Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. (2015) Molecular Biology of the Cell, 5th edition, Garland Science.

Lodish, H., Berk, A., Kaiser, C. A., Krieger, M., Bretscher, A., Ploegh, H., Amon, A., Ploegh, H., Bretscher, A., Krieger, M., Martin., K, C. (2016). Molecular Cell Biology. 8th Edition, W. H. Freeman and Company.

Krebs J. E., Goldstein E. S., Kilpatrick S. T. (2014) Lewin's GENES XI, Jones & Bartlett Learning.

V priebehu semestra budú týždenné krátke písomné testy. Celkové hodnotenie semináru tvoria výsledky z písomných testov a aktivita pri riešení úloh počas seminárov. Hodnotenie bude udeľované nasledovne: A - vynikajúce výsledky, B –nadpriemerná práca, C - bežná spoľahlivá práca, D - prijateľné výsledky, E - výsledky spĺňajúce minimálne kritériá. Kredity nebudú udelené študentovi, ktorý z priemeru hodnotenia všetkých absolvovaných písomných previerok získa menej ako 50 %.

Predmet sa uskutočňuje prezenčnou formou. V prípade situácie, ktorá prezenčnú formu neumožní, vyučujúci rozhodne o spôsobe dištančnej formy výučby.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

predmet sa poskytuje len v zimnom semestri

Organizácia genómu v prokaryotoch a eukaryotoch. Regulácia transkripcie. Eukaryotické transkripčné aktivátory a represory. Eukaryotická kontrola terminácie transkripcie. Úloha chromatínu v kontrole génovej expresie. Post-transkripčná regulácia expresie génov u eukaryotov a úloha regulačných RNA. Prenos bunkového signálu. Signálne dráhy. Regulácia bunkového cyklu.

Po absolvovaní predmetu si študenti na základe riešenia problémových úloh z oblasti regulácie expresie prokaryotických a eukaryotických génov, bunkovej signalizácie a regulácie bunkového cyklu prehĺbia teoretické poznatky získané v predmete Molekulárna biológia bunky 1 a naučia sa analyzovať experimentálne údaje vedúce k týmto poznatkom.

Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. (2008) Molecular Biology of the Cell, 5th edition, Garland Science

Alberts B., Bray D. Hopkin K., Johnson A. D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. (2014) Essential Cell Biology, 4th edition, Garland Science

Lodish, H., Berk, A., Kaiser, C. A., Krieger, M., Bretscher, A., Ploegh, H., Amon, A., Scott, M. P. (2013). Molecular Cell Biology. 7th Edition, W. H. Freeman and Company.

Krebs J. E., Goldstein E. S., Kilpatrick S. T. (2014) Lewin's GENES XI, Jones & Bartlett Learning

Ku kurzu je k dispozícii doplnkový študijný materiál v moodle.uniba.sk a v MS Teams.

Na absolvovanie predmetu bude potrebné získať minimálne 60 % bodov z písomného testu. Zvyšných 40 % bude rozdelených do piatich intervalov zodpovedajúcich hodnoteniu A-E: 60-69 % = E; 69-77 % = D; 77-85 % = C; 85-92 % = B; 92-100 % = A. Test bude zostavený z problémových úloh, ktoré overia schopnosť študentov interpretovať experimentálne výsledky z oblastí molekulárnej biológie bunky, ktoré budú predmetom kurzu.

Predmet sa uskutočňuje prezenčnou formou. V prípade situácie, ktorá prezenčnú formu neumožní, vyučujúci rozhodne o spôsobe dištančnej formy výučby.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku).

Odporúča sa absolvovanie predmetu Seminár k molekulárnej biológii bunky 1. V záujme jednotného hodnotenia bude vypísaný jeden riadny, jeden 1. opravný a jeden 2. opravný termín. Termíny budú oznámené v priebehu prvých dvoch týždňov kurzu. Predmet bude vyučovaný iba v zimnom semestri.

Kontrola génovej expresie v eukaryotoch

Génová kontrola v prokaryotoch a eukaryotoch – účely a všeobecné princípy. Prokaryoty verzus eukaryoty. Bakteriálny operón a eukaryotické mRNA. Transkripčné jednotky - jednoduché a komplexné.

Regulácia transkripcie - Iniciácia transkripcie - podobnosti a odlišnosti medzi baktériami a eukaryotami. Základný transkripčný aparát. Transkripčné faktory: bazálne, „upstream“ a indukovateľné. Regulačné elementy eukaryotickej DNA: promótory, promótor-proximálne elementy a zosilňovače („enhancery“). Identifikácia promótorových elementov. Eukaryotické RNA polymerázy. Transkripčné jednotky pre RNA polymerázu I. Štruktúra promótora pre RNA polymerázu I. „Downstream“ a „upstream“ promótory pre RNA polymerázu III. RNA polymeráza II a jej faktory. TFIID a TBP – štruktúra a funkcie. Tvorba iniciačného komplexu. Prepojenie transkripcie a opravy DNA. Krátke sekvenčné elementy v promótoroch pre RNA polymerázu II. „Linker scanning“, mutagenéza. Gény bez TATA boxov. Princípy pôsobenia zosilňovačov transkripcie.

Eukaryotické transkripčné aktivátory a represory – biochemické a genetické metódy používané k ich identifikácii. Modulový charakter trans-faktorov - DNA-väzbové a aktivačné domény. GAL4 a hybridné systémy. Interakcie medzi bazálnym transkripčným aparátom a „upstream“ faktormi. Rôznorodosť proteínových štruktúr v DNA-väzbových doménach. Homeodomény proteínov. Zinkové prsty, leucínové prsty, „helix-loop-helix“ a iné. Homodimérne a heterodimérne transkripčné faktory a multiproteínové komplexy. Mechanizmy pôsobenia represorov. Regulácia aktivity transkripčných faktorov.

Eukaryotická kontrola terminácie transkripcie – charakteristika a odlišnosti od bakteriálnej terminácie. Terminačné faktory. Predčasná terminácia. Antiterminácia.

Úloha chromatínu v kontrole génovej expresie. Euchromatín a heterochromatín. Históny a histónový kód, posttranslačné modifikácie histónov. Nukleozómy a ich rozmiestnenie. Heterochromatínový pozičný efekt. Remodelovanie chromatínu. Chromatínové slučky a vzdialené interakcie. Chromozómové teritóriá. Interakcie chromatínu s membránou jadra. Funkčné elementy eukaryotického chromozómu (centroméry, teloméry a počiatky replikácie). Metódy analýzy chromatínu. Projekt ENCODE.

Post-transkripčná regulácia expresie génov.

RNA prepínače a regulačné RNA u prokaryotov. Úrovne kontroly expresie génov u eukaryotov a úloha regulačných RNA. Úprava primárnych transkriptov, modifikácia 5' a 3' koncov, hnRNA a hnRNP. RNA-DNA hybridy a zostrih transkriptov, zostrihové polohy, princíp trans-esterifikačnej reakcie, úloha snRNP a cyklus zostrihu, trans-zostrih, samozostrih (selfsplicing), evolúcia zostrihu, intrón skupiny I ako príklad katalytickej RNA. Regulácia zostrihu, alternatívny zostrih a tvorba proteínových izoforiem, determinácia (vymedzenie) pohlavia u drozofíl. Úprava rRNA a tRNA, editovanie RNA v jadrách cicavcov a organelách rastlín a trypanozomatíd. Regulácia transportu RNA z jadra do cytoplazmy, funkcia vírusového proteínu Rev. Lokalizácia a stabilita RNA, polčas rozpadu (?) RNA, funkcia 3'UTR, exozóm, nonsense-mediated RNA decay. RNA interferencia ako regulačný a obranný mechanizmus buniek, jej experimentálne použitie.

Prenos bunkového signálu

Všeobecné princípy bunkovej signalizácie, komponenty bunkových signálnych dráh, proteín kinázy, proteín fosfatázy, fosfolipázy, adaptorové proteíny, signálne lipidy, G-proteíny, koncepcia signálnych poslov, signálne kaskády, ligand-receptorové interakcie, receptory pre steroidné hormóny, povrchové receptory, receptory spriahnuté s iónovými kanálmi. Signálne dráhy využívajúce heterotrimerické G-proteíny, história štúdia adrenalín-závislej signálnej dráhy, efektory heterotrimerických G-proteínov, receptory s enzymatickou aktivitou, receptorové proteín tyrozín kinázy, ras-závislá signálna dráha ako prototyp signálnej kaskády, efektory malej GTPázy ras, MAP kinázová kaskáda, jej komponenty a evolučný pôvod. Extracelulárna matrix a jej význam v bunkovej signalizácii, integrín-závislé signálne dráhy, deregulácia bunkových signálnych dráh a jej následky pre nádorovú transformáciu živočíšnych buniek. Bunkové signálne dráhy v evolučnej perspektíve, bunka ako kognitívny systém, kvasinkové signálne dráhy, agregácia Dictyostelium discoideum, porovnanie signálnych dráh: prokaryotické versus eukaryotické, resp. jednobunkové versus mnohobunkové organizmy, signálne komplexy ako výpočtové jednotky, molekulárny „crowding“ a jeho následky pre bunkovú signalizáciu, modelovanie bunkových signálnych dráh, signálne siete a ich analógia s neurónovými sieťami, emergentné správanie bunkových signálnych sietí.

Regulácia bunkového cyklu

História štúdia bunkového cyklu, koncepcia kontrolných bodov bunkového cyklu, maturácia oocytov Xenopus laevis ako modelový systém pre izoláciu maturačného promočného faktora, kvasinkové cdc mutanty, Cdc28p ako rozhodujúci komponent kontroly bunkového cyklu, úloha proteín-proteínových interakcií a post-translačných modifikácií v regulácii bunkového cyklu, proteazóm a jeho funkcia v regulácii bunkového cyklu. Molekulárne princípy zastavenia bunkového cyklu indukovaného poškodením na úrovni DNA, p53 ako „strážca“ genómu, Rb a jeho úloha v regulácii bunkového cyklu, možné scenáre evolúcie bunkového cyklu eukarytotov.

Po absolvovaní predmetu budú mať študenti prehľad o princípoch regulácie génovej expresie, architektúre chromatínu a jej vzťahu k aktivite génov, molekulárnym základom bunkovej signalizácie a regulácie bunkového cyklu a účasti bunkových signálnych dráh v ontogenéze eukaryotických organizmov.

Forma výučby: prednáška / seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2/2 Za obdobie štúdia: 26 / 26

Metóda štúdia: prezenčná, dištančná

Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. (2014) Molecular Biology of the Cell, Garland Science.

Alberts B. a kol. (2014) Essential Cell Biology, 5th edition, W. W. Norton & Company.

Lodish a kol. (2016) Molecular Cell Biology. 8th edition, W. H. Freeman and Company.

V priebehu semestra budú pravidelné písomné testy. Kredity nebudú udelené študentovi, ktorý z celkového hodnotenia písomných testov získa menej ako 60 % bodov. Predmet bude ukončený formou ústnej skúšky. Hodnotenie bude udeľované nasledovne: A - vynikajúce výsledky, B - nadpriemerná práca, C - bežná spoľahlivá práca, D - prijateľné výsledky, E - výsledky spĺňajúce minimálne kritériá, Fx - nedostatočné výsledky (neprijateľne slabé vedomosti zodpovedajúce menej ako 60 % z požadovaného rozsahu učiva).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

predmet sa poskytuje len v zimnom semestri

Komplexná organizácia eukaryotickej bunky. História a kľúčové objavy bunkovej biológie. Charakteristické vlastnosti eukaryotických buniek. Porovnanie ultraštruktúry prokaryotických a eukaryotických buniek. Význam intracelulárnej kompartmentalizácie. Pôvod eukaryotickej bunky.

Úloha biologických membrán v eukaryotickej bunke. Štruktúra a funkcie membrán. Transport cez membrány. Vektorové procesy viazané na membrány. Úloha membrán v prenose nervového signálu.

Bunkové jadro. Ultraštruktúra a dynamika bunkového jadra, jadrová membrána, jadrové póry, jadierko. Chromozómy a chromozómové teritóriá. Históny a histónom podobné proteíny. Dynamika eukaryotického genómu. Replikácia a reparácia genómu.

Transkripcia a princípy kontroly expresie génov. Úrovne kontroly expresie génov v prokaryotickej

a eukaryotickej bunke. Kontrola na úrovni transkripcie a posttranskripčné úpravy RNA.

Translácia a funkcie ribozómov. Podjednotky ribozómov. Ribozomálne RNA a proteínové komponenty ribozómu. Základné kroky v regulácii proteosyntézy. Vnútrobunková lokalizácia proteosyntézy. Distribúcia proteínov v bunke. Posttranslačný osud proteínov.

Mitochondrie a chloroplasty. Ultraštruktúra a funkcie semiautonómnych organel. Špecifické úlohy membrán mitochondrií a chloroplastov. Organelové genómy. Oxidatívna fosforylácia. Fotosyntéza-fotofosforylácia.

Endoplazmatické retikulum, Golgiho aparát. Štruktúra a funkcie. Hladké a drsné endoplazmatické retikulum, sarkoplazmatické retikulum.

Vezikulárny transport. Úloha v distribúcii a transporte proteínov v eukaryotickej bunke. Vakuoly, lysozómy a peroxizómy. Štruktúra, funkcie, biogenéza a distribúcia. Metabolizmus. Klinický význam lysozómov a peroxizómov.

Cytoskelet ako dynamická štruktúra. Komponenty cytoskeletu. Cytoskelet ako pohybový aparát: vezikulárny transport, bunková motilita a delenie buniek.

Bunkové povrchy. Cytoplazmatická membrána a bunková stena. Extracelulárna matrix. Od jednotlivých buniek k tkanivám a mnohobunkovým organizmom.

Bunky v sociálnom kontexte. Biofilmy. Bunky ako súčasť tkanív. Epitely a medzibunkové spojenia. Quorum sensing. Medzibunková komunikácia a bunková smrť.

0 / 100

Po absolvovaní predmetu budú mať študenti prehľad o vnútornej organizácii prokaryotických a eukaryotických buniek a základných biologických procesoch, ktoré prebiehajú v jednotlivých bunkových kompartmentoch. Dôraz je kladený na význam biologických membrán, vnútrobunkovej kompartmentalizácie a kľúčové molekulárne procesy prebiehajúce v bunkách.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 26

Metóda štúdia: Prezenčná, dištančná

Kolektív autorov: Lekárska biochémia I, UK Bratislava, 2016

Účasť na prednáškach. Písomná skúška formou testu. Test je zostavený z 30 otázok, maximálny možný zisk bodov je 30. Na získanie hodnotenia musí študent získať minimálne 60% z možného bodového ohodnotenia. Na získanie hodnotenia E minimálne 18 bodov, D minimálne 20 bodov, C minimálne 23 bodov, B minimálne 26 bodov a A minimálne 29 bodov.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra možná aj v anglickom jazyku)

Výuka prebieha v priestoroch Lekárskej fakulty UK. Predmet nie je určený pre študentov, ktorí absolvovali Základy funkčnej biochémie v Bc. stupni PriF UK.

Význam a úloha jednotlivých orgánov, tkanív a orgánových systémov pre zachovanie funkcií organizmu. Vzájomná kooperácia a regulácia funkcie orgánov. Hierarchia funkcie orgánov pre zachovanie života človeka. Procesy zabezpečujúce rast, vývoj a reprodukciu. Význam hormonálnej regulácie v týchto procesoch. Špecifické charakteristiky metabolizmu jednotlivých orgánov – pečeň, sval, oblička, myokard. Regulácia hladín zdrojov energie v krvnom riečisku – sacharidov, lipidov, aminokyselín. Základné regulácie anabolických a katabolických situácií v organizme. Regulácia glykémie a lipémie hormónmi pankreasu. Význam vzťahu metabolizmu sacharidov a lipidov. Metabolizmus tukového tkaniva a pečene. Význam ketolátok v metabolizme a ich využitie v tkanivách – mozog, kostrový sval. Význam a regulácia glukoneogenézy. Zdroje aminokyselín ako substrátov pre tvorbu glukózy. Základný metabolizmus lipoproteínových častíc. Transport exogénnych a endogénnych lipidov. Úloha obličky pri vylučovaní metabolitov. Základné regulácie acidobázickej rovnováhy. Význam tlmivých systémov, úloha obličky a pľúc.

Študenti sa oboznámia s metabolickými charakteristikami orgánov v ľudskom organizme a zároveň významom a úlohou jednotlivých orgánov, tkanív a orgánových systémov pre zachovanie fungovania organizmu.

Forma výučby: cvičenie / seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: Za obdobie štúdia: x2t

Metóda štúdia: Prezenčná

Monografie a publikácie vo vedeckých časopisoch zamerané podľa témy diplomovej práce.

Študenti sú povinní absolvovať prax v plnom rozsahu počas 2 týždňov mimo semestra (napr. počas skúšobného obdobia), ako aj počas semestra v rozsahu 1 deň v týždni. Svoju činnosť v laboratóriu dokumentujú vedením laboratórneho denníka. Pre udelenie hodnotenia bude potrebné predložiť tento denník, prípadne správu z činnosti počas praxe. Hodnotenie bude udelené na základe nasledovnej stupnice: A - vynikajúca činnosť, B – nadpriemerná práca, C - bežná spoľahlivá práca, D - prijateľná činnosť, E - činnosť spĺňajúca minimálne kritériá. Študenti, ktorí neabsolvovali prax v plnom rozsahu predpísaných hodín, alebo nepredložili laboratórny denník, prípadne správu z praxe, budú hodnotení FX.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Pre zapísanie predmetu je potrebné písomné vyjadrenie súhlasu školiteľa DP s abslovovaním praxe študenta v predpísanom rozsahu, adresované osobe zodpovednej za predmet.

V rámci praxe študenti pod odborným dohľadom školiteľov diplomových prác realizujú experimenty, ktoré sú súčasťou ich diplomového projektu a rozširujú svoje teoretické vedomosti zo skúmanej problematiky.

V rámci praxe študenti experimentálne pracujú na laboratórnom projekte svojej diplomovej práce

a venujú sa štúdiu príslušnej odbornej literatúry.

Forma výučby: cvičenie / seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: Za obdobie štúdia: x4t

Metóda štúdia: Prezenčná

Monografie a publikácie vo vedeckých časopisoch zamerané podľa témy diplomovej práce.

Študenti sú povinní absolvovať prax v plnom rozsahu počas 4 týždňov mimo semestra (napr. počas skúšobného obdobia, alebo letných prázdnin), ako aj počas semestra v rozsahu 1 deň v týždni. Svoju činnosť v laboratóriu dokumentujú vedením laboratórneho denníka. Pre udelenie hodnotenia bude potrebné predložiť tento denník, prípadne správu z činnosti počas praxe. Hodnotenie bude udelené na základe nasledovnej stupnice: A - vynikajúca činnosť, B – nadpriemerná práca, C - bežná spoľahlivá práca, D - prijateľná činnosť, E - činnosť spĺňajúca minimálne kritériá. Študenti, ktorí neabsolvovali prax v plnom rozsahu predpísaných hodín, alebo nepredložili laboratórny denník, prípadne správu z praxe, budú hodnotení FX.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Pre zapísanie predmetu je potrebné písomné vyjadrenie súhlasu školiteľa DP s abslovovaním praxe študenta v predpísanom rozsahu, adresované osobe zodpovednej za predmet.

V rámci praxe študenti pod odborným dohľadom školiteľov diplomových prác realizujú experimenty, ktoré sú súčasťou ich diplomového projektu a rozširujú svoje teoretické vedomosti zo skúmanej problematiky.

V rámci praxe študenti experimentálne pracujú na laboratórnom projekte svojej diplomovej práce

a venujú sa štúdiu príslušnej odbornej literatúry.

Forma výučby: cvičenie

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 4 Za obdobie štúdia: 52

Metóda štúdia: prezenčne

Monografie a publikácie vo vedeckých časopisoch zamerané podľa témy diplomovej práce.

Študenti sú povinní absolvovať cvičenie v plnom rozsahu predpísaných hodín. Na záver semestra študenti predložia v stanovenom termíne vyučujúcemu zodpovednému za predmet správu, ktorá zahŕňa literárny prehľad, ciele práce, používané metódy a dosiahnuté výsledky podľa pokynov vyučujúcich. Vo výslednom hodnotení, ktorého základom je predložená správa, sa zohľadňuje návrh školiteľov DP. Hodnotenie prebehne podľa nasledovnej stupnice: A - vynikajúca činnosť, B – nadpriemerná práca, C - bežná spoľahlivá práca, D - prijateľná činnosť, E – činnosť spĺňajúca minimálne kritériá. Študenti, ktorí nepredložia správu z cvičenia, alebo ich správa nespĺňa minimálne kritériá, budú hodnotení známkou Fx. Váha priebežného / záverečného hodnotenia: 0/100.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

V rámci kurzu študenti pod odborným dohľadom školiteľov diplomových prác realizujú experimenty, ktoré sú súčasťou ich diplomového projektu a rozširujú svoje teoretické vedomosti zo skúmanej problematiky.

Predmet je zameraný na vypracovanie laboratórneho projektu pod dohľadom vedúcich diplomových prác

Forma výučby: seminár a cvičenie

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 hodiny seminár/5 hodín cvičení Za obdobie štúdia: 26 seminár/65 cvičenie

Metóda štúdia: prezenčná/dištančná

Monografie a publikácie vo vedeckých časopisoch zamerané podľa témy diplomovej práce.

Prezentovanie projektu diplomovej práce na seminári, jeho teoretických východísk a experimentálnej stratégie v kontexte súčasného vedeckého poznania. Hodnotí sa aktivita na seminári a odborná a formálna úroveň projektu a jeho prezentácia v rámci seminára.

Študenti sú povinní absolvovať cvičenie v plnom rozsahu predpísaných hodín. Výsledné hodnotenie predmetu rovnou mierou zohľadňuje prácu na seminári a na cvičení.

Hodnotenie prebehne podľa nasledovnej stupnice: A – vynikajúca činnosť, B – nadpriemerná práca, C – bežná spoľahlivá práca, D – prijateľná činnosť, E – činnosť spĺňajúca minimálne kritériá, Fx – nedostatočná činnosť.

Slovenský jazyk v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku).

Oboznámenie sa s najnovšími poznatkami z biochémie a molekulárnej biológie, ktoré sa ešte nestihli dostať do učebníc, a ktoré rozširujú poznatky získané na základných kurzoch študijného programu Biochémia.

V praktickej časti kurzu študenti pod odborným dohľadom školiteľov diplomových prác realizujú experimenty, ktoré sú súčasťou ich diplomového projektu a rozširujú svoje teoretické vedomosti zo skúmanej problematiky.

Študenti sa naučia vyberať dôležité publikácie z rôznych oblastí biochémie a molekulárnej biológie, spracovať ich a prezentovať, ako aj kriticky hodnotiť prezentácie vlastných kolegov.

Laboratórna časť predmetu je zameraná na vypracovanie laboratórneho projektu pod dohľadom vedúcich diplomových prác.

Forma výučby: cvičenie / seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 10 / 2 Za obdobie štúdia: 130 / 26

Metóda štúdia: Prezenčná, dištančná (seminár)

Monografie a publikácie vo vedeckých časopisoch zamerané podľa témy diplomovej práce.

Podmienky na absolvovanie predmetu: Študenti sú povinní absolvovať seminár a cvičenie v plnom rozsahu prepísaných hodín. Výsledné hodnotenie predmetu zahŕňa odbornú a formálnu úroveň prezentácií v rámci seminára a návrh školiteľov. Podmienkou absolvovania predmetu je aj vypracovanie krátkeho grantového návrhu a písomnej práce, ktorá obsahuje prehľad literatúry k diplomovej práci a ktorá je odovzdaná v stanovenom termíne. Hodnotenie prebehne podľa nasledovnej stupnice: A - vynikajúca činnosť, B – nadpriemerná práca, C - bežná spoľahlivá práca, D - prijateľná činnosť, E - činnosť spĺňajúca minimálne kritériá. Študenti, ktorí nepredložia písomnú správu z cvičenia, alebo ich správa nespĺňa minimálne kritériá, budú hodnotení známkou Fx.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Seminár: Študenti prezentujú projekt svojej diplomovej práce, predstavia vybranú experimentálnu stratégiu a doposiaľ dosiahnuté výsledky. Cvičenie: Študenti pod odborným dohľadom školiteľov diplomových prác realizujú experimenty, ktoré sú súčasťou ich diplomového projektu a rozširujú svoje teoretické vedomosti zo skúmanej problematiky.

V rámci cvičenia študenti experimentálne pracujú na laboratórnych projektoch pod dohľadom vedúcich diplomových prác. Cieľom seminárov je oboznámiť študentov s odbornými a formálnymi požiadavkami kladenými na diplomové práce a ich obhajoby v študijnom programe Biochémia.

Forma výučby: cvičenie / seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 12 / 2 Za obdobie štúdia: 96 / 16

Metóda štúdia: Prezenčná, dištančná (seminár)

Monografie a publikácie vo vedeckých časopisoch zamerané podľa témy diplomovej práce.

Študenti sú povinní absolvovať seminár a cvičenie v plnom rozsahu predpísaných hodín. Hodnotenie predmetu zahŕňa odbornú a formálnu úroveň prezentácie výsledkov diplomovej práce vo forme posteru a návrh školiteľov. Hodnotenie prebehne podľa nasledovnej stupnice: A - vynikajúca činnosť, B – nadpriemerná práca, C - bežná spoľahlivá práca, D - prijateľná činnosť, E - činnosť spĺňajúca minimálne kritériá. Študenti, ktorí nepripravia poster z výsledkov svojej diplomovej práce, nezúčastnia sa posterovej prezentácie, alebo nesplnia minimálne kritériá, budú hodnotení známkou Fx.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

V rámci cvičení študenti pod odborným dohľadom školiteľov diplomových prác realizujú experimenty, ktoré sú súčasťou ich diplomového projektu a rozširujú svoje teoretické vedomosti zo skúmanej problematiky.

Seminár sa uskutoční vo forme troch nasledovných blokov: (i) oboznámenie sa študentov so zásadami vypracovania posterovej prezentácie s praktickými ukážkami, (ii) príprava posteru s výsledkami vlastnej diplomovej práce, (iii) konferencia pre študentov a pracovníkov Katedry biochémie a externých školiteľov diplomových prác, na ktorej budú diplomanti prezentovať dosiahnuté výsledky formou posteru.

V rámci cvičenia študenti experimentálne pracujú na laboratórnych projektoch pod dohľadom vedúcich diplomových prác. Cieľom seminárov je oboznámiť študentov s odbornými a formálnymi požiadavkami kladenými na prezentáciu výsledkov vedeckej činnosti formou postera.

Forma výučby: prednáška / seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 / 2 Za obdobie štúdia: 26 / 26

Metóda štúdia: prezenčná / dištančná

1. Nicholls, D. G., Ferguson, S. J. (2013). Bioenergetics 4, 4th Edition, Academic Press.

2. Lodish, H., Berk, A., Kaiser, C. A., Krieger, M., Bretscher, A., Ploegh, H., Martin K. C., Yaffe, M., Amon, A. (2021). Molecular Cell Biology. 9th Edition, W. H. Freeman and Company.

3. Voet, D., Voet, J. G., Pratt, C. W. (2016). Fundamentals of Biochemistry: Life at the Molecular Level, 5th Edition, John Wiley & Sons, Inc.

4. Berg, J. M, Tymoczko, J. L, Gatto, Jr., G. J., Stryer, L. (2019). Biochemistry, 9th Edition, W. H. Freeman and Company.

5. Madigan, M. T., Bender, K. S., Buckley, D. H., Sattley, W. M., Stahl, D. A. (2021). Brock Biology of Microorganisms, 16th Edition, Pearson Education, Inc.

V priebehu semestra budú pravidelné písomné previerky na seminároch. Na konci semestra bude skúška formou komplexného záverečného testu. Hodnotenie seminára predstavuje 25 % a hodnotenie skúšky 75 % maximálneho počtu bodov. Skúšku bude môcť absolvovať len ten študent, ktorí získa minimálne 50 % bodov z celkového hodnotenia seminára. Na skúške musí študent získať minimálne 50 % bodov zo záverečného testu. Na získanie výsledného hodnotenia A je potrebné získať najmenej 85 % z maximálneho počtu bodov, na získanie hodnotenia B najmenej 75 %, na hodnotenie C najmenej 70 %, na hodnotenie D najmenej 65 % a na hodnotenie E najmenej 60 % bodov. Kredity nebudú udelené študentovi, ktorý získa menej ako 60 % bodov z celkového hodnotenia.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Úvod do bioenergetiky. Štruktúra a zloženie biomembrán. Vlastnosti membránových komponentov. Membránová enzymológia. Prechod molekúl cez membrány – mechanizmy a energetické aspekty transportných javov. Oxidačná fosforylácia a Mitchellova chemiosmotická teória. Regulácia oxidačnej fosforylácie. Rôznorodosť a evolučné aspekty energetického metabolizmu eukaryotov a prokaryotov. Mitochondrie a patogénne stavy na úrovni bunky a organizmu, tvorba a eliminácia reaktívnych foriem kyslíka. Rôznorodosť fototrofného a fotosyntetického metabolizmu. Mechanizmus prenosu nervového vzruchu.

Kurz oboznamuje študentov s modernými predstavami o štruktúre a funkcii biologických membrán v prokaryotických a eukaryotických bunkách ako aj s technikami ich štúdia. Dôraz je kladený na pochopenie mechanizmov transportu látok cez membrány, na membránové systémy a biochemické reakcie spojené so syntézou ATP a na reguláciu uvedených procesov.

Forma výučby: cvičenia

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 4 Za obdobie štúdia: 52

Metóda štúdia: Prezenčná

Lodish,H. et al.(2016), Molecular Cell Biology, 8th edition, W.H Freeman and Company

J.M.Berg et al. (2015), Biochemistry, 8th edition, W.H Freeman and Company

Sambrook, J., Fritsch, E.F. a Maniatis, T. (1989) Molecular cloning: A laboratory manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press

Priebežné hodnotenie pozostáva z písomnej a ústnej previerky teoretických vedomostí, hodnotenia laboratórnych zručností a samostatne vypracovaného protokolu. Na záver cvičenia študenti absolvujú kontrolný test, ktorý musia napísať minimálne na 50%. Záverečný test môžu absolvovať len študenti, ktorí získali aspoň 50% z priebežného hodnotenia. Hodnotenie A – 90% a viac, B – 80% a viac, C – 70% a viac, D – 65% a viac, E – 60% a viac. Váha priebežného / záverečného hodnotenia: 60/40

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Predmet je súborom moderných laboratórnych metód z biochémie, molekulárnej a bunkovej biológie, ktoré zahŕňajú nasledujúce protokoly:

Stanovenie aktivity a kinetických parametrov ATP-syntázy izolovanej z kuracej pečene.

Izolácia RNA z potkaních tkanív, reverzná transkripcia a amplifikácia vybraných cDNA polymerázovou reťazovou reakciou.

Štiepenie genómovej DNA kvasiniek restrikčnými endonukleázami, Southern blot a hybridizácia DNA s DIG-dUTP značenou próbou.

Fluorescenčná mikroskopia neurálnych tkanív.

Delenie kvasinkových kataláz v natívnom géli, stanovenie katalázovej aktivity v géli a s využitím spektrofotometrie.

Študenti absolvovaním predmetu získajú laboratórne zručnosti a rozšíria si

teoretické vedomosti v náročných biochemických a molekulárno-biologických technikách.

Forma výučby: prednáška / seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 / 2 Za obdobie štúdia: 26 / 26

Metóda štúdia: prezenčná

Cook P. F., Cleland W.W. Enzyme kinetics and mechanism, Gerland Science 2007;

Berg, J. M, Tymoczko, J. L, Gatto, Jr., G. J., Stryer, L. (2015). Biochemistry, 8th Edition, W. H. Freeman and Company (dostatočné je aj 7. vydanie);

Nelson, D. L., Cox, M. M. (2017). Lehninger Principles of Biochemistry, 7th Edition, W. H. Freeman, Macmillan Learning (dostatočné je aj 6. vydanie); najnovšie originálne vedecké články k preberanej problematike

Seminár – v priebehu semestra budú písomné previerky. K záverečnému písomnému testu bude môcť ísť len ten študent, ktorý z písomných previerok získa minimálne 50 % bodov. Prednáška – záverečný písomný test, z ktorého študent musí získať minimálne 50% bodov. Výsledná známka zahŕňa hodnotenie zo skúšky a seminára nasledovne: (0.7 x % bodov zo skúšky) + (0.3 x % bodov zo seminára) = výsledné %. Na získanie hodnotenia A je potrebné získať najmenej 92 %, na získanie hodnotenia B najmenej 84 %, na hodnotenie C najmenej 76 %, na hodnotenie D najmenej 68% a na hodnotenie E najmenej 60 %. Hodnotenie nebude udelené študentovi, ktorý získa menej ako 60 %.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

- História enzymológie,

- Štruktúrne komponenty enzýmov

aminokyseliny - vlastnosti, tvorba nekovalentných a kovalentných väzieb, peptidová väzba, primárna, sekundárna, terciárna a kvartérna štruktúry, kofaktory

- Reakcie v biochémii

termodynamika chemickej reakcie, prechodový stav chemickej reakcie, nekovalentné interakcie; spriahnutie reakcií

- Názvoslovie enzýmov

- Experimentálne meranie enzýmovej aktivity

Jednotky enzýmovej aktivity, meranie počiatočnej rýchlosti, detekčné a separačné metódy, faktory ovplyvňujúce rýchlosť enzýmovej reakcie, enzýmová stabilita

- Výpočet enzýmovej aktivity

Vzťah mólová absorbčného koeficientu a koncentrácie látky, výpočet aktivity enzýmu na základe spektrofotometrických dát

Výpočet špecifickej aktivity enzýmov v rôznych jednotách aktivity

Výpočet látkového množstva proteínov obsahujúcich cytochrómy na základe zmeraných spektier

- Rovnovážna kinetika jednosubstrátovej reakcie

časový priebeh enzýmovo katalyzovanej reakcie, vplyv koncentrácie substrátu na rýchlosť reakcie, Michaelis-Mentenovej rovnica a jej transformácie, enzýmové inhibície

- Enzýmové reakcie s viacerými substrátmi

Bi Bi reakčný mechanizmus

- Mechanizmy enzýmovej katalýzy

stabilizovanie prechodového stavu, väzbová energia ES, katalýza kovalentná, acidobázická, iónom kovu, elektrostatická, priblížením a orientáciou, preferenčným viazaním štruktúry prechodového stavu

- Príklady mechanizmov enzýmovej katalýzy

serínové proteázy, proteázy kyseliny asparágovej, lyzozým, glutationreduktáza, hexokináza, glykogénfosforyláza, aspartáttranskarbamoyláza, glutamínsyntetáza, pyruvátdehydrogenáza, β-laktamáza, restrikčné endonukleázy, akonitáza a „moonlighting“ proteíny s dvojitou funkciou, myozíny; anhydráza kyseliny uhličitej (karbonická anhydráza),

- Kontrola enzýmovej aktivity

zymogény, izoenzýmy, kovalentná modifikácia, alosterická regulácia, hemoglobín ako model alosterického proteínu,

- Oxidačná fosforylácia

„kanonické“ enzýmové komplexy dýchacieho reťazca a jeho alternatívne dráhy

- Ribozýmy a abzýmy

RNA s enzýmovou aktivitou, protilátky s enzýmovou aktivitou

- Enzýmové inžinierstvo

získavanie enzýmov, stabilizácia enzýmov, zmena vlastností enzýmov metódami génových manipulácií

Študenti si prehĺbia vedomosti z oblasti štruktúry proteínov, termodynamiky a kinetiky biochemických procesov, získajú prehľad o prepojení medzi štruktúrou a funkciou proteínov, o rôznych spôsoboch regulácie enzýmových aktivít a metabolických procesov vôbec, oboznámia sa s rôznymi spôsobmi merania a vyhodnocovania enzýmových aktivít.

Forma výučby: prax

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: Za obdobie štúdia: 3 týždne

Metóda štúdia: prezenčne

Monografie a publikácie vo vedeckých časopisoch zamerané na tému skúmanej problematiky.

Študenti sú povinní absolvovať cvičenie v plnom rozsahu predpísaných hodín. Na záver praxe študenti predložia v stanovenom termíne vyučujúcemu zodpovednému za predmet správu z praxe, ktorá zahŕňa literárny prehľad, ciele práce, používané metódy a dosiahnuté výsledky. Vo výslednomhodnotení, ktorého základom je správa z praxe, sa zohľadňuje návrh školiteľov. Hodnotenie prebehne podľa nasledovnej stupnice: A - vynikajúca činnosť, B – nadpriemerná práca, C – bežná spoľahlivá práca, D - prijateľná činnosť, E - činnosť spĺňajúca minimálne kritériá. Študenti, ktorí nepredložia správu z praxe, alebo nesplnia minimálne kritériá, budú hodnotení známkou Fx. Váha priebežného / záverečného hodnotenia: 0/100.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Študenti realizujú výskum v laboratóriách Katedry biochémie a vybraných pracovísk Univerzity Komenského a Slovenskej akadémie vied pod vedením odborníkov pôsobiacich v oblasti biochémie, ako aj bunkovej a molekulárnej biológie.

Počas praxe sa študenti zdokonalia v moderných laboratórnych technikách a rozšíria svoje teoretické vedomosti v študovanej oblasti.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 4 Za obdobie štúdia: 52

Metóda štúdia: prezenčná

Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. (2014) Molecular Biology of the Cell, Garland Science.

Alberts B. a kol. (2014) Essential Cell Biology, 5th edition, W. W. Norton & Company.

Lodish a kol. (2016) Molecular Cell Biology. 8th Edition, W. H. Freeman and Company.

Krebs J. E. a k0l. (2014) Lewin's GENES XI, Jones & Bartlett Learning.

Podmienky na absolvovanie predmetu: V skúškovom období študenti absolvujú písomný test, ktorý bude podľa úspešnosti ohodnotený nasledovne: ≥92% A, ≥84% B, ≥76% C, ≥68% D, ≥60% E, <60% Fx.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Odporúča sa absolvovanie predmetu Seminár k molekulárnej biológii bunky 2. V záujme jednotného hodnotenia bude vypísaný jeden riadny, jeden 1. opravný a jeden 2. opravný termín. Termíny budú oznámené v priebehu prvých dvoch týždňov kurzu. Predmet bude vyučovaný iba v letnom semestri.

Proteosyntéza. Jednotlivé štádia proteosyntézy, ich charakterizácia a regulácia. Bakteriálna versus eukaryotická proteosyntéza. Funkcia proteínových faktorov v rôznych štádiách bakteriálnej a eukaryotickej proteosyntézy. Lipidy a bunkové membrány. Štruktúra a vlastnosti fosfolipidov. Štruktúra a ukotvenie membránových proteínov. Amfipatické vlastnosti proteínov. Techniky štúdia membránových proteínov. Membránový transport. Difúzia látok, uľahčená difúzia, primárny a sekundárny aktívny transport. Transportné proteíny v plazmatickej membráne, v membránach bunkových organel, v parietálnych a črevných epiteliálnych bunkách. Experimentálne metódy merania transportu. Post-syntetický osud proteínov a tvorba bunkových organel. Mitochondrie a plastidy. Ich štruktúra, enzymatické vybavenie, funkcia a evolúcia. Mitochondriálne a plastidové genómy. Posstranslačný import proteínov do mitochondrií a plastidov. Jadro, jadrová membrána a komplexy jadrových pórov. Štúdium importu proteínov do jadra. Peroxizómy, ich štruktúra, biogenéza, enzymatické vybavenie, funkcia a evolúcia. Genetické defekty v peroxizómoch. Pohyb a triedenie (sorting) proteínov medzi endoplazmatickým retikulom (ER), Golgiho aparátom, lyzozómami a plazmatickou membránou. Inkorporácia proteínov do membrán ER. Post-translačná modifikácia proteínov a kontrola kvality v ER. Skladanie (folding) membránových proteínov v ER. Špecifické proteolytické štiepenia pre-proteínov. Osud neposkladaných (unfolded) a zle poskladaných (misfolded) proteínov. Vezikulárny transport proteínov. Prióny. Distribúcia (dedičnosť) organel pre delení eukaryotickej bunky. Programovaná bunková smrť. Cytoskeletárny systém eukaryotickej bunky. Aktínové mikrofilamenty. Mikrotubuly. Intermediárne filamenty. Organizáca cytoskeletu a jeho úloha pri bunkových pohyboch. Nelineárna dynamika a biológia: „Samoorganizácia“.

Po absolvovaní predmetu budú mať študenti prehľad o molekulárnych princípoch biogenézy, funkcie a dedičnosti bunkových membránových organel, mechanizmoch zúčastnených v syntéze a transporte proteínov, architektúre a dynamike bunkového cytoskeletu.

Forma výučby: prednáška/seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 3/1 Za obdobie štúdia: 39/13

Metóda štúdia: prezenčná

Kolektív autorov: Lekárska biochémia I, UK Bratislava, 2016

Turecký L: Lekárska biochémia II, Asklepios, 2008

Účasť na prednáškach a seminároch. Písomná skúška formou testu. Test je zostavený z 50 otázok so 4 možnými odpoveďami. Hodnotí sa každá správne označená odpoveď, teda maximálny možný zisk bodov je 200. Na získanie hodnotenia musí študent získať minimálne 70% z možného bodového ohodnotenia. Na získanie hodnotenia E minimálne 140 bodov, D minimálne 152 bodov, C minimálne 165 bodov, B minimálne 177 bodov a A minimálne 189 bodov.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra aj v anglickom jazyku)

Predmet sa vyučuje v priestoroch Lekárskej fakulty UK.

Orgánové vzťahy využitia energetických zdrojov. Tvorba a využitie hlavných energetických zdrojov v organizme (glykogén, triacylglyceroly, ketolátky). Orgánové vzťahy a regulácia. Hormonálna regulácia glykémie a množstva VKK v plazme. Oxidácia substrátov (glukózy, VKK) v organizme za aeróbnych a anaeróbnych podmienok. Aminokyseliny v intermediárnom metabolizme. Produkty dekarboxylácie aminokyselín a ich význam. Význam transaminácií v organizme. Uvoľňovanie amoniaku, jeho fixácia a transport. Tvorba močoviny, poruchy. Vitamíny ako koenzýmy metabolizmu cukrov, tukov a aminokyselín. Tvorba a prenos jednouhlíkových zvyškov, ich využitie, funkcia kyseliny listovej. Význam vitamínu B12 v metabolizme metionínu a metylmalonátu. Význam rozdielnej distribúcie iónov pre funkčné procesy a regulácia ich množstva. Úloha pľúc a obličiek pri udržiavaní ABR. Obličky, ich funkcie pri vylučovaní odpadových produktov, význam pri udržiavaní stálosti vnútorného prostredia. Výpočet klírens kreatinínu, tubulárnej resorpcie, posúdenie poškodenia obličiek Funkcia pečene z hľadiska zabezpečenia funkcií organizmu. Biotransformačné procesy. Metabolizmus cholesterolu. Trávenie základných živín v GIT, regulácia sekrécie tráviacich štiav.

Študenti získajú vedomosti z nasledujúcich oblastí: metabolické cesty intermediárneho metabolizmu so zameraním na substráty a premeny energie; mechanizmy vedúce k udržiavaniu homeostázy organizmu a účasť jednotlivých orgánov v týchto procesoch.

Forma výučby: prednáška/seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 1/1 Za obdobie štúdia: 13/13

Metóda štúdia: prezenčná

Ďurfinová, Brechtlová: Biochemické mechanizmy neurotransmisie vo vegetatívnom nervovom systéme. Univerzita Komenského, Bratislava, 2012 (2019)

Turecký L: Lekárska biochémia II, Asklepios, 2008

Účasť na prednáškach a seminároch. Písomná skúška formou testu. Test je zostavený z 30 otázok so 4 ponúknutými odpoveďami. Hodnotí sa každá správne označená odpoveď teda maximálny možný zisk bodov je 120. Na získanie hodnotenia musí študent získať minimálne 80% z možného bodového ohodnotenia. Na získanie hodnotenia E minimálne 96 bodov, D minimálne 101 bodov, C minimálne 106 bodov, B minimálne 111 bodov a A minimálne 116 bodov.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Predmet sa vyučuje v priestoroch Lekárskej fakulty UK.

Vlastnosti nervového systému, tvorba akčného potenciálu. Základné druhy iónových kanálov (spriahnuté s receptormi, napäťovo-regulované) a ich význam pri neurotransmisii. Charakter presunu iónov cez iónové kanály. Synapsa. Biochemické základy funkcie nervového systému. Metabolická charakteristika NS - premena glukózy na AK, reakcie, vzťah k funkcii NS, hypoxia CNS, kritické obdobie rastu CNS. Integrácia kontroly funkcií organizmu. Cholinergné a adrenergné receptory a ich vplyv na hladký, srdcový sval a cirkuláciu v kostrovom svale a tkanivách. Účinok mediátorov a prepojenie funkcie a metabolizmu, regulácia citlivosti a počtu receptorov. Adenohypofýza a jej regulačný účinok na tvorbu hormónov. Hormóny neurohypofýzy, vazopresín, oxytocín, regulácia vylučovania, účinky. Reakcia organizmu na záťaž. Hormóny štítnej žľazy, regulácia metabolizmu a rastu organizmu. Pohlavné hormóny. Ženské pohlavné hormóny - estrogény, gestagény. Mužské pohlavné hormóny – androgény. Miesta tvorby, vplyv na reprodukciu, rast organizmu, metabolizmus bielkovín. Biochemické procesy zabezpečujúce funkciu svalu. Typy svalovej práce. Základné štrukturálne zložky. Spojivové tkanivo, druhy spojivového tkaniva, bunky, medzibunková hmota spojivového tkaniva, kostné tkanivo.

Študenti získajú vedomosti z nasledujúcich oblastí: nervová a hormonálna regulácia funkčných a metabolických procesov; vlastnosti nervového systému (NS), vznik akčného potenciálu, iónové kanály, mediátory NS; parasympatikus a sympatikus v integrácii kontroly funkcií organizmu; hormóny v regulácii metabolizmu, hormóny pankreasu; reakcia organizmu na záťaž; funkcia hypotalamo-hypofyzárneho systému pri regulácii vylučovania hormónov, účinky hormónov kôry nadobličky, štítnej žľazy, pohlavných hormónov; biochemické procesy zabezpečujúce funkciu svalu; spojivové tkanivo.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 26

Metóda štúdia: Prezenčná/dištančná

K L.Turecký: Klinická biochémia, Asklepios Bratislava 2013

M.Ferenčík, B.Škárka, M.Novák, L.Turecký: Biochémia, SAP Bratislava 2000

Písomná skúška formou testu. Test je zostavený z 30 otázok, maximálny možný zisk bodov je 30. Na získanie hodnotenia musí študent získať minimálne 60% z možného bodového ohodnotenia. Na získanie hodnotenia E minimálne 18 bodov, D minimálne 20 bodov, C minimálne 22 bodov, B minimálne 25 bodov a A minimálne 28 bodov.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Predmet sa vyučuje v priestoroch Lekárskej fakulty UK.

Základy všeobecnej klinickej biochémie. Klinicko-biochemické vyšetrenia. Odber, transport a skladovanie materiálu. Senzitivita a špecificita vyšetrenia. Presnosť a správnosť metódy. Referenčné materiály. Kontrola kvality na OKB. Bielkoviny krvnej plazmy, analytika bielkovín krvnej plazmy, význam stanovenia plazmatických bielkovín v diagnostike. Klinická biochémia krvi. Erytrocyty, metabolizmus tetrapyrolov, hemoglobín – štruktúra a funkcia, patobiochémia hemoglobínu. Základy laboratórnej diagnostiky porúch hemostázy. Vyšetrovanie ukazovateľov lipidového metabolizmu. Hyperlipoproteinémie a ich diagnostika. Základy klinickej enzymológie, klinicky významné enzýmy. Význam vyšetrovania minerálov. Vyšetrenie sodíka, draslíka, chloridov, vápnika, horčíka a fosfátov v diagnostike. Acidobázická rovnováha a jej vyšetrovanie. Základné poruchy acidobázickej rovnováhy a ich príčiny.

Absolvovaním predmetu študenti získajú predstavy a vedomosti o klinicko-biochemickom vyšetrení, o predanalytickej fáze vyšetrenia a možných chybách v tejto fáze vyšetrenia; vedomosti o analytických a diagnostických kritériách klinicko-biochemického vyšetrenia; základy vedomostí o význame vyšetrenia základných analytov v sére a v moči; o možných chybách pri vyšetrení a interferenciách; získajú základy vedomostí o kontrole kvality práce na oddelení klinickej biochémie.

Forma výučby: prax

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: Za obdobie štúdia: 1 t

Metóda štúdia: Prezenčná

Korduláková J. a Gavurníková G.: Klonovanie a expresia génu v Escherichia coli, Public Promotion, 2008

Na absolvovanie predmetu je potrebná 100% účasť na cvičení a odovzdanie záverečného protokolu, ktorého hodnota je 50 bodov. Na získanie hodnotenia A je potrebné získať 50-46,5 bodov (100-93%), na získanie hodnotenia B 46-42,5 bodov (92-85%), na hodnotenie C 42-38,5 bodov (84-77%), na hodnotenie D 38-34,5 bodov (76-69%) a na hodnotenie E 34-30 bodov (68-60%).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Cvičenie sa uskutoční blokovo, počas 1 týždňa. Kapacita predmetu je obmedzená na 10 študentov. V prípade vyššieho záujmu sa študenti vyberú.

1. Polymerázová reťazová reakcia (PCR). Dizajn primerov. Analýza PCR produktov.Štiepenie restrikčnými endonukleázami.

2. Klonovacie vektory. Vektory na báze plazmidov. Ligácia štiepeného fragmentu a vektora. Transformácia DNA do buniek.

3. Selekcia pozitívnych klonov pomocou kolóniovej PCR.

4. Izolácia plazmidovej DNA a transformácia pripraveného konštruktu do expresných buniek.

5. Expresia rekombinantného proteínu v E. coli. Analýza produkovaných proteínov. SDS-polyakrylamidová gélová elektroforéza. Detekcia proteínov.

Študenti získajú praktické skúsenosti z biochémie a molekulárnej biológie zamerané na klonovanie a expresiu génov.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 / 2 Za obdobie štúdia: 24 / 24

Metóda štúdia: prezenčná

Ratledge, C., Kristiansen, B.: Biotechnology, Cambridge University Press, 2006;

Obernauerová, M: Biotechnológia : vybrané kapitoly, Bratislava : Univerzita Komenského, 2019.

Smith, J. Biotechnology (5th ed.). Cambridge: Cambridge University Press, 2009;

Skúška je písomná a pozostáva zo 7 testových otázok a 3, ktoré vyžadujú širšie koncipovanú odpoveď. Na úspešné absolvovanie skúšky je potrebné získať 60% bodov. Výsledná známka z písomnej skúšky je nasledovná: A: najmenej 92%; B: najmenej 84%; C: najmenej 76%, D: najmenej 68%, E: najmenej 60%

slovenčina a základná angličtina

Predmet sa poskytuje každý druhý rok. Alternuje s predmetom antibiotiká

1. História biochemických technológií: Prehistória výroby potravín a požívatín. Využívané biochemické dráhy. Základné princípy a pojmy. Porovnanie s modernými rekombinantnými technológiami.

2. Klonovanie živočíchov I: Základné pojmy, História klonovania, Klonovanie embrya, Totipotencia, Pluripotencia, Chiméry. Reproduktívne klonovanie. Princípy a limity techník (Roslinská, Honolulská technika, tretia cesta). Klonované cicavce, Príčiny defektov klonov (biologické hodiny, imprinting, mitochondrie).

3. Klonovanie živočíchov II: Etické problémy klonovania, Kmeňové bunky, Terapeutické klonovanie. Etické aspekty, Živé bioreaktory, Nové materiály, Problémy s definíciou života a ľudskej bytosti, Ako obísť zákazy klonovania (xenotransplantácie, indukované pluripotentné bunky).

4. GMO – Genetické modifikované mikroorganizmy. Definície, Transgénne rastliny, Problémy s verejnou mienkou, Plusy a mínusy, Zmysel GMO, Tolerancia k herbicídom, Rezistencia voči Bt hmyzu Rezistencia voči vírusom, Interferujúca RNA, Rezané kvety, Vädnutie a dozrievanie, Vakcíny,

Detoxifikácia prostredia, Vkladanie génov do rastlín, A. tumefaciens, Biolistika – biologické delo, Princípy expresie. Identifikácia GMO.

5. Primárne metabolity I: Výroba sladu, piva. Základné princípy a pojmy. Súčasné problémy a inovácie. Producenti. Klasické a moderné technológie. Nealkoholické pivo, antagonizmus glykolýzy a cyklu trikarboxylových kyselín. Výroba vína. Základné princípy a pojmy. Pôvod chuťových látok. Súčasné problémy a inovácie.

6. Primárne metabolity II: Výroba etanolu destilátov a likérov, Základné princípy a pojmy (destilácia, azeotrop, denaturácia) metanolova kauza: Stratégia najlepšieho „kvasiča“. Etanol a ľudský organizmus (účinky, meranie, veisalgia, odbúravanie, metanol, princípy merania). Potravinové doplnky: organické kyseliny, princíp pohyblivej rovnováhy, aminokyseliny – fermentácia, biotransformácia, sladidlá.

7. Výživa a zdravie I: Produkcia vitamínov a nukleotidov. Toxicita vitamínov, hormézia. Produkcia biomasy, „single cell protein“, nutričná hodnota biomasy, frakcionácia, selenocysteín a biologicky viazaný selén, Éčka.

8. Výživa a zdravie II: Produkcia „fermentovaných“ potravín. Základné princípy a pojmy: mliečne kvasenie, výrobky z mlieka, bryndza, netradičné „fermentované“ potraviny, falšovanie.

9. Výživa a zdravie III: Mikrobiota tráviaceho traktu, Základné princípy a pojmy (probiotiká,

prebiotiká, obezita, zahlienenie organizmu, alkalizácia, zakyselenie, homeopatia, pamäť vody, vitamín B17 a ostatné mýty),

10. Biopolyméry: Výroba biopolymérov. Základné princípy a pojmy: polysacharidy a ich deriváty (dextrany, algináty) polyhydroxybutyrát, producenti, využitie.

11. Sekundárne metabolity: Sekundárne metabolity, základné princípy pojmy: definícia, zmysel produkcie, výroba antibiotík, producenti, semisyntetické antibiotiká, metabolické dráhy, mýty a fakty (rezistencia, zmysel produkcie, nadmerná spotreba, kombinácia s alkoholom).

12. Enzýmy a biotransformácie: Produkcia priemyselných enzýmov. Immobilizované enzýmy. Enzýmy v diagnostike a biosenzory. Biotransformácie. Základné princípy pojmy: stereošpecificita, regiošpecificita, chiralita, thalidoimid, výroba liečiv (steroidov).

13. Environmentálne technológie: Biochémia čistenia odpadových vôd. Základné princípy, pojmy a zariadenia: spotreba kyslíka, aktivovaný kal, biologické filtre, membránové reaktory, anaeróbna degradácia, ťažko degradovateľné látky, ťažké kovy, bioplyn. .

Predmet objasňuje základné pojmy a princípy biochemických technológií, s ktorými sa môžeme stretnúť každý deň, ako je výroba poživatín, potravinových doplnkov, liekov, ochrana životného prostredia ale aj klonovania živočíchov či GMO. Vypĺňa dieru v systéme vzdelávania, po ktorej volá verejnosť i študenti a poskytuje tak praktické znalosti, týkajúce sa všedného života. Úspešné absolvovanie predmetu umožní získať odborný pohľad biochemika na mýty o zdravom spôsobe života prezentovaný médiami ako potraviny a potravinové doplnky, užívanie alkoholu, antibiotík, probiotík, zahlieňovanie, alkalizácia, homeopatia atď...

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 26

Metóda štúdia: Prezenčná, dištančná

Hořejší, V., Bartúňková, J. - Základy imunológie. TRITON.

Klein, J., Hořejší, V. - Immunology. Wiley-Blackwell.

Janeway, Ch. et al. - Immunobiology. Garland Publishing.

Owen, J. et al. - Kuby Immunology; W. H. Freeman & Company.

V skúšobnom období semestra bude písomný test. Na získanie hodnotenia A je potrebné získať najmenej 90% bodov, na získanie hodnotenia B najmenej 80% bodov, na hodnotenie C najmenej 70% bodov, na hodnotenie D najmenej 60% bodov a na hodnotenie E najmenej 50% bodov. Kredity nebudú udelené študentovi, ktorý získa menej ako 50% bodov.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Predmet sa poskytuje, ak si ho zapíše najmenej 5 študentov. Predmet sa poskytuje len v zimnom semestri.

Organizačná štruktúra a funkcia imunitného systému; hlavné orgány, tkanivá, bunky a molekuly imunitného systému; antigén; základné známe princípy imunitných odpovedí; vrodená a získaná imunita. Bunky vrodeného imunitného systému. Makrofágy; dendritové bunky; mastocyty a parazity; kamikadze neutrofily. Humorálne zložky imunitného systému. Veľká proteolytická kaskáda; komplement; koagulácia; fibrinolýza; KKK systém; cytokíny; chemokíny. Bunky získaného imunitného systému. Rôzne typy T buniek; B bunky; prirodzení zabijaci NK bunky. Infekcia a zápal. Patogén; adhézia; vazodilatácia; rozpoznanie patogénu; fagocytóza; uzlina; prepojenie vrodenej a získanej imunity; systémová odpoveď; vyhojenie, sepsa, chronický zápal, apoptóza versus nekróza. B bunkový receptor (BCR). Aktivácia B buniek a tvorba protilátok; signalizácia v B bunkách;

princíp interakcie antigén – protilátka. T bunkový receptor. Aktivácia T buniek; signalizácia v T bunkách; funkcie jednotlivých typov aktivovaných T buniek. Glykoproteíny hlavného histokompatibilného komplexu (MHC). Toll-like receptory; antigénová prezentácia; profesionálne a neprofesionálne bunky predkladajúce antigén (APC). Ďalšie dôležité interakcie imunitného systému. Adhezívne receptory; cytokíny a ich receptory; chemokíny a ich receptory; vnútrobunková signalizácia; killer inhibitor receptory. Pôvod, dozrievanie, školenie a selekcia imunitných buniek. Primárne a sekundárne lymfatické orgány; veľké rekombinácie T a B buniek. Presnosť a špecifickosť imunitných odpovedí. Ako cielene zničiť vírusy, baktérie, parazity, nádory; imunologická pamäť; regulačné mechanizmy. Črevo je najväčší imunitný orgán. Mikroflóra; výživa a imunita; materské mlieko ako prvá ochrana. Míľniky, osobnosti a veľké otázky imunológie. Od Jennera po chimerické antigénové receptory.

Po absolvovaní predmetu študenti získajú prehľad o jednotlivých komponentoch imunitného systému a ich funkciách, metódach štúdia a význame v modernom biomedicínskom výskume.

Forma výučby: seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 26

Metóda štúdia: prezenčná

Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. (2014) Molecular Biology of the Cell, Garland Science.

Alberts B. a kol. (2014) Essential Cell Biology, 5th edition, W. W. Norton & Company.

Lodish a kol. (2016) Molecular Cell Biology. 8th Edition, W. H. Freeman and Company.

Krebs J. E. a k0l. (2014) Lewin's GENES XI, Jones & Bartlett Learning.

V priebehu semestra budú týždenné písomné previerky. Celkové hodnotenie semináru tvoria výsledky z písomných previerok a aktivita pri riešení úloh počas seminárov. Hodnotiaca stupnica je nasledovná: A – 92 %, B – 84 %, C – 76 %, D – 68 %, E – 60 %. Kredity nebudú udelené študentovi, ktorý z priemeru hodnotenia všetkých absolvovaných písomých previerok získa menej ako 60%.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Proteosyntéza. Jednotlivé štádia proteosyntézy, ich charakterizácia a regulácia. Bakteriálna versus eukaryotická proteosyntéza. Funkcia proteínových faktorov v rôznych štádiách bakteriálnej a eukaryotickej proteosyntézy. Lipidy a bunkové membrány. Štruktúra a vlastnosti fosfolipidov. Štruktúra a ukotvenie membránových proteínov. Amfipatické vlastnosti proteínov. Techniky štúdia membránových proteínov. Membránový transport. Difúzia látok, uľahčená difúzia, primárny a sekundárny aktívny transport. Transportné proteíny v plazmatickej membráne, v membránach bunkových organel, v parietálnych a črevných epiteliálnych bunkách. Experimentálne metódy merania transportu. Post-syntetický osud proteínov a tvorba bunkových organel. Mitochondrie a plastidy. Ich štruktúra, enzymatické vybavenie, funkcia a evolúcia. Mitochondriálne a plastidové genómy. Posstranslačný import proteínov do mitochondrií a plastidov. Jadro, jadrová membrána a komplexy jadrových pórov. Štúdium importu proteínov do jadra. Peroxizómy, ich štruktúra, biogenéza, enzymatické vybavenie, funkcia a evolúcia. Genetické defekty v peroxizómoch. Pohyb a triedenie (sorting) proteínov medzi endoplazmatickým retikulom (ER), Golgiho aparátom, lyzozómami a plazmatickou membránou. Inkorporácia proteínov do membrán ER. Post-translačná modifikácia proteínov a kontrola kvality v ER. Skladanie (folding) membránových proteínov v ER. Špecifické proteolytické štiepenia pre-proteínov. Osud neposkladaných (unfolded) a zle poskladaných (misfolded) proteínov. Vezikulárny transport proteínov. Prióny. Distribúcia (dedičnosť) organel pre delení eukaryotickej bunky. Programovaná bunková smrť. Cytoskeletárny systém eukaryotickej bunky. Aktínové mikrofilamenty. Mikrotubuly. Intermediárne filamenty. Organizáca cytoskeletu a jeho úloha pri bunkových pohyboch. Nelineárna dynamika a biológia: „Samoorganizácia“.

Výsledky vzdelávania: Po absolvovaní predmetu si študenti na základe riešenia problémových úloh rozšíria poznatky o biogenéze bunkových organel, bunkovom cytoskelete a súvisiacich kapitol molekulárnej biológie, získané v predmete Molekulárna biológia bunky 2 a naučia sa analyzovať experimentálne údaje vedúce k týmto poznatkom.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 26

Metóda štúdia: prezenčná, dištančná

Nosek, J. a kol. (2013) Genomika. CreateSpace Independent Publishing Platform.

Brown, T.A. (2002) Genomes. 2nd. edition. Garland Science.

Watson, J.D. a kol. (2007) Recombinant DNA: Genes and Genomes – A short course. 3rd edition. CSHL Press.

V skúšobnom období semestra bude písomný test. Hodnotiaca stupnica je nasledovná: A – 92 %, B – 84 %, C – 76 %, D – 68 %, E – 60 %. Kredity nebudú udelené študentovi, ktorý z písomného testu získa menej ako 60%.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku).

predmet sa poskytuje len v letnom semestri

Genomika a jej význam pre moderný biomedicínsky výskum. Od jednotlivých génov ku kompletným genómom. Techniky fyzikálneho mapovania genómov. Experimentálne stratégie projektov stanovenia sekvencií kompletných genómov (od genómov baktérií ku genómu človeka). Genomika a personalizovaná medicína. „Osobné genómy“ a etické aspekty genomiky. Terapia šitá na mieru. Molekulárna fylogenomika. Paleogenomika. Metagenomika. Stanovenie sekvencií DNA komplexných biologických spoločenstiev. Analýza dynamiky spoločenstiev mikroorganizmov.

Nové prístupy v technológii sekvenovania DNA. Od chemickej a enzymatickej metódy k automatickým analyzátorom DNA. Metódy sekvenovania nukleových kyselín prístupmi SBS, SBL a SBH. Sekvenovanie pomocou nanopórov.

Princípy anotácie a analýzy sekvencií kompletných genómov. Kategorizácia génov a funkčných elementov v genómoch. Bioinformatické princípy identifikácie nových génov. Databázy génov a genómov a datamining.

Komparatívna a evolučná genomika. Evolučné procesy prebiehajúce na úrovni genómov.

Funkčná analýza kompletných genómov. Princípy analýzy transkriptómu a proteómu. Epigenomika.

Chemická genomika a perturbačná biológia.

Úvod do systémovej biológie a matematického modelovania. Biologické systémy ako počítačové modely. Základy matematických modelov v biológii.

Syntetická biológia. Koncepcia minimálneho genómu. Metódy syntetickej biológie. Stratégie syntézy DNA, od prípravy oligonukleotidov k syntéze genómov. Syntetické mikroorganizmy. Biotechnologické aplikácie syntetických organizmov.

0/100

V rámci kurzu študenti získajú prehľad o experimentálnych stratégiách, ktoré umožňujú stanoviť kompletné sekvencie genómov, identifikovať a anotovať gény a následne skúmať ich biologické funkcie. Po absolvovaní predmetu študenti spoznajú základy genomiky, transkriptomiky, proteomiky, interaktomiky, epigenomiky, systémovej a syntetickej biológie, funkčnej a komparatívnej analýzy kompletných genómov a oboznámia sa s významom týchto disciplín pre moderný biomedicínsky výskum a biotechnologické aplikácie.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 26

Metóda štúdia: Prezenčná, dištančná

dostupná na ÚMB SAV.

Rhodes G.: Crystallography made crystal clear, 3 ed. 2006 Academic Press, Elsevier;

Voet a Voetová: Biochemie, Wiley. 4. vyd., 2011;

Bergfors TM: Protein crystallization, International University Line 2009;

Urbániková Ľ.: Kryštalografia proteínov - význam a využitie štruktúr. (2015) In D. UHRÍKOVÁ A KOL.

Biofyzika - Vybrané kapitoly. Bratislava, 2015;

elektronické zdroje

Študenti budú hodnotení na základe písomnej skúšky. Na získanie hodnotenia A je potrebné získať najmenej 90% bodov, na získanie hodnotenia B najmenej 80% bodov, na hodnotenie C najmenej 70% bodov, na hodnotenie D najmenej 60% bodov a na hodnotenie E najmenej 50% bodov. Hodnotenie nebude udelené študentovi, ktorý získa menej ako 50% bodov.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Predmet sa vyučuje v priestoroch Ústavu molekulárnej biológie SAV.

Význam a využitie poznania terciárnych štruktúr proteínov a nukleových kyselín. Štruktúra proteínov a nukleových kyselín, väzbové a neväzbové interakcie. Princípy a metódy kryštalizácie proteínov. Vlastnosti kryštálov proteínov, ich príprava nazber dát. Kryokryštalografia. Zber a spracovanie difrakčných dát. Zdroje žiarenia, Prístrojové vybavenie pre kryštalografiu makromolekúl. Symetria kryštálov, kryštálové sústavy. Kvalita dát. Fázový problém, metódy určenia fáz, príprava izomorfných kryštálov, viacnásobný anomálny rozptyl, molekulová náhrada, výpočet elektrónovej hustoty. Budovanie modelu proteínu. Spresnenie štruktúry, vyhodnocovanie jej kvality. Vzťah štruktúry a funkcie, stabilita proteínov, rozpoznávanie molekúl, proteínové inžinierstvo. Proteínové databázy. Praktické cvičenie z kryštalizácie a demonštrácia dostupnej kryštalografickej prístrojovej techniky a softvéru.

Predmet je zameraný na objasnenie základov kryštalografie a techník používaných pri kryštalizácii biomakromolekúl, zbere dát a určení terciárnej štruktúry. Podáva prehľad o štruktúre proteínov a nukleových kyselín, využití znalosti ich terciárnych štruktúr v ďalšom výskume, o princípoch ďalších techník určovania terciárnych štruktúr s vysokým rozlíšením, využití bioinformatických databáz a programov pre výskum proteínov. Cieľom je pochopenie silných a slabých stránok metódy, schopnosť kriticky interpretovať a správne použiť štruktúry v PDB databáze a porozumenie publikáciám o štruktúrach. Študent by mal získať prvé skúsenosti s kryštalizáciou proteínu a použitím kryštalografických a zobrazovacích programov.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 3 Za obdobie štúdia: 39

Metóda štúdia: prezenčná, dištančná

Prehľadné publikácie vo vedeckých časopisoch zamerané na vybrané témy biomedicínskeho výskumu.

Podmienky na absolvovanie predmetu: Účasť na prednáškach a vypracovanie písomnej práce (rozsah 700-1000 slov), ktorá bude zahŕňať hlavné odkazy 5 vybraných prednášok. Hodnotenie prebehne podľa nasledovnej stupnice: A - vynikajúca práca, B – nadpriemerná práca, C - bežná spoľahlivá práca, D - prijateľná práca, E -práca spĺňajúca minimálne kritériá. Študenti, ktorí nepredložia písomnú prácu, alebo ich práca nesplní minimálne kritériá, budú hodnotení známkou Fx.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Cyklus prednášok je zameraný na oboznámenie študentov s témami biochemického a molekulárno-biologického výskumu na Katedre biochémie PrifUK a na ďalších špičkových pracoviskách UK a SAV.

Poslucháči získajú prehľad o oblastiach biomedicínskeho výskumu realizovaného vo vybraných domácich laboratóriách. Cieľom kurzu je napomôcť študentom pri získavaní najnovších odborných informácií, ako aj pri výbere budúceho zamestnania a pracoviska.

Forma výučby: prednáška/seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 3/1 Za obdobie štúdia: 39/13

Metóda štúdia: Prezenčná/dištančná

L.Turecký: Klinická biochémia, Asklepios Bratislava 2013

M.Ferenčík, B.Škárka, M.Novák, L.Turecký: Biochémia, SAP Bratislava 2000

Písomná skúška formou testu. Test je zostavený z 30 otázok, maximálny možný zisk bodov je 30. Na získanie hodnotenia musí študent získať minimálne 60% z možného bodového ohodnotenia. Na získanie hodnotenia E minimálne 18 bodov, D minimálne 20 bodov, C minimálne 22 bodov, B minimálne 25 bodov a A minimálne 28 bodov.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Predmet sa vyučuje v priestoroch Lekárskej fakulty UK.

Patobiochémia a klinická biochémia v gastroenterológii. Diagnostika ochorení žalúdka, pankreasu a čreva. Funkčné vyšetrenia tráviaceho traktu. Poruchy trávenia a vstrebávania základných živín v tenkom čreve. Patobiochémia a klinická biochémia ochorení pečene. Funkčné testy pečene, hodnotenie fibrogenézy. Bilirubín a diferenciálna diagnostika ikterov. Základy klinickej biochémie v nefrológii. Proteinúria a jej diferenviálna diagnostika. Vyšetrovanie moču. Skríningové, základné a nadstavbové vyšetrenia v nefrológii. Laboratórna diagnostika v onkológii. Nádorové markery. Detekcia malígneho nádoru, monitorovanie priebehu terapie, včasná diagnostika recidívy ochorenia. Poruchy regulácie glykémie. Diabetes mellitus. Orálny glukózový tolerančný test. Diabetické komplikácie a ich diagnostika. Monitorovanie pacienta s diabetom. Vyšetrovanie porúch sekrécie hormónov kôry nadobličiek. Cushingov a Connov syndróm. Diagnostika hyper a hypofunkcie štítnej žľazy. Základy patobiochémie kostí. Laboratórna diagnostika ochorení skeletu.

Študenti získajú vedomosti z oblastí: patobiochémia a klinická biochémia jednotlivých orgánových systémov; základy indikácie a interpretácie laboratórnych vyšetrení pri diagnostike a monitorovaní ochorení jednotlivých orgánových systémov (ochorenia GITu, pečene, obličiek, kardiovaskulárneho systému, onkologické ochorenia, diabetologia).

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 26

Metóda štúdia: Prezenčná, dištančná

(i) Christopher Walsh and Timothy Wencewicz (2016) Antibiotics. Challenges, Mechanisms, Oportunities ASM Press (Washington DC). 455 pp

(ii) Christopher Walsh (2003) Antibiotics. Actions, Origins, Resistance. ASM Press (Washington DC). 345 pp

(iii) Richard G. Wax, Kim Lewis, Abigail A. Salyers, Harry Taber (2008) Bacterial Resistance to Antimicrobials. CRC Press. 430 pp

(iv) Aktuálne články na dané témy z vedeckých časopisov a materiály poskytnuté vyučujúcimi.

Podmienky na absolvovanie predmetu: Hodnotenie bude udelené na základe ústnej skúšky, ktorej obsahom bude diskusia o vybranej publikácii. Stupnica: A – vynikajúce vedomosti a prehľad, B – nadpriemerné vedomosti a prehľad, C – priemerné vedomosti a prehľad, D - podpriemerné vedomosti a prehľad, E - minimálne vedomosti a prehľad. Študenti, ktorí nepreukážu ani minimálne znalosti, budú́ hodnotení FX.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Predmet sa poskytuje každý druhý rok. Alternuje s predmetom Aplikovaná biochémia a biotechnológie.

1. Mechanizmus pôsobenia antibiotík

Štruktúra bunkového obalu grampozitívnych, gramnegatívnych baktérií a mykobaktérií. Validované ciele a hlavné triedy antibiotík. Štruktúra a syntéza peptidoglykánu (PG). ATB zasahujúce cytoplazmové kroky syntézy peptidoglykánu. ATB zasahujúce membránové kroky syntézy PG. ATB zasahujúce extracytoplazmové kroky syntézy PG. Penicilín-viažuce proteíny a ich inhibícia β-laktámami. Bakteriálna proteosyntéza a ATB, ktoré ju inhibujú: inhibítory 50S podjednotky, inhibítory 30S podjednotky. ATB, ktoré blokujú replikáciu a opravu DNA. Sulfonamidy - história, význam a mechanizmus pôsobenia.

2. Rezistencia na antibiotiká

Ochrana producentov ATB. Prirodzená verzus získaná rezistencia. Mechanizmy rezistencie. Enzymatická deštrukcia a modifikácia ATB rezistentnými baktériami. β-laktamázy. Regulácia expresie génov pre β-laktamázy. Eflux ATB. SMR proteíny: topológia, štruktúra a transportný mechanizmus. RND proteíny: charakteristika, štruktúra, rotačný transport a možnosti inhibície. MFS proteíny: rozdelenie, topológia, a štruktúra. ABC transportéry: charakteristika, štruktúra a transportný mechanizmus. Experimentálne prístupy pri štúdiu ABC transportérov. Regulácia expresie génov kódujúcich efluxné pumpy. Modifikácia molekulárneho cieľa ATB.

3. Biosyntéza antibiotík

Charakteristika streptomycét ako hlavného zdroja antibiotík. Regulácia sekundárneho metabolizmu v streptomycétach. Principiálne kroky biosyntézy fosfomycínu, aminoglykozidov, chloramfenikolu, ATB odvodených od chorizmátu, a lantibiotík. Antibiotiká typu polyketidov (PK) a neribozomálnych peptidov (NRP) - príklady, princípy syntézy, podobnosť s FAS. PKS typu I a PKS typu II. Syntéza NRP antibiotík; príklady.

4. Vývoj nových antibiotík

Generácia syntetických derivátov ATB. Stratégia vývoja nových ATB. Vyhľadávanie nových molekúl. Racionálny dizajn nových ATB. Testovanie esenciality génov. Potenciálne ciele pre vývoj nových ATB – enzýmy biosyntézy bunkovej steny, mastných kyselín, syntézy proteínov, replikácie a opráv DNA. Testovanie účinnosti molekúl. Virtuálne vyhľadávanie inhibítorov. Farmakokinetika: ADME, Lipinského pravidlá. Metabolizmus xenobiotík.

5. Tuberkulóza: výzva pre vývoj a pôsobenie nových antibiotík

Tuberkulóza (TBC) v minulosti a v súčasnosti. Charakteristika pôvodcu TBC. Súčasné možnosti terapie TBC – štruktúra, mechanizmus pôsobenia a mechanizmy rezistencie antituberkulotík. Vývoj nových antituberkulotík.

V rámci prednášok sa študenti oboznámia s mechanizmami pôsobenia a rezistencie antibiotík, ako aj s najnovšími prístupmi v oblasti vývoja nových antibiotík.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 26

Metóda štúdia: Prezenčná, dištančná

Eric Kandel, James H. Schwartz, and Thomas Jessell: Principles of neural science

Michael Gazzaniga, Richard B. Ivry, George R. Mangun: Cognitive Neuroscience: The Biology of the Mind

V skúšobnom období semestra bude písomný test. Na získanie hodnotenia A je potrebné získať najmenej 95% bodov, na získanie hodnotenia B najmenej 85% bodov, na hodnotenie C najmenej 75% bodov, na hodnotenie D najmenej 65% bodov a na hodnotenie E najmenej 55% bodov. Kredity nebudú udelené študentovi, ktorý získa menej ako 55% bodov.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Predmet sa poskytuje, ak si ho zapíše najmenej 5 študentov.

Od histórie po súčastnosť neurovied- najväčšie objavy neurobiológie, nezodpovedané otázky a výzvy

Anatómia centrálneho a periférneho nervového systému, funkčná neuroanatómia- sympatikus, parasympatikus, anatomické členenie mozgu, funkčná asymetria mozgových hemisfér, jednotlivé centrá a ich funkcia

Bunky nervového systému- neuróny a gliové bunky (astrocyty, mikroglie, oligodendrocyty), ich štruktúra a funkcia

Neurofyziológia- membrány, kľudový a akčný potenciál, šírenie vzruchu

Synapsie a synaptický prenos- typy synapsií, ich funkčné časti, mechanizmus synaptického prenosu a jeho regulácia

Neurotransmitery a ich receptory- charakteristika neurotransmiterov a ich receptorov, skupiny neurotransmiterov a ich účinky, úloha neurotransmiterov a dôsledky ich dysregulácie

Zmysly- molekulárne princípy a fyziológia zmyslového vnímania, rozdiely medzi jednotlivými zmyslami, prepojenie zmyslov a centrálneho nervového systému

Učenie a pamäť- druhy pamäti, molekulárne princípy učenia a ukladania pamäti

Emócie a neuroplasticita- molekulárne princípy emócií, neurogenéza a klinické dôsledky poškodenia neuroplasticity

Metódy výskumu v neurovedách- od zobrazovacích metód v neurológii po molekulárne nástroje používané pri neurobiologickom výskume

Absolvovaním kurzu študenti získajú základné poznatky z molekulárnej a bunkovej neurobiológie, ako aj neuroanatómie. Témy kurzu pokrývajú aj fyziológiu nervového prenosu až po jeho integráciu do vyšších mozgových funkcií (napr. učenie, pamäť). Kurz zahŕňa aj prehľad metód používaných v neurobiologickom výskume.

Forma výučby: seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 26

Metóda štúdia: kombinovaná

Súbory zozbieraných materiálov pre jednotlivé odbory, ktoré pripravia/vypracujú vyučujúci KJA

Podmienkou na absolvovanie predmetu je účasť na seminároch, systematická príprava a odovzdanie vypracovaných tém podľa dohodnutého harmonogramu.

Hodnotiaca škála je nasledovná:

A (100-92%, výborne – vynikajúce výsledky),

B (91-84%, veľmi dobre – nadpriemerný štandard),

C (83-76%, dobre – bežná spoľahlivá práca),

D (75-68%, uspokojivo – prijateľné výsledky),

E (67-60%, dostatočne – výsledky spĺňajú minimálne kritériá),

Fx (59-0%, nedostatočne – vyžaduje sa ďalšia práca navyše)

Anglický, minimálne B2 úroveň

Príprava na jazykové požiadavky príslušných študijných odborov a rozvoj všetkých

jazykových zručností na základe učebných materiálov, ktoré vypracujú, resp. pripravia

vyučujúci Katedry jazykov.

o Čítanie akademických článkov s porozumením

o Morfologicko-syntaktická analýza vedeckého textu

(používanie časov v jednotlivých častiach vedeckého článku, trpný rod, nominalizácia,

predložkové spojenia, spojky/pomlčky, hedging - predbežné tvrdenia, písanie názvov

článkov, ...)

o Sumarizácia vedeckého článku

o Prezentácia vedeckého článku

Výučba angličtiny v rámci predmetu EAP 1/English for Academic Purposes je zameraná

predovšetkým na porozumenie akademických textov v písomnej a zvukovej podobe a študent

nadobudne odbornú slovnú zásobu a techniky potrebné na rozvoj všetkých jazykových

zručností. Dôležitým cieľom je rozvíjať u študentov schopnosť študovať anglický jazyk

samostatne, resp. s minimálnou podporou učiteľa (autonómne štúdium) a motivovať ich ku

ďalšiemu samoštúdiu.

Forma výučby: seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 24

Metóda štúdia: kombinovaná

súbory zozbieraných materiálov pre jednotlivé odbory, ktoré pripravia/vypracujú vyučujúci KJA

Podmienkou na absolvovanie predmetu je účasť na seminároch, systematická príprava a odovzdanie vypracovaných tém podľa dohodnutého harmonogramu.

Hodnotiaca škála je nasledovná:

A (100-92%, výborne – vynikajúce výsledky),

B (91-84%, veľmi dobre – nadpriemerný štandard),

C (83-76%, dobre – bežná spoľahlivá práca),

D (75-68%, uspokojivo – prijateľné výsledky),

E (67-60%, dostatočne – výsledky spĺňajú minimálne kritériá),

Fx (59-0%, nedostatočne – vyžaduje sa ďalšia práca navyše)

Anglický, minimálne B2 úroveň

Príprava na jazykové požiadavky príslušných študijných odborov a rozvoj všetkých

jazykových zručností na základe učebných materiálov, ktoré vypracujú, resp. pripravia

vyučujúci Katedry jazykov.

o Čítanie akademických článkov s porozumením

o Písanie abstraktov

o Plagiátorstvo a parafrázovanie

o Review (posudok) vedeckého článku

o Práca s populárno-náučnými prednáškami TED (www.ted.com)

o Analýza odborného problému z pohľadu rôznych vedeckých odborov

o Diskusia

Výučba angličtiny v rámci predmetu EAP 2/English for Academic Purposes je zameraná

predovšetkým na porozumenie akademických textov v písomnej a zvukovej podobe a študent

nadobudne odbornú slovnú zásobu a techniky potrebné na rozvoj všetkých jazykových

zručností. Dôležitým cieľom je rozvíjať u študentov schopnosť študovať anglický jazyk

samostatne, resp. s minimálnou podporou učiteľa (autonómne štúdium) a motivovať ich ku

ďalšiemu samoštúdiu