Vedecko/umelecko-pedagogická charakteristika osoby

Meno a priezvisko:	doc. Mgr. Pavol Bokes, PhD.
Typ dokumentu:	Vedecko/umelecko-pedagogická charakteristika osoby
Názov vysokej školy:	Univerzita Komenského v Bratislave
Sídlo vysokej školy:	Šafárikovo námestie 6, 818 06 Bratislava

I. - Základné údaje

I.1 - Priezvisko

Bokes

I.2 - Meno

Pavol

I.3 - Tituly

doc. Mgr. PhD.

I.4 - Rok narodenia

1983

I.5 - Názov pracoviska

Katedra aplikovanej matematiky a štatistiky, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky Univerzity Komenského

I.6 - Adresa pracoviska

Mlynská dolina, 84248 Bratislava

I.7 - Pracovné zaradenie

docent

I.8 - E-mailová adresa

pavol.bokes@fmph.uniba.sk

I.9 - Hyperlink na záznam osoby v Registri zamestnancov vysokých škôl

https://www.portalvs.sk/regzam/detail/5762

I.10 - Názov študijného odboru, v ktorom osoba pôsobí na vysokej škole

matematika

I.11 - ORCID iD

0000-0002-8414-6933

II. - Vysokoškolské vzdelanie a ďalší kvalifikačný rast

II.1 - Vysokoškolské vzdelanie prvého stupňa

II.2 - Vysokoškolské vzdelanie druhého stupňa

II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie

Univerzita Komenského

II.b - Rok

2006

II.c - Odbor a program

matematika, matematická analýza

II.3 - Vysokoškolské vzdelanie tretieho stupňa

II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie

University of Nottingham

II.b - Rok

2010

II.c - Odbor a program

matematika

II.4 - Titul docent

II.a - Názov vysokej školy alebo inštitúcie

Univerzita Komenského

II.b - Rok

2016

II.c - Odbor a program

matematika

II.5 - Titul profesor

II.6 - Titul DrSc.

III. - Súčasné a predchádzajúce zamestnania

III.a - Zamestnanie-pracovné zaradenie	III.b - Inštitúcia	III.c - Časové vymedzenie
docent	Univerzita Komenského	2016-dnes
odborný asistent	Univerzita Komenského	2010-2016

IV. - Rozvoj pedagogických, odborných, jazykových, digitálnych a iných zručností

V. - Prehľad aktivít v rámci pedagogického pôsobenia na vysokej škole

V.1 - Prehľad zabezpečovaných profilových študijných predmetov v aktuálnom akademickom roku podľa študijných programov

V.1.a - Názov profilového predmetu	V.1.b - Študijný program	V.1.c - Stupeň	V.1.d - Študijný odbor
Diferenčné a diferenciálne rovnice	mEFM	2	matematika
Markovovské procesy II	mPMS	2	matematika
Markovovské procesy I	mPMS	2	matematika
Stochastické metódy operačnej analýzy	mEMM	magister	matematika

V.2 - Prehľad o zodpovednosti za uskutočňovanie, rozvoj a zabezpečenie kvality študijného programu alebo jeho časti na vysokej škole v aktuálnom akademickom roku

V.2.a - Názov študijného programu	V.2.b - Stupeň	V.2.c - Študijný odbor
Pravdepodobnosť a matematická štatistika	mag	matematika
Poistná matematika	bak	matematika

V.3 - Prehľad o zodpovednosti za rozvoj a kvalitu odboru habilitačného konania a inauguračného konania v aktuálnom akademickom roku

V.4 - Prehľad vedených záverečných prác

V.4.1 - Počet aktuálne vedených prác

V.4.a - Bakalárske (prvý stupeň)

3

V.4.b - Diplomové (druhý stupeň)

2

V.4.c - Dizertačné (tretí stupeň)

1

V.4.2 - Počet obhájených prác

V.4.a - Bakalárske (prvý stupeň)

13

V.4.b - Diplomové (druhý stupeň)

11

V.4.c - Dizertačné (tretí stupeň)

2

V.5 - Prehľad zabezpečovaných ostatných študijných predmetov podľa študijných programov v aktuálnom akademickom roku

VI. - Prehľad výsledkov tvorivej činnosti

VI.1 - Prehľad výstupov tvorivej činnosti a ohlasov na výstupy tvorivej činnosti

VI.1.1 - Počet výstupov tvorivej činnosti

VI.1.a - Celkovo

26

VI.1.b - Za posledných šesť rokov

16

VI.1.2 - Počet výstupov tvorivej činnosti registrovaných v databázach Web of Science alebo Scopus

VI.1.a - Celkovo

21

VI.1.b - Za posledných šesť rokov

13

VI.1.3 - Počet ohlasov na výstupy tvorivej činnosti

VI.1.a - Celkovo

268

VI.1.b - Za posledných šesť rokov

157

VI.1.4 - Počet ohlasov registrovaných v databázach Web of Science alebo Scopus na výstupy tvorivej činnosti

VI.1.a - Celkovo

215

VI.1.b - Za posledných šesť rokov

136

VI.1.5 - Počet pozvaných prednášok na medzinárodnej a národnej úrovni

VI.1.a - Celkovo

14

VI.1.b - Za posledných šesť rokov

6

VI.2 - Najvýznamnejšie výstupy tvorivej činnosti

1

Bokes, P., King, J. R., Wood, A. T., & Loose, M. (2012). Exact and approximate distributions of protein and mRNA levels in the low-copy regime of gene expression. Journal of mathematical biology, 64(5), 829-854.

2

Bokes, P., King, J. R., Wood, A. T., & Loose, M. (2012). Multiscale stochastic modelling of gene expression. Journal of mathematical biology, 65(3), 493-520.

3

Bokes, Pavol, John R. King, Andrew TA Wood, and Matthew Loose. "Transcriptional bursting diversifies the behaviour of a toggle switch: hybrid simulation of stochastic gene expression." Bulletin of mathematical biology 75, no. 2 (2013): 351-371.

4

Bokes, P., & Singh, A. (2017). Gene expression noise is affected differentially by feedback in burst frequency and burst size. Journal of mathematical biology, 74(6), 1483-1509.

5

Bokes, P., Borri, A., Palumbo, P., & Singh, A. (2020). Mixture distributions in a stochastic gene expression model with delayed feedback: a WKB approximation approach. Journal of Mathematical Biology, 81(1), 343-367.

VI.3 - Najvýznamnejšie výstupy tvorivej činnosti za ostatných šesť rokov

1

Bokes, P., Borri, A., Palumbo, P., & Singh, A. (2020). Mixture distributions in a stochastic gene expression model with delayed feedback: a WKB approximation approach. Journal of Mathematical Biology, 81(1), 343-367.

2

Bokes, P. (2022). Postponing production exponentially enhances the molecular memory of a stochastic switch. European Journal of Applied Mathematics, 33(1), 182-199.

3

Bokes, P. (2022). Stationary and time-dependent molecular distributions in slow-fast feedback circuits. SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, 21(2), 903-931.

4

Bokes, P., & King, J. R. (2019). Limit-cycle oscillatory coexpression of cross-inhibitory transcription factors: a model mechanism for lineage promiscuity. Mathematical medicine and biology: a journal of the IMA, 36(1), 113-137.

5

Bokes, P. (2019). Maintaining gene expression levels by positive feedback in burst size in the presence of infinitesimal delay. Discrete & Continuous Dynamical Systems-B, 24(10), 5539.

VI.4 - Najvýznamnejšie ohlasy na výstupy tvorivej činnosti

1

Bokes, P., & Singh, A. (2017). Gene expression noise is affected differentially by feedback in burst frequency and burst size. Journal of mathematical biology, 74(6), 1483-1509. [o1] 2017 - Falk, J. - Mendler, M. - Drossel, B. : A minimal model of burst-noise induced bistability. - In: PLoS ONE, Vol. 12, No. 4, 2017 ; Art. No. e0176410 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2018 - Lin, Y. T. - Buchler, N. E. : Efficient analysis of stochastic gene dynamics in the non-adiabatic regime using piecewise deterministic Markov processes. - In: Journal of the Royal Society Interface, Vol. 15, No. 138, 2018 ; Art. No. 20170804 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2018 - Mendler, M. - Falk, J. - Drossel, B. : Analysis of stochastic bifurcations with phase portraits. - In: PLoS ONE, Vol. 13, No. 4, 2018 ; Art. No. e0196126 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2018 - Wang, H. - Liu, P. - Li, Q. - Zhou, T. : Entangled signal pathways can both control expression stability and induce stochastic focusing. - In: Febs Letters, Vol. 592, No. 7, 2018 ; s. 1135-1149 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2019 - Canizo, J. A. - Carrillo, J. A. - Pajaro, M. : Exponential equilibration of genetic circuits using entropy methods. - In: Journal of Mathematical Biology, Vol. 78, No. 1-2, 2019 ; s. 373-411 ; SCI ; SCOPUS

2

Bokes, Pavol, John R. King, Andrew TA Wood, and Matthew Loose. "Transcriptional bursting diversifies the behaviour of a toggle switch: hybrid simulation of stochastic gene expression." Bulletin of mathematical biology 75, no. 2 (2013): 351-371. [o1] 2014 - Newby, J. M. : Spontaneous excitability in the Morris-Lecar model with ion channel noise. - In: SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, Vol. 13, No. 4, 2014 ; s. 1756-1791 ; SCI ; SCOPUS [o3] 2014 - Newby, J. M. - Bressloff, P. C. - Keener, J. P. : Breakdown of fast-slow analysis in an excitable system with channel noise: supplementary material. - In: Physical Review Leetters, Vol. 111, No. 12, 2013 ; Art. No. 128101, http://www.math.utah.edu/~bresslof/publications/13-8.pdf [o1] 2015 - Potoyan, D. A. - Wolynes, P. G. : Dichotomous noise models of gene switches. - In: Journal of Chemical Physics, Vol. 143, No. 19, 2015 ; Art. No. 195101 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2016 - Lin, Y. T. - Galla, T. : Bursting noise in gene expression dynamics: linking microscopic and mesoscopic models. - In: Journal of the Royal Society Interface, Vol. 13, No. 114, 2016 ; Art. No. 20150772 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2016 - Lin, Y. T. - Doering, C. R. : Gene expression dynamics with stochastic bursts: Construction and exact results for a coarse-grained model. - In: Physical Review E, Vol. 93, No. 2, 2016 ; Art. No. 022409 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2016 - Mackey, M. C. - Santillan, M. - Tyran-Kaminska, M. - Zeron, E. S. : Simple Mathematical Models of Gene Regulatory Dynamics Preface. - In: Simple Mathematical Models of Gene Regulatory Dynamics : Lecture Notes on Mathematical Modelling in the Life Sciences . - Cham : Springer, 2016 ; 124 s. ; BKCI-S [o1] 2016 - Mackey, M. C. - Tyran-Kaminska, M. : The limiting dynamics of a bistable molecular switch with and without noise. - In: Journal of Mathematical Biology, Vol. 73, No. 2, 2016 ; s. 367-395 ; SCI ; SCOPUS

3

Bokes, P., King, J. R., Wood, A. T., & Loose, M. (2012). Exact and approximate distributions of protein and mRNA levels in the low-copy regime of gene expression. Journal of mathematical biology, 64(5), 829-854. [o1] 2015 - Feigelman, J. - Popovic, N. - Marr, C. : A case study on the use of scale separation-based analytical propagators for parameter inference in models of stochastic gene regulation. - In: Journal of Coupled Systems and Multiscale Dynamics, Vol. 3, No. 2, 2015 ; s. 164-173 [o1] 2015 - Jansen, M. - Pfaffelhuber, P. : Stochastic gene expression with delay. - In: Journal of Theoretical Biology, Vol. 364, 2015 ; s. 355-363 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2015 - Kumar, N. - Singh, A. - Kulkarni, R. V. : Transcriptional Bursting in Gene Expression: Analytical Results for General Stochastic Models. - In: Plos Computational Biology, Vol. 11, No. 10, 2015 ; Art. No. e1004292 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2015 - Ruess, J. : Minimal moment equations for stochastic models of biochemical reaction networks with partially finite state space. - In: Journal of Chemical Physics, Vol. 143, No. 24, 2015 ; Art. No. 244103 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2015 - Thomas, P. - Grima, R. : Approximate probability distributions of the master equation. - In: Physical Review E, Vol. 92, No. 1, 2015 ; Art. No. 012120 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2016 - Jedrak, J. - Ochab-Marcinek, A. : Influence of gene copy number on self-regulated gene expression. - In: Journal of Theoretical Biology, Vol. 408, 2016 ; s. 222-236 ; SCI ; SCOPUS

4

Bokes, P., King, J. R., Wood, A. T., & Loose, M. (2012). Multiscale stochastic modelling of gene expression. Journal of mathematical biology, 65(3), 493-520. [o1] 2017 - Dessalles, R. - Fromion, V. - Robert, P. : A stochastic analysis of autoregulation of gene expression. - In: Journal of Mathematical Biology, Vol. 75, No. 5, 2017 ; s. 1253-1283 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2017 - Schnoerr, D. - Sanguinetti, G. - Grima, R. : Approximation and inference methods for stochastic biochemical kinetics-a tutorial review. - In: Journal of Physics A-Mathematical and Theoretical, Vol. 50, No. 9, 2017 ; Art. No. 093001, s. 1-60 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2017 - Vazquez-Jimenez, A. - Santillan, M. - Rodriguez-Gonzalez, J. : How the extrinsic noise in gene expression can be controlled?. - In: IFAC Papersonline, Vol. 50, No. 1 . - Amsterdam : Elsevier Science Bv, 2017 ; S. 15092-15096 ; CPCI-S ; SCOPUS [o1] 2017 - Winkelmann, S. - Schuette, C. : Hybrid models for chemical reaction networks: Multiscale theory and application to gene regulatory systems. - In: Journal of Chemical Physics, Vol. 147, No. 11, 2017 ; Art. No. 114115 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2018 - Czuppon, P. - Pfaffelhuber, P. : Limits of noise for autoregulated gene expression. - In: Journal of Mathematical Biology, Vol. 77, No. 4, 2018 ; s. 1153-1191 ; SCI ; SCOPUS

5

Bokes, P., & King, J. R. (2019). Limit-cycle oscillatory coexpression of cross-inhibitory transcription factors: a model mechanism for lineage promiscuity. Mathematical medicine and biology: a journal of the IMA, 36(1), 113-137. [o1] 2020 - Gilbert, K. - Hammond, K. D. - Brodsky, V. Y. - Lloyd, D. : An appreciation of the prescience of Don Gilbert (1930–2011): master of the theory and experimental unravelling of biochemical and cellular oscillatory dynamics. - In: Cell Biology International, Vol. 44, No. 6, 2020 ; s. 1283-1298 ; SCI ; SCOPUS [o1] 2020 - Jia, C. - Grima, R. : Dynamical phase diagram of an auto-regulating gene in fast switching conditions. - In: Journal of Chemical Physics, Vol. 152, No. 17, 2020 ; Art. No. 74110 ; SCI ; SCOPUS

VI.5 - Účasť na riešení (vedení) najvýznamnejších vedeckých projektov alebo umeleckých projektov za posledných šesť rokov

1

APVV-18-0308 Nelineárne javy v dynamických systémoch z prírodných a technických vied, spoluriešiteľ, 2019-2023

2

VEGA 1/0339/21 Kvalitatívne vlastnosti riešení eliptických a evolučných rovníc, spoluriešiteľ, 2021-2023

3

Špičkový tím Bratislavská škola kvalitatívnej teórie diferenciálnych rovníc, spoluriešiteľ, 2015-2022

4

VEGA 1/0339/21 Kvalitatívne vlastnosti riešení eliptických a evolučných rovníc, spoluriešiteľ, 2021-dnes

5

VEGA 1/0755/22 Matematické modelovanie biologických a epidemiologických procesov, vedúci, 2022-2024

VII. - Prehľad aktivít v organizovaní vysokoškolského vzdelávania a tvorivých činností

VII.a - Aktivita, funkcia	VII.b - Názov inštitúcie, grémia	VII.c - Časové vymedzenia pôsobenia
Podpredseda	Akademický senát FMFI UK	2022 - dnes
Člen	Výbor slovenskej matematickej spoločnosti	2020 - dnes
Katetrový Koordinátor	Erazmus+	2023 - dnes

VIII. - Prehľad zahraničných mobilít a pôsobenia so zameraním na vzdelávanie a tvorivú činnosť v študijnom odbore

IX. - Iné relevantné skutočnosti