Vedecko/umelecko-pedagogická charakteristika osoby
Meno a priezvisko:
doc. Mgr. Bronislava Brejová, PhD.
Typ dokumentu:
Vedecko/umelecko-pedagogická charakteristika osoby
Názov vysokej školy:
Univerzita Komenského v Bratislave
Sídlo vysokej školy:
Šafárikovo námestie 6, 818 06 Bratislava

I. - Základné údaje

I.1 - Priezvisko
Brejová
I.2 - Meno
Bronislava
I.3 - Tituly
doc. Mgr. PhD.
I.4 - Rok narodenia
1976
I.5 - Názov pracoviska
Univerzita Komenského v Bratislave, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky
I.6 - Adresa pracoviska
Mlynská dolina, 842 48 Bratislava
I.7 - Pracovné zaradenie
profesor
I.8 - E-mailová adresa
bronislava.brejova@fmph.uniba.sk
I.9 - Hyperlink na záznam osoby v Registri zamestnancov vysokých škôl
https://www.portalvs.sk/regzam/detail/5516
I.10 - Názov študijného odboru, v ktorom osoba pôsobí na vysokej škole
informatika
I.11 - ORCID iD
0000-0002-9483-1766

II. - Vysokoškolské vzdelanie a ďalší kvalifikačný rast

II.1 - Vysokoškolské vzdelanie prvého stupňa
II.2 - Vysokoškolské vzdelanie druhého stupňa
II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie
Univerzita Komenského v Bratislave
II.b - Rok
1999
II.c - Odbor a program
informatika
II.3 - Vysokoškolské vzdelanie tretieho stupňa
II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie
University of Waterloo, Kanada
II.b - Rok
2006
II.c - Odbor a program
informatika
II.4 - Titul docent
II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie
Univerzita Komenského v Bratislave
II.b - Rok
2014
II.c - Odbor a program
informatika
II.5 - Titul profesor
II.6 - Titul DrSc.

III. - Súčasné a predchádzajúce zamestnania

III.a - Zamestnanie-pracovné zaradenie III.b - Inštitúcia III.c - Časové vymedzenie
profesor Univerzita Komenského v Bratislave júl 2022 - doteraz
docent Univerzita Komenského v Bratislave 2014-2022
vedecký pracovník Univerzita Komenského v Bratislave 2009-2014
vedecký pracovník Cornell University, USA 2006-2008
vedecký odborný asistent University of Waterloo, Kanada 2005-2006
technický asistent / asistent Univerzita Komenského v Bratislave 1996-1999

IV. - Rozvoj pedagogických, odborných, jazykových, digitálnych a iných zručností

IV.a - Popis aktivity, názov kurzu (ak išlo o kurz), iné IV.b - Názov inštitúcie IV.c - Rok
Test of English as Foreign Language (TOEFL) ETS 1998
Výskumný pobyt na zahraničnej inštitúcii Simon Fraser University, Kanada 2022 6 mesiacov, 2023 2 mesiace, 2024 1 mesiac
Školenie Prístupnosť webového sídla UK Univerzita Komenského v Bratislave 2024

V. - Prehľad aktivít v rámci pedagogického pôsobenia na vysokej škole

V.1 - Prehľad zabezpečovaných profilových študijných predmetov v aktuálnom akademickom roku podľa študijných programov
V.1.a - Názov profilového predmetu V.1.b - Študijný program V.1.c - Stupeň V.1.d - Študijný odbor
Programovanie (1) v C/C++ informatika I. informatika
Bakalársky seminár (1), (2) bioinformatika, dátová veda I. informatika a biológia, informatika a matematika
Metódy v bioinformatike bioinformatika, informatika I., II. informatika, informatika a biológia
Manažment dát dátová veda, bioinformatika, informatika I., II. informatika a matematika, informatika a biológia, informatika
Genomika informatika II. informatika
Teória a metodológia informatiky informatika III. informatika
Vizualizácia dát dátová veda, bioinformatika I. informatika a matematika, informatika a biológia
V.2 - Prehľad o zodpovednosti za uskutočňovanie, rozvoj a zabezpečenie kvality študijného programu alebo jeho časti na vysokej škole v aktuálnom akademickom roku
V.2.a - Názov študijného programu V.2.b - Stupeň V.2.c - Študijný odbor
Bioinformatika I. informatika a biológia
V.3 - Prehľad o zodpovednosti za rozvoj a kvalitu odboru habilitačného konania a inauguračného konania v aktuálnom akademickom roku
V.4 - Prehľad vedených záverečných prác
V.4.1 - Počet aktuálne vedených prác
V.4.a - Bakalárske (prvý stupeň)
3
V.4.b - Diplomové (druhý stupeň)
0
V.4.c - Dizertačné (tretí stupeň)
1
V.4.2 - Počet obhájených prác
V.4.a - Bakalárske (prvý stupeň)
17
V.4.b - Diplomové (druhý stupeň)
24
V.4.c - Dizertačné (tretí stupeň)
5
V.5 - Prehľad zabezpečovaných ostatných študijných predmetov podľa študijných programov v aktuálnom akademickom roku
V.5.a - Názov predmetu V.5.b - Študijný program V.5.c - Stupeň V.5.d - Študijný odbor
Seminár z bioinformatiky informatika II. informatika

VI. - Prehľad výsledkov tvorivej činnosti

VI.1 - Prehľad výstupov tvorivej činnosti a ohlasov na výstupy tvorivej činnosti
VI.1.1 - Počet výstupov tvorivej činnosti
VI.1.a - Celkovo
82
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
28
VI.1.2 - Počet výstupov tvorivej činnosti registrovaných v databázach Web of Science alebo Scopus
VI.1.a - Celkovo
82
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
28
VI.1.3 - Počet ohlasov na výstupy tvorivej činnosti
VI.1.a - Celkovo
2115
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
885
VI.1.4 - Počet ohlasov registrovaných v databázach Web of Science alebo Scopus na výstupy tvorivej činnosti
VI.1.a - Celkovo
2115
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
885
VI.1.5 - Počet pozvaných prednášok na medzinárodnej a národnej úrovni
VI.1.a - Celkovo
18
VI.1.b - Za posledných šesť rokov
2
VI.2 - Najvýznamnejšie výstupy tvorivej činnosti
1

Brejova B., Brown D.G., Li M., Vinar T. ExonHunter: A comprehensive approach to gene finding 2005, Bioinformatics, (SUPPL. 1) pp. i57-i65.

2

B. Brejova, D. G. Brown, T. Vinar. Vector seeds: an extension to spaced seeds. Journal of Computer and System Sciences, 70(3):364-380. 2005.

3

Worley K.C, Warren W.C., Rogers J. (...) Brejova B. et al. The common marmoset genome provides insight into primate biology and evolution. Nature genetics. 2014 Aug;46(8):850.

4

V. Boža, B. Brejová, T. Vinař. DeepNano: Deep recurrent neural networks for base calling in MinION nanopore reads. PloS One, 12(6):e0178751. 2017

5

R.R. Da Fonseca, A. Couto A, A.M. Machado, B. Brejova et al. A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux. GigaScience. 2020 Jan;9(1):giz152.

VI.3 - Najvýznamnejšie výstupy tvorivej činnosti za ostatných šesť rokov
1

Sitarčík, J., Vinař, T., Brejová, B., Krampl, W., Budiš, J., Radvánszky, J. and Lucká, M., 2023. WarpSTR: Determining tandem repeat lengths using raw nanopore signals. Bioinformatics, 39(6), p.btad388.


2

Mane, A., Faizrahnemoon, M., Vinař, T., Brejová, B. and Chauve, C., 2023. PlasBin-flow: a flow-based MILP algorithm for plasmid contigs binning. Bioinformatics, 39(Supplement_1), pp.i288-i296.

3

A. Gafurov, B. Brejová, P. Medvedev. Markov chains improve the significance computation of overlapping genome annotations. Bioinformatics. 2022 38(I203-I211).

4

Gafurov, A., Baláž, A., Amman, F., Boršová, K., Čabanová, V., Klempa, B., Bergthaler, A., Vinař, T. and Brejová, B., 2022. VirPool: model-based estimation of SARS-CoV-2 variant proportions in wastewater samples. BMC Bioinformatics, 23(1), p.551.

5

R.R. Da Fonseca, A. Couto A, A.M. Machado, B. Brejova et al. A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux. GigaScience. 2020 Jan;9(1):giz152.

VI.4 - Najvýznamnejšie ohlasy na výstupy tvorivej činnosti
1

Brejova B., Brown D.G., Li M., Vinar T. ExonHunter: A comprehensive approach to gene finding 2005, Bioinformatics, (SUPPL. 1) pp. i57-i65.

Citované v / cited in:

Rätsch G, Sonnenburg S, Srinivasan J, Witte H, Müller KR, Sommer RJ, Schölkopf B. Improving the Caenorhabditis elegans genome annotation using machine learning. PLoS Computational Biology. 2007 Feb;3(2):e20.

2

B. Brejova, D. G. Brown, T. Vinar. Vector seeds: an extension to spaced seeds. Journal of Computer and System Sciences, 70(3):364-380. 2005.

Citované v / cited in:

Csuros, M. and Ma, B., 2007. Rapid homology search with neighbor seeds. Algorithmica, 48(2), pp.187-202.

3

Worley K.C, Warren W.C., Rogers J. (...) Brejova B. et al. The common marmoset genome provides insight into primate biology and evolution. Nature genetics. 2014 Aug;46(8):850.

Citované v / cited in:

Sundaram L, Gao H, Padigepati SR, McRae JF, Li Y, Kosmicki JA, Fritzilas N, Hakenberg J, Dutta A, Shon J, Xu J. Predicting the clinical impact of human mutation with deep neural networks. Nature genetics. 2018 Aug;50(8):1161-70.

4

V. Boža, B. Brejová, T. Vinař. DeepNano: Deep recurrent neural networks for base calling in MinION nanopore reads. PloS One, 12(6):e0178751. 2017

Citované v / cited in:

Ching, T., Himmelstein, D.S., Beaulieu-Jones, B.K., Kalinin, A.A., Do, B.T., Way, G.P., Ferrero, E., Agapow, P.M., Zietz, M., Hoffman, M.M. and Xie, W., 2018. Opportunities and obstacles for deep learning in biology and medicine. Journal of The Royal Society Interface, 15(141), p.20170387.

5

R.R. Da Fonseca, A. Couto A, A.M. Machado, B. Brejova et al. A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux. GigaScience. 2020 Jan;9(1):giz152.

Citované v / cited in:

Davison A, Neiman M. Mobilizing molluscan models and genomes in biology. Philosophical Transactions of the Royal Society B. 2021 May 24;376(1825):20200163.

VI.5 - Účasť na riešení (vedení) najvýznamnejších vedeckých projektov alebo umeleckých projektov za posledných šesť rokov
1

2021-2024: ALgorithms for PAngenome Computational Analysis, H2020 956229 (MSCA-ITN), ALPACA (riešiteľka)

2

2020-2023: Pan-genome Graph Algorithms and Data Integration, H2020 872539 (MSCA-RISE), PANGAIA (riešiteľka)

3
2020-2023 Alternatívne reprezentácie veľkých genomických dát, VEGA 1/0463/20 (vedúca projektu)
4

2023-2027: Comparative transcriptomics as a window to the world of fundamental biological processes APVV-22-0144 (riešiteľka)

5
2016-2019 Algoritmy pre heterogénne sekvenačné dáta novej generácie VEGA 1/0684/16 (vedúca projektu)

VII. - Prehľad aktivít v organizovaní vysokoškolského vzdelávania a tvorivých činností

VII.a - Aktivita, funkcia VII.b - Názov inštitúcie, grémia VII.c - Časové vymedzenia pôsobenia
Členka hodnotiacej komisie VEGA Vedecká grantová agentúra 2021-doteraz
Členka edičnej rady časopisu Journal of Bioinformatics and Computational Biology World Scientific 2015-doteraz
Členka programového výborov medzinárodných konferencií SPIRE 2021 ( String processing and information retrieval), RECOMB – Comparative Genomics 2021 a 2022, MFCS 2020 (Mathematical Foundations of Computer Science) 2020, 2021, 2022
Členka Vedeckej rady FMFI UK FMFI UK 2022-doteraz
Členka etickej komisie FMFI UK FMFI UK 2021-doteraz

VIII. - Prehľad zahraničných mobilít a pôsobenia so zameraním na vzdelávanie a tvorivú činnosť v študijnom odbore

VIII.a - Názov inštitúcie VIII.b - Sídlo inštitúcie VIII.c - Obdobie trvania pôsobenia/pobytu (uviesť dátum odkedy dokedy trval pobyt) VIII.d - Mobilitná schéma, pracovný kontrakt, iné (popísať)
University of Waterloo Waterloo, Ontario, Kanada 09/1999-11/2005 PhD štúdium
Cornell University Ithaca, New York, USA 08/2006-12/2008 postdoktorandský pobyt
University of Wroclaw Wroclaw, Poľsko 03/2015 inštruktorka doktorandského predmetu, 6 dní
Simon Fraser University Burnaby, British Columbia, Kanada 02/2022 - 08/2022, 07/2023-08/2023, 08/2023 Výskumné pobyty v rámci projektu PANGAIA

IX. - Iné relevantné skutočnosti

Dátum poslednej aktualizácie
2025-01-09