siepel. Patterns of positive selection in six Mammalian genomes. PLoS Genetics, 4(8):e1000144. 2008.
3
Vladimír Boža, Broňa Brejová, Tomáš Vinař. DeepNano: Deep recurrent neural networks for base calling in MinION nanopore reads. PLoS One, 12(6):e0178751. 2017.
4
Brona Brejova, Daniel G. Brown, Tomas Vinar. Vector seeds: an extension to spaced seeds. Journal of Computer and System Sciences, 70(3):364-380. 2005.
5
Vladimir Boza, Peter Peresini, Brona Brejova, Tomas Vinar. DeepNano-blitz: a fast base caller for MinION nanopore sequencers. Bioinformatics, 36(14):4191-4192. 2020.
VI.3 - Najvýznamnejšie výstupy tvorivej činnosti za ostatných šesť rokov
1
Vladimir Boza, Peter Peresini, Brona Brejova, Tomas Vinar. DeepNano-blitz: a fast base caller for MinION nanopore sequencers. Bioinformatics, 36(14):4191-4192. 2020.
2

Kristina Borsova, Evan D. Paul, Viera Kovacova, Monika Radvanszka, Roman Hajdu, Viktoria Cabanova, Monika Slavikova, Martina Lickova, Lubomira Lukacikova, Andrej Belak, Lucia Roussier, Michaela Kosticova, Anna Liskova, Lucia Madarova, Maria Stefkovicova, Lenka Reizigova, Elena Novakova, Peter Sabaka, Alena Koscalova, Brona Brejova, Edita Staronova, Matej Misik, Tomas Vinar, Jozef Nosek, Pavol Cekan, Boris Klempa. Surveillance of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in Slovakia using a novel, multiplexedRT-qPCR assay. Scientific Reports, 11(1):20494. 2021.

3

Peter Peresini, Vladimir Boza, Brona Brejova, Tomas Vinar. Nanopore Base Calling on the Edge. Bioinformatics, 37(24):4661-4667. 2021.

4

Jozef Sitarcik, Tomas Vinar, Brona Brejova, Werner Krampl, Jaroslav Budis, Jan Radvanszky, Maria Lucka. WarpSTR: determining tandem repeat lengths using raw nanopore signals. Bioinformatics, 39(6). 2023.

5

Askar Gafurov, Andrej Balaz, Fabian Amman, Kristina Borsova, Viktoria Cabanova, Boris Klempa, Andreas Bergthaler, Tomas Vinar, Brona Brejova. VirPool: model-based estimation of SARS-CoV-2 variant proportions in wastewater samples. BMC Bioinformatics, 23(1):551. 2022.

VI.4 - Najvýznamnejšie ohlasy na výstupy tvorivej činnosti
1
Simpson, J.T., Wong, K., Jackman, S.D., Schein, J.E., Jones, S.J. and Birol, I., 2009. ABySS: a parallel assembler for short read sequence data. Genome research, 19(6), pp.1117-1123.
2
Yang, Z. and Dos Reis, M., 2010. Statistical properties of the branch-site test of positive selection. Molecular biology and evolution, 28(3), pp.1217-1228.
3
Ching, T., Himmelstein, D.S., Beaulieu-Jones, B.K., Kalinin, A.A., Do, B.T., Way, G.P., Ferrero, E., Agapow, P.M., Zietz, M., Hoffman, M.M. and Xie, W., 2018. Opportunities and obstacles for deep learning in biology and medicine. Journal of The Royal Society Interface, 15(141), p.20170387.
4
Gertz, E.M., Yu, Y.K., Agarwala, R., Schäffer, A.A. and Altschul, S.F., 2006. Composition-based statistics and translated nucleotide searches: improving the TBLASTN module of BLAST. BMC biology, 4(1), pp.1-14.
5
Silvestre-Ryan, J. and Holmes, I., 2021. Pair consensus decoding improves accuracy of neural network basecallers for nanopore sequencing. Genome biology, 22(1), pp.1-6.
VI.5 - Účasť na riešení (vedení) najvýznamnejších vedeckých projektov alebo umeleckých projektov za posledných šesť rokov
1
2021-2024: ALgorithms for PAngenome Computational Analysis, H2020 956229 (MSCA-ITN), ALPACA (zodpovedný riešiteľ za organizáciu)
2

2020-2025: Pan-genome Graph Algorithms and Data Integration, H2020 872539 (MSCA-RISE), PANGAIA (zodpovedný riešiteľ za organizáciu)

3
2018-2021: Chyby a neurčitosť v sekvenovaní DNA: Algoritmy a modely, VEGA 1/0458/18 (vedúci grantu)
4
2019-2023: Non-conventional applications of emerging sequencing technologies in comparative and functional genomics (Nekonvenčné aplikácie nových sekvenačných technológií v komparatívnej a funkčnej genomike), APVV-18-0239 (riešiteľ)
5
2014-2017: Algoritmy a modely pre analýzu komplexných biologických sekvencií, VEGA 1/0719/14 (vedúci grantu)
6

2022-2025: Bioinformatika patogénov a pangenómov, VEGA 1/0538/22 (vedúci grantu)

7

2021-2023: Pangenomics for personalized clinical management of infected patients based on viral genome and human exome, Operational Program Integrated Infrastructure ITMS2014: 313011ATL7

VII. - Prehľad aktivít v organizovaní vysokoškolského vzdelávania a tvorivých činností

VII.a - Aktivita, funkcia VII.b - Názov inštitúcie, grémia VII.c - Časové vymedzenia pôsobenia
Študentská vedecká konferencia FMFI UK, predseda / člen organizačného výboru FMFI UK 2010-doteraz
Garant študijného program dátová veda Univerzita Komenského v Bratislava 2020-doteraz

VIII. - Prehľad zahraničných mobilít a pôsobenia so zameraním na vzdelávanie a tvorivú činnosť v študijnom odbore

VIII.a - Názov inštitúcie VIII.b - Sídlo inštitúcie VIII.c - Obdobie trvania pôsobenia/pobytu (uviesť dátum odkedy dokedy trval pobyt) VIII.d - Mobilitná schéma, pracovný kontrakt, iné (popísať)
University of Waterloo 200 University Ave W, Waterloo, ON, N2L 3G1, Canada 09/1999-11/2005 doktorandské štúdium
Simon Fraser University 8888 University Dr, Burnaby, BC, V5A 1S6, Canada 02/2022-08/2022 MSCA RISE

IX. - Iné relevantné skutočnosti

Dátum poslednej aktualizácie
2026-03-02