Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 28

Metóda štúdia: prezenčná

Raina M. Maier, Ian L. Pepper, Charles P. Gerba (2000) Environmental Microbiology Gulf Professional publishing, 585 pp

Stanley A. Plotkin,Walter A. Orenstein,Paul A. Offit (2008) Vaccines, Elsevier Inc., 1691 pp

SA Plotkin (2011) History of Vaccine Development, Springer Verlag, 349 pp

Graumann P (2012) Bacillus: Cellular and Molecular Biology, 2nd edition, Caister Academic Press, Norfolk UK 405 pp

Predmet končí písomnou skúškou s nasledovným hodnotením: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

1. Molekulárna analýza proteínov zúčastňujúcich sa procesov bunkového delenia, sporulácie a programovanej bunkovej smrti u Bacillus subtilis. 2. Asymetrické delenie buniek a jeho kľúčová úloha vo vývoji baktérií, ktoré vstupujú do špecifického diferenciačného procesu nazývaného sporulácia. Biochemické, genetické a štrukturálne štúdie systému toxín-antitoxín u Bacillus subtilis. 3. Profil infekčných chorôb v ľudskej populácii. Novo sa objavujúce patogény, bioterorizmus. Multifaktorová povaha virulencie a patogenity baktérií, toxíny - endotoxíny, enterotoxíny štruktúra, funkcia, mechanizmy účinku, genetika; invazívny - povrchové proteíny bunky, extracelulárne enzýmy /hyaluronidáza, kolagenáza, kináza etc./, mechanizmy invazívneho procesu, sekréčny mechanizmus III typu, ostrovy patogenity, genetika; adhezíny - morfológia fimbrií, povrchové štruktúry, podporné faktory - Quorum sensing, biofilm, dormantné formy, mimicry fenomén. Faktory patogenity vo funkcii protektívnych vakcínových antigénov. Vývoj a konštrukcia vakcín. Vakcíny klasické, rekombinanté, DNA, konjugované etc. Genomika a možnosti konštrukcie vakcín. 4. Vzťahy organizmov v ekosystéme. Vzťahy medzi mikroorganizmami - mikrobiocenóza a jej autoregulačné mechanizmy. Metabióza, symbióza, antibióza, parazitizmus. 5. Vzťahy medzi organizmami a vyššími rastlinami - rizosférna mikroflóra, mykoríza, patogénne vzťahy medzi mikroorganizmami a rastlinami. 6. Architektúra spoločenstva mikroorganizmov v pôdnom ekosystéme. 7. Pôdotvorné procesy, spoločenstvá mikroorganizmov zúčastňujúce sa obehu základných biogénnych prvkov v prírode. 8. Vzťahy mikroskopických húb v spoločenstve mikroorganizmov, extracelulárne enzýmy podieľajúce sa na rozklade organickej hmoty.8. Molekulárny pohľad na biodiverzitu a fylogenézu spoločenstiev mikroorganizmov v ekosystéme. 9. Architektúra spoločenstva nižších eukaryotov v ekosystéme, ich vzájomná komunikácia prostredníctvom špecifických signálov. 10. Adaptívne zmeny metabolizmu ako odpoveď buniek na environmentálny stres. 11. Metodické prístupy funkčnej analýzy genómu mikroorganizmov, transkriptóm, proteóm, metabolóm. 12. Molekulárne prístupy a techniky využívané na štúdium spoločenstiev mikroorganizmov v ekosystéme. 13. Mikrobiológia vody – kultivačné metódy, indikátorové mikroorganizmy, biofilmy, metódy stanovenia mikrobiálnej komunity vo vodnom prostredí.

Prednáška oboznamuje študentov s aktuálnymi problémami súčasnej mikrobiológie - so spoločenstvami mikroorganizmov a ich úlohou vo vybraných ekosystémoch (v pôde, vode), so zreteľom na vzájomné vzťahy prítomných prokaryotických a eukaryotických mikroorganizmov. Molekulárna podstata patogenity a mechanizmy virulencie baktérií. Toxíny, adhezíny, invazíny, sekundárne faktory virulencie. Vakcíny, vývoj a súčasné trendy v ich konštrukcii. Molekulárna podstata základných procesov v prokaryotických bunkách na úrovni proteínov a možnosti ich experimentálnej analýzy. Využitie proteomiky v súčasnej mikrobiológii.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 28

Metóda štúdia: prezenčná

Texty prednášok jednotlivých vyučujúcich

Rajčáni,J. A Čiampor,F.(2006,): Lekárska virológia. SAP-Bratislava, ISBN 80-224-0911-1, 574 strán.

Predmet končí písomnou skúškou, ktorá je hodnotená štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Molekulové mechanizmy patogenézy vybraných vírusových infekcií. Molekulárna epidemiológia hantavírusov na Slovensku s dôrazom na prírodné ohniská urbánneho typu krajiny. Potyvírusy a výskum ich proteínov. Súčasnosť a budúcnosť vírusov chrípky. Molekulárne metódy virologickej diagnostiky. Vírusy a nádorová progresia. Priónové nákazy a priónove proteíny.

Cieľom predmetu je odprezentovať špeciálne témy, ktoré neboli súčasťou povinných prednášok a prinesnajú novšie poznatky z aktuálnej oblasti virológie.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách): 26 hodín prednášok

Týždenný: 2 hodiny prednášok Za obdobie štúdia: 13. týždňov

Metóda štúdia: prezenčná / dištančná

Darnell-Lodish-Baltimore: Molecular Cell Biology, niektoré z novších vydaní

Alberts-Bray-Johnoson-Lewis-Raff-Roberts-Walter: Základy buněčné biologie. Úvod do molekulární biologie buňky, 1997, Český preklad z angličtiny

Kaušitz, Altaner a kol.: Onkológia, VEDA 2003

Aktuálne súhrnné články v popredných vedeckých časopisoch (Nature Reviews Cancer, Cancer Cell a i.)

Záverečný písomný test. Na získanie hodnotenia A je potrebné získať najmenej 92% bodov z testu, na získanie hodnotenia B najmenej 84% a menej ako 92% bodov z testu, na hodnotenie C najmenej 76% bodov a menej ako 84% z testu, na hodnotenie D najmenej 68% a menej ako 76% bodov z testu a na hodnotenie E najmenej 60% a menej ako 68% bodov z testu. Kredity nebudú udelené študentovi, ktorý získa menej ako 60% bodov. Hodnotenie je identické aj pri dištančnej forme vzdelávania.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Predmet bude vyučovaný iba v letnom semestri.

1. Štruktúra eukaryotických génov, základné typy eukaryotických promótorov, metódy na určovanie aktivity eukaryotických promótorov; 2. Transkripcia - iniciácia a terminácia, transkripčné faktory, charakteristika mRNA s krátkym polčasom rozpadu, molekulárno-biologické metódy, ktorými sa dá určiť transkripčný počiatok; 3. Onkoproteíny, tumor supresorové proteíny, prenos bunkových signálov; 4. Kontrola bunkového cyklu; 5. Typy poškodenia DNA a základné mechanizmy opravy DNA; 6. p53 a príbuzné proteíny, 7. Apoptóza a autofágia, morfologická a biochemická charakteristika, iniciačné stimuly a hlavné regulátory; 8. Angiogenéza, hypoxia – biologické následky a molekulové dráhy; 9. Bunková adhézia, migrácia a invazívnosť, metastatická kaskáda, medzibunková komunikácia; 10. Ochorenia spojené s poruchami v reguláciách bunkových dejov.

Objasniť podstatu molekulových mechanizmov, ktoré riadia a kontrolujú expresiu génov v rôznych fyziologických a patologických situáciách, a ktoré regulujú prenos signálov v eukaryotickej bunke a medzi bunkami. Detailne vysvetliť, ako tieto mechanizmy určujú priebeh rôznych bunkový dejov, ktoré kľúčové molekuly sa na nich podieľajú a akým spôsobom odpovedajú na stimuly z vonkajšieho aj vnútorného prostredia. Tento predmet má zásadnou mierou prispieť k pochopeniu základných molekulárnych princípov životných fenoménov na úrovni bunky a tkaniva.

Forma výučby: prednáška/cvičenie

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2/2 Za obdobie štúdia: 28/28

Metóda štúdia: prezenčná

N.J.Dimmock, A.J.Easton and K.N.Leppard: Introduction to modern virology a odborná literatúra podľa odporúčania jednotlivých vyučujúcich

Kostrábová A., Pastoreková S., Betáková T: Biosyntéza vírusov I, Bratislava, Univerzita Komenského, 2018, ISBN 978-80-223-4402-9

Golais F.: Všeobecná, bunková a molekulárna virológia, Bratislava, Univerzita Komenského, 2012, 134 s, ISBN 978-80-223-3235-4.

Golais F., Kabát P.: General, cellular and molecular virology. Bratislava, Univerzita Komenského, 2013, 152 s., ISBN 978-80-223-3452-5.

Betáková T: Vírusy chrípky -štruktúra, replikácia, imunita, autofágia a vznik pandemických kmeňov. Bratislava, Univerzita Komenského 2020, ISBN 978-80-223-4935-2

Prerekvizita pre štátnu skúšku - Molekulárna biológia a genetika mikroorganizmov a vírusov

Záverečná skúška je podmienená ukončením praktickej skúšky z praktických cvičení s minimálnym hodnotením E. Záverečná skúška pozostáva z ústnej rozpravy, ktorá je hodnotená štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Prednášky: Naviazanie vírusu a vstup vírusu do bunky. Replikácia vírusovej DNA. Replikácia RNA vírusov: Baltimore trieda 3, 4 a 5. Replikácia RNA vírusov s DNA medziproduktom a vice versa I. Replikácia RNA vírusov s DNA medziproduktom a vice versa II. Expresia génov v DNA a reverzne transkribovaných vírusoch I. Expresia génov v DNA a reverzne transkribovaných vírusoch II. Expresia génov a ich regulácia v Reo-, Picorna- a Alfavírusov. Expresia génov a v RNA vírusoch s negatívnou polaritou, nesegmentovaných. Expresia génov a v RNA vírusoch s negatívnou polaritou, segmentovaných. Skladanie vírusov. Vírus-hostiteľ interakcie. Cvičenia: Na cvičeniach si študenti osvoja základy moderných techník používaných v molekulárnej biológii vírusov: dizajnovanie primérov, výpočet koncentrácie nukleotidov, izolácia nukleovej kyseliny, pipetovanie, mikropipetovanie, PCR techniky, elektroforéza v agarózovom gély, semi-kvantitatívna analýza, skríning rekombinantných vírusov a pod.

V rámci predmetu študent získa prehľad o stratégii vírusov pri vstupe a prenikaní do bunky, mechanizmoch replikácie vírusov na molekulovej úrovni, o interakciách medzi vírusovými a bunkovými génmi. Oboznámia sa so všeobecnými princípmi množenia vírusov, replikácie ich genómu expresie génov, regulácie transkripcie a translácie. Rozoberú sa vírusy s DNA genómom, stratégie replikácie a génovej expresie v jednotlivých čeľadiach vírusov. Pozornosť sa bude venovať tiež vírusom využívajúcim reverznú transkripciu, mechanizmom zabudovania vírusovej DNA do bunkovej DNA ako aj vírusom s RNA genómom s kladnou, zápornou a obojakou polaritou, stratégii replikácie a génovej expresie v jednotlivých čeľadiach. Študent sa dozvie o vzťahu vírusov k infikovanej bunke a o vzájomných interakciách vírus a hostiteľskej bunky. Študent získa základné zručnosti v laboratórnych technikách používaných v molekulárnej biológii.

Forma výučby: prednáška/cvičenie/seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2/2/1 Za obdobie štúdia: 28/28/14

Metóda štúdia: prezenčná

Murray P., Rosenthal K., Pfaller M.: Medical Microbiology, Elsevier 2012, ISBN: 978-0-323- 08692-9

Hogg S: Essential Microbiology, John Wiley & Sons, Ltd. 2013, ISBN 978-1-119- 97891-6

Štefanovič J., Hanzen J.: Lexikón lekárskej bakteriológie, HPL SERVIS spol. s.r.o., 2013, ISBN 978-80-971151-1-1.

Štefanovič J.: Lexikón bakteriológie, Slovenská lekárska komora, 2008.

Aktuálne internetové zdroje

Prerekvizita pre štátnu skúšku - Lekárska mikrobiológia a virológia

Záverečná skúška je podmienená ukončením praktickej skúšky z praktických cvičení s minimálnym hodnotením E. Záverečná skúška pozostáva z ústnej rozpravy, ktorá je hodnotená štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v slovenskom a anglickom jazyku)

Mikroorganizmy ako pôvodcovia infekčných ochorení; Základné pojmy pri vývine infekčného ochorenia (patogenita, virulencia, brána vstupu, cesty prenosu, patogenéza, inkubačná doba); Základy epidemiológie, základné termíny a metódy epidemiológie, rozdelenie infekcií podľa miesta výskytu; Patogénne a podmienečne patogénne mikroorganizmy, ich faktory virulencie, mikrobiálne exotoxíny a endotoxíny; Gram-pozitívne baktérie: Actinomyces, Firmicutes a Tenericutes; Gramnegatívne baktérie: Enterobacteriaceae, Vibrionaceae, pseudomonády a ďalšie Gram-negatívne paličky: Pasteurellaceae (Haemophilus, Pasteurella, Bordetella, Brucella, Francisella); Spirochéty (Treponema, Borrelia, Leptospira), chlamýdie a rickettsie; Základné identifikačné postupy využívané v lekárskej mikrobiológii; Úvod do antiinfekčnej terapie - základné pojmy a história; Klasifikácia antimikrobiálnych látok a ich chemická štruktúra; Mechanizmy účinku a rezistencie baktérií voči antibiotikám; Dezinfekčné látky; Metódy zisťovania citlivosti baktérií na antibiotiká.

Študenti sa oboznámia s hlavými skupinami pôvodcov bakteriálnych infekčných ochorení a získajú prehľad o jednotlivých skupinách antimikrobiálnych látok. Oboznámia sa taktiež so základnými diagnostickými metódami v detekcii patogénnych mikroorganizmov - mikroskopickými, kultivačnými a sérologickými metódami ako aj sledovaním citlivosti patogénnych mikroorganizmov na antiinfekčné terapeutiká.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 28

Metóda štúdia: prezenčná

Buc (2012) Základná a klinická imunológia, vyd. VEDA SAV, ISBN 9788022412353;

Chapel (2018) Základy klinické imunologie, 6.vyd., Triton, ISBN 9788075533968;

Nathanson (2007) Viral Pathogenesis and Immunity, 2nd edn, AP Elsevier; Punt (2018) Kuby Immunology, 8th edn, Macmillan, ISBN 9781319114701;

Abbas (2019) Basic Immunology: Functions and Disorders of the Immune System, 6th edn. AP Elsevier, ISBN 9780323549431;

Mahajan V.S. (2019) Immunology Laboratory Testing An Issue of the Clinics in Laboratory Medicine, AP Elsevier, ISBN 9780323711579;

Male (2020) Immunology, 9e AP Elsevier, ISBN 9780702078446.

Predmet končí písomnou a ústnou skúškou, ktorá je hodnotená štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský, český v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Úvodná prednáška o imunitnom systéme. Imunitná odpoveď na vírusovú infekciu. Imunológia infekcie vírusom chrípky. Imunológia infekcie vírusom SARS-Cov-2. Imunológia infekcie vírusom HIV. Imunológia infekcie herpetickými vírusmi. Onkogénne vírusy a imunitný systém. Únikové mechanizmy a stratégie vírusov pred imunitným systémom. Virokíny a viroceptory. Imunitná odpoveď na bakteriálnu infekciu. Únikové mechanizmy a stratégie baktérií pred imunitným systémom. Imunitná obrana pred hubami. Imunitná obrana pred parazitickými protozoa a červami. Efektorové odpovede proti parazitickým červom. Protilátky v imunitnej obrane pred parazitmi. Únikové mechanizmy parazitov pred imunitným systémom, antigénne mimikry. Mechanizmy využívané protozoa na obranu pred makrofágmi. Imunitná odpoveď na infekciu chlamýdiami a mykoplazmami. Imunoprofylaxia. Vakcíny. Imunopatologické procesy. Hypersenzitívne reakcie. Autoimunitné ochorenia. Imunodeficientné stavy, primárne a sekundárne imunodeficiencie.

Imunológia je jednou z najdynamickejšie sa rozvíjajúcich vedných disciplín, ktoré ovplyvňujú aj klinickú virológiu a mikrobiológiu. Prednášky z tohto predmetu budú zamerané na interakcie hostiteľa a rôznych druhov patogénov (vírusov, baktérií, kvasiniek, chlamýdií, parazitických červov, protozoí a i.). Študentom poskytnú podrobnejšie informácie o spomenutých skupinách patogénov versus imunitný systém. Cieľom prednášok je priblížiť študentom imunologické aspekty, procesy a interakcie, ktoré prebiehajú v hostiteľskom organizme počas infekcie rôznymi druhmi infekčných patogénov.

Forma výučby: seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 28

Metóda štúdia: prezenčná

Odborná anglická knižná a časopisecká literatúra z oblasti virológie a mikrobiológie podľa vlastného výberu študenta/študentky.

Podmienkou pre absolvovanie seminára bude aktívna účasť študenta na hodinách seminára, vypracovanie seminárnych zadaní a ich prezentácia. Hodnotenie seminára bude udelené nasledovne: A (100-92 %) študent všetky zadania a prezentácie absolvuje na výbornej úrovni; B (91-84 %) študent všetky zadania spracuje a odprezentuje na veľmi dobrej úrovni; C (83-76 %) študent spracováva vedecké poznatky s pomocou učiteľa a prezentácia je na dobrej úrovni; D (75-68 %) študent potrebuje na spracovanie vedeckej literatúry výraznú pomoc učiteľa a prezentácia je dostatočná; E (67-60 %) študent vyvíja minimálnu vlastnú aktivitu a jeho prezentácia je neúplná a podpriemerná. Kredity nebudú udelené študentovi, ktorý nepracoval samostatne a nebol schopný vypracovať seminárne zadania ani ich odprezentovať. V každom hodnotení je zahrnutá aj aktivita študenta/študentky v diskusiách vedených v priebehu seminára počas celého semestra.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Zadanie tematických okruhov pre vypracovanie seminárnych prác (malých projektov) a ich zadelenie jednotlivým študentom. Vypracovanie oponentských posudkov študentami na malé projekty. Vysvetliť ako pripraviť výstižnú a zaujímavú vedeckú prezentáciu. Prezentácia seminárnej práce zameranej na rôzne metodické princípy a následná spoločná diskusia. Aktívna aj pasívna účasť na Študentskej vedeckej konferencii PriF UK. Vyhľadanie a spracovanie prehľadového článku k téme diplomovej práce od každého študenta/študentky. Krátka prezentácia v slovenskom alebo anglickom jazyku.

Študenti sa oboznámia s princípmi rôznych metodických postupov z oblasti virológie, mikrobiológie, imunológie a molekulárnej biológie formou krátkych metodických prezentácií. Naučia sa získavať informácie štúdiom anglickej odbornej literatúry, naučia sa ako správne napísať malý vedecký projekt, ako pripraviť prehľadnú a výstižnú vedeckú prezentáciu. Precvičia si vystupovanie pred odbornou verejnosťou. Vyskúšajú si vypracovanie oponentských posudkov na rôzne vedecké zadania (projekty).

Forma výučby: seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 28

Metóda štúdia: prezenčná

Aktuálna periodická vedecká literatúra podľa zamerania diplomovej práce študenta.

Predmet končí písomnou skúškou s nasledovným hodnoteím: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Príprava písomných a ústnych referátov študentov na základe odbornej a vedeckej literatúry, ktorá súvisí s konkrétnym projektom realizovanej diplomovej práce – zásady koncipovania Literárneho prehľadu diplomovej práce. Prezentácia experimentálnych výsledkov študentov formou krátkej prednášky a abstraktu v slovenskom a anglickom jazyku - zásady konfrontácie získaných údajov s publikovanými dátami ako podklad pre prípravu Diskusie a Záverov diplomovej práce.

Seminár pripraví študentov na záverečné obhajoby realizovaných diplomových prác, študenti sa zdokonalia v prezentácii vlastných experimentálnych výsledkov ako aj v ich schopnosti reagovať na otázky v diskusii.

Forma výučby: cvičenie

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: Za obdobie štúdia: 3t

Metóda štúdia: prezenčná

Manuál experimentálnych prác.

Predmet sa hodnotí podľa aktivity študenta pri získavaní a hodnotení vlastných experimentálnych výsledkov podľa zamerania projektu diplomovej práce. Na získanie hodnotenia A študent získava experimentálne výsledky samostatne, na získanie B študent získava experimentálne výsledky s minimálnou pomocou učiteľa, na získanie C študent získava experimentálne výsledky s väčšou pomocou učiteľa, na získanie D študent získava experimentálne výsledky s výraznou pomocou učiteľa, na získanie E študent získava experimentálne výsledky s minimálnou vlastnou aktivitou. Hodnotenie nebude udelené študentovi, ktorý vlastným pričinením nedosiahne žiadne experimentálne výsledky.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Pod dohľadom vedúceho diplomovej práce študent vykonáva experimenty súvisiace s experimentálnym zámerom diplomovej práce.

Cieľom predmetu je experimentálne napľňanie cieľov diplomovej práce.

Forma výučby: prednáška/seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2/1 Za obdobie štúdia: 28/14

Metóda štúdia: prezenčná

Branden, C., Tooye, J.: Introduction to Protein Structure, Garland Publ. 1991, ISBN 0-8153- 2305-0

Bauerová-Hlinková V., Kabát, P, Bauer, J.: Proteíny - štruktúra a funkcia 1 a 2 diel,

Vydavateľstvo UK, Bratislava, ISBN 978-80-223-4524-8

Bauer, J., Bauerová, V., Kabát, P.: Introduction to protein structure, Bratislava : Veda, 2012. ISBN 978-80-224-1225-4

Predmet sa končí písomným testom, ktorý je hodnotený štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Úvod do štruktúry proteínov so zameraním na motívy a domény. Kvartérna štruktúra proteínov, globulárne a fibrilárne protein podieľajúce sa na transporte patogénov v bunke. Princípy vzájomných interakcií medzi proteínmi bunky a patogénu. Zvinovanie proteínov v podmienkach in vivo a bunková kontrola správneho zvinutia. Post-translačné modifikácie proteínov. Proteínové konformačné ochorenia s dôrazom na prióny. Proteázy, Rozpoznávanie cudzích molekúl protilátkami a T-bunkovými receptormi. Medzibunková komunikácia. Metódy určovania konformácie proteínov. Princípy proteínového inžinierstva a proteomiky. Interakcie bunkových proteínov s patogénmi. Základné postupy a metódy pri určovaní štruktúry proteínov. Práca s proteínovými databázami.

Študent po absolvonaní predmetu získa základné znalosti o štruktúre a funkciách proteínov. Získa poznatky o najnovších metódach používaných pri zisťovaní proteínových štruktúr a oboznámi sa zo základmi proteomiky ľudských mikrobiálnych a vírusových patogénov.

Forma výučby: seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 28

Metóda štúdia: prezenčná

Aktuálne internetové zdroje odbornej literatúry.

Hodnotená bude schopnosť študentov spracovať, prezentovať a diskutovať prezentovanú odbornú tému. Hodnotenie bude udelené nasledovne: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Náplňou seminára sú prednášky ako a.j prezentácia študentov, ktorí spracujú zadané tematické okruhy. Tematické okruhy: Nanopórové sekvenovanie, single-cell sekvenovanie, mikrobiálna transkriptomika a metabolomika, minimetagenomika, crispr-cas systém, RNA-interference, exozómy, molekulové biomarkery, vírusové vektory, imunoantibiotiká, fekálna transplantácia, konfokálna mikroskopia, prietoková cytometria, nmr a i.

Seminár je zameraný na rozšírenie poznatkov z oblasti moderných molekulárnych a biotechnologických metód ako aj na získanie informácií o využívaní produktov ich metabolickej aktivity mikroorganizmov pri príprave funkčných potravín. Zároveň sa študenti naučia spracovať odborné poznatky, prezentovať ich a diskutovať o nich.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 28

Metóda štúdia: prezenčná

Jihad René Albani. Principles and Applications of Fluorescence Spectroscopy. Wiley, 2007.

M.G Gore Spectrophotometry and Spectrofluorimetry: A practical approach. Oxford University Press, 2000.

Záverečná skúška pozostáva z ústnej rozpravy, ktorá je hodnotená štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Spektrofotometria: Interakcia svetla s hmotou. UV-Vis spektrá vybraných látok. Princípy fungovania spektrofotometra. Nastavenie meraní a použitia spektrofotometra. Spektrofluorimetria: Fluorescencia, meranie fluorescencie, aplikácie. Časovo rozlíšená fluorescencia a fosforescencia. Vplyv javov a interakcií na fluorescenčné spektrá. Základy cirkulárneho dichroizmu. Využitie spektrálnych metód pre charakterizáciu niektorých biochemických a biologických procesov. Porovnanie optických mikroskopických metód s elektrónovou mikroskopiou.

Študenti sa oboznámia s princípmi a praktickým využitím základných fyzikálno-chemických metód, ktoré sa bežne uplatňujú v biologickom laboratóriu. K metódam patria spektrofotometria, spektrofluorimetria, cirkulárny dichroizmus, optická, fluorescenčná a elektrónová mikroskopia. Dôraz bude smerovaný na pochopenie základných zákonitostí medzi princípmi metód a ich praktickom využití vo vedeckom výskume a každodennej laboratórnej praxi.

Forma výučby: prednáška/cvičenie/seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2/2/1 Za obdobie štúdia: 28/28/14

Metóda štúdia: prezenčná

Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter (2007) Molecular Biology of the Cell, 5th edition, Garland Sci 1392 pp

Wilson J, Hunt T (2007) Molecular Biology of the Cell – The Problems Books, 5th edition, Garland Sci

Lodish H et al. (2012) Mol Cell Biology, 7th edition, W H Freeman Comp NY 973 pp

Prerekvizita pre štátnu skúšku - Molekulárna biológia a genetika mikroorganizmov a vírusov

Predmet končí písomnou skúškou, ktorá je hodnotená štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Všeobecné poznatky a genetický systém eukaryotických mikroorganizmov. Štruktúra buniek, spôsob rozmnožovania, morfológia buniek a populácií. Genetický systém eukaryotických mikroorganizmov. Membránové štruktúry buniek - funkcie, transportné systémy. Životný cyklus kvasiniek. Diferenciačné programy životného cyklu. Bunkový cyklus, fázy, diagnostické znaky, genetická kontrola bunkového cyklu, mutanty cdc, funkčná mapa bunkového cyklu, G1 - uzlová kontrola diferenciácie, Konjugácia, meióza a sporulácia u kvasiniek. Genetika párovacích typov. Genetická analýza na úrovni genómu, meiotická analýza, mitotická analýza, tetrádová analýza. Mitochondrie, mtDNA. Plazmidy. Typy DNA a RNA plazmidov, smrtiace toxíny - spôsob účinku; smrtiace DNA plazmidy. Prióny kvasiniek. Modelové prvoky. Sexuálne rozmnožovanie vláknitých húb. Signálne dráhy, enviromentálny stimul a sekundárny metabolizmus u vláknitých húb. Apikálny rast a konidiácia. Interakcia vláknitých húb (huba - rastlina, huba - huba, huba – živočíšna bunka). Princípy izolačných postupov pre DNA izoláciu, princíp kvantifikácie nukleových kyselín (spektrofotometrická, fluorescenčná), princíp polymerázovej reťazovej reakcie. Princíp elektroforetickej separácie nukleových kyselín, princíp Sangerovho sekvenovania, modelové príklady vyhodnocovania sekvenačných dát. Popis a charakteristika rôznych RNA, štruktúra RNA, úloha RNA, vlastnosti RNA, spôsoby kvalitatívnej a kvantitatívnej analýzy RNA, princípy izolačných postupov pre RNA izoláciu. Princíp qPCR analýzy, spôsoby detekcie, absolútna a relatívna kvantifikácia RNA, výpočty a dizajn experimentu, práca s vyhodnocovacími softvérmi, analýza dát.

Prednáškový cyklus je zameraný na prehľad o základných vlastnostiach eukaryotických mikroorganizmov, o ich morfológii, fyziológii, rozmnožovaní a genetickom systéme. Študenti získajú poznatky o diferenciácii eukaryotických mikroorganizmov, bunkovom cykle, konjugácii, sporulácii, genetickej analýze, extrachromozomálnych genetických systémoch. Na praktických cvičeniach si študenti osvoja základné molekulárno – biologické metódy a oboznámia sa s možnosťami ich aplikácie na štúdium molekulovej biológie eukaryotických mikroorganizmov. Náplňou seminára bude oboznámenie študentov s princípmi izolačných postupov DNA, RNA, princípmi elektroforetickej separácie nukleových kyselín a Sangerovho sekvenovania. Študenti získajú poznatky o správnom dizajne experimentov.

Forma výučby: prednáška/cvičenie

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2/2 Za obdobie štúdia: 28/28

Metóda štúdia: prezenčná

Jela Mistríková (2005): Patogenéza vírusových infekcií. UK- Bratislava. ISBN 80-223-1901-5. 149s.

Rajčáni,J. A Čiampor,F.(2007): Lekárska virológia. SAP-Bratislava, ISBN 80-224-0911-1, 574 strán.

Prerekvizita pre štátnu skúšku - Lekárska mikrobiológia a virológia

Záverečná skúška je podmienená ukončením praktickej skúšky z praktických cvičení

s minimálnym hodnotením E. Záverečná skúška pozostáva z ústnej rozpravy, ktorá je hodnotená

štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Vstupné brány vírusovej infekcie, vysvetlenie základných pojmov. Úloha imunitného systému pri vírusových infekciách. Vírusové infekcie dýchacieho traktu. Vírusové infekcie tráviaceho traktu. Vírusové hepatitídy. Vírusové infekcie nervového systému. Vírusy napádajúce bunky lymfatického systému. Kongenitálne vírusové infekcie. Vírusy a nádory. Prióny a neurodegeneratívne ochorenia. Diagnostika vírusových infekcií. Imunoprofylaxia a liečba vírusových infekcií.

Cieľom predmetu je vysvetliť spôsoby šírenia vírusov v populácii ľudí, mechanizmy ako aj cesty šírenia vírusov v infikovanom organizme, spôsoby imunitnej odpovede na infekciu s následným vyzdravením, navodením latentnej , perzistentnej infekcie alebo tvorby nádorov. Interakcia vírusu s organizmom stavovcov sa bude sledovať v rámci cvičení na modeli myšacím herpetickým vírusom infikovaných laboratórnych BALB/c myší (analógia EBV infekcie človeka).

Forma výučby: seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 28

Metóda štúdia: prezenčná

Alberts, Bruce., (2008) Molecular biology of the cell, 5th Edition, Garland Science. Lodish,

Harvey F., (2013) Molecular cell biology, 7th Edition, W.H. Freeman and Co. Vasco Azevedo, Debmalya Barh: Omics Technologies and Bio-engineering 2017

Internetovézdroje, databázy a online nástroje.

Vypracovanie modelovej úlohy. Hodnotenie bude udeľované následovne: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Nukleotidové a proteínové databázy. Bioinformatická analýza transkriptómov a proteómov, porovnávanie sekvencií. Polymerázová reťazová reakcia (PCR). Princíp, podmienky, design

primerov. Enzýmy v technikách rekombinantných DNA. Restriktázy, metylázy, DNA a RNA polymerázy, reverzné transkriptázy, ligázy. Stanovenie reštrikčného profilu DNA. Spracovanie výsledkov experimentov, dokumentácia formou tabuliek, grafov, obrázkov, prezentácia výsledkov. Microsoft Office, grafické programy, štatistika.

Cieľom seminára je riešenie modelových úloh v rámci molekulárnej mikrobiológie, ktorá je zameraná na základné metódy využívané v molekulárno-biologických, genetických a biotechnologických laboratóriách ako aj analýzu dát. Seminár je nápomocný pre pochopenie základných metód používaných v molekulárnej biológii (napr. izolácia, purifikácia a elektroforetická separácia nukleových kyselín, polymerázová reťazová reakcia, sekvenácia nukleových kyselín, rastová krivka, kalibračná krivka, výpočtové úlohy zamerané na prípravu laboratórnych roztokov, analýza chemických a molekulových vlastností vzoriek, navrhovanie primerov atď.). Kurz je pomôckou študentov pre ich orientáciu v laboratóriu.

Forma výučby: prednášky

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 28

Metóda štúdia: prezenčná

M. Obernauerová: Biotechnológia, vybrané kapitoly; Vydavateľstvo UK, Bratislava, 2019, ISBN: 978-80-223-4493-7

N.J.Dimmock, A.J.Easton and K.N.Leppard: Introduction to modern virology,2016, ISBN:978- 1-119-97810-7

Záverečná skúška pozostáva z písomnej previerky, ktorá je hodnotená štandardným spôsobom:

A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Vznik a vývoj biotechnológie. Vlastnosti a šľachtenie produkčných mikroorganizmov. Surovinová základňa v biotechnológiách. Fermentačné procesy 1 – výroba mikrobiálnej biomasy a etanolu. Fermentačné procesy 2 – výroba piva a vína. Mikrobiálne biotransformácie a remediácie. Využitie biotechnológie pri výrobe enzýmov a primárnych mikrobiálnych metabolitov – organické kyseliny, aminokyseliny, vitamíny. Využitie biotechnológie pri príprave antibiotík. Úvod do mikrobiológie potravín a ochorenia spojené s potravinami. Kontrola kvality potravín a legislatíva potravinárskej mikrobiológie. Príprava antivírusových vakcín. Rekombinantné vírusy a vírusové vektory využívane v terapii.

Prednášky sú rozdelené do dvoch tematických celkov. V prvej časti študenti získajú poznatky o využití mikroorganizmov v priemyselných biotechnológiách a výrobe potravín. Študenti sa dozvedia o histórii mikrobiálnych biotechnológii, využití mikroorganizmov a ich šľachtení pre priemyselné využitie či o fermentačných procesoch alebo procesoch biodegradácie či biotransformácie. Ďalej sú prednášky zamerané na potravinársku biotechnológiu a zahŕňajú informácie o najčastejšie sa vyskytujúcej mikroflóre kontaminujúcej potraviny a o klasických mikrobiologických a moderných molekulárno-biologických metódach používaných na ich detekciu v praxi. Druhá časť predmetu sa venuje využitiu biotechnológii v modernej virológií. Študenti získajú informácie o najnovších technológiách, ktoré sa využívajú na prípravu rôznych anti-vírusových vakcín, výroby vakcín zo živým alebo atenuovaným vírusom, príprave subjednotkovej a rekombinantnej vakcíny. Dozvedia sa o rekombinantných vírusoch a vírusových vektorov, ktoré nachádzajú uplatnenie v nádorovej terapii a prevencii infekčných ochorení.

Forma výučby: cvičenie

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 4 Za obdobie štúdia: 56

Metóda štúdia: prezenčná

Aktuálna periodická vedecká literatúra podľa zamerania projektu diplomovej práce.

Predmet zahŕňa 4h priamej výuky a odporúča minimálny počet 8h nepriamej výuky týždenne.

Predmet sa hodnotí podľa aktivity študenta pri získavaní a hodnotení vlastných experimentálnych výsledkov podľa zamerania projektu diplomovej práce. Na získanie hodnotenia A (100-92 %) študent získava experimentálne výsledky samostatne, na získanie B (91-84 %) študent získava experimentálne výsledky s minimálnou pomocou učiteľa, na získanie C (83-76 %) študent získava experimentálne výsledky s väčšou pomocou učiteľa, na získanie D (75-68 %) študent získava experimentálne výsledky s výraznou pomocou učiteľa, na získanie E (67-60 %) študent získava experimentálne výsledky s minimálnou vlastnou aktivitou. Hodnotenie nebude udelené študentovi, ktorý vlastným pričinením nedosiahne žiadne experimentálne výsledky.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Priama výuka je definovaná ako práca so školiteľom, nepriama výuka ako samostatná práca v laboratóriu, vyhodnocovanie a spracovanie výsledkov, príprava podkladov pre diplomovú prácu.

Práca so školiteľom a samostatná práca; realizácia laboratórnych experimentov a osvojenie si metodických prístupov nevyhnutných pre získanie podkladov a dát, ktorých povaha vyplýva so zamerania diplomovej práce.

Vlastná experimentálna práca študenta podľa navrhnutého projektu diplomovej práce.

Forma výučby: cvičenie

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 6 Za obdobie štúdia: 84

Metóda štúdia: prezenčná

Aktuálna periodická vedecká literatúra podľa zamerania projektu diplomovej práce.

Predmet zahŕňa 6h priamej výuky a odporúča minimálny počet 10h nepriamej výuky týždenne. Predmet sa hodnotí podľa aktivity študenta/študentky pri získavaní a hodnotení vlastných experimentálnych výsledkov podľa zamerania diplomovej práce. Na získanie hodnotenia A (100-92 %) študent získava experimentálne výsledky samostatne; na získanie B (91-84 %) študent získava experimentálne výsledky s minimálnou pomocou učiteľa; na získanie C (83-76 %) študent získava experimentálne výsledky s väčšou pomocou učiteľa; na získanie D (75-68 %) študent získava experimentálne výsledky s výraznou pomocou učiteľa; na získanie E (67-60 %) s minimálnou vlastnou aktivitou študenta pri získavaní experimentálnych výsledkov. Hodnotenie nebude udelené študentovi, ktorý vlastným pričinením nedosiahne žiadne experimentálne výsledky.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Priama výuka je definovaná ako práca so školiteľom, nepriama výuka ako samostatná práca v laboratóriu, vyhodnocovanie a spracovanie výsledkov, príprava podkladov pre diplomovú prácu, písanie diplomovej práce.

Práca so školiteľom a samostatná práca; finalizácia laboratórnych experimentov súvisiacich so získavaním podkladov a dát, podľa zamerania diplomovej práce. Vyhodnotenie a adekvátna interpretácia získaných výsledkov. Finalizácia predpísaných častí textu diplomovej práce a jej príprava na predloženie k obhajobe.

Spracovanie a interpretácia získaných experimentálnych údajov počas experimentálnej práce študenta v súlade s projektom diplomovej práce.

Forma výučby: cvičenie

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 4 Za obdobie štúdia: 56

Metóda štúdia: prezenčná

Aktuálna periodická vedecká odborná literatúra podľa zamerania diplomovej práce.

Predmet zahŕňa 4h priamej výuky a odporúča minimálny počet 8h nepriamej výuky týždenne. Predmet sa hodnotí podľa aktivity študenta/študentky pri získavaní a hodnotení vlastných experimentálnych výsledkov podľa zamerania diplomovej práce. Na získanie hodnotenia A (100-92 %) študent získava experimentálne výsledky samostatne; na získanie B (91-84 %) študent získava experimentálne výsledky s minimálnou pomocou učiteľa; na získanie C (83-76 %) študent získava experimentálne výsledky s väčšou pomocou učiteľa; na získanie D (75-68 %) študent získava experimentálne výsledky s výraznou pomocou učiteľa; na získanie E (67-60 %) s minimálnou vlastnou aktivitou študenta pri získavaní experimentálnych výsledkov. Hodnotenie nebude udelené študentovi, ktorý vlastným pričinením nedosiahne žiadne experimentálne výsledky.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Priama výuka je definovaná ako práca so školiteľom, nepriama výuka ako samostatná práca v laboratóriu, vyhodnocovanie a spracovanie výsledkov, príprava podkladov pre diplomovú prácu.

Práca so školiteľom a samostatná práca; realizácia laboratórnych experimentov a osvojenie si metodických prístupov nevyhnutných pre získanie výsledkov a dát, ktorých povaha vyplýva so zamerania diplomovej práce.

Vlastná experimentálna práca študenta/študentky podľa navrhnutej témy diplomovej práce.

Forma výučby: cvičenie

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 6 Za obdobie štúdia: 84

Metóda štúdia: prezenčná

Aktuálna periodická vedecká literatúra podľa zamerania projektu diplomovej práce.

Predmet zahŕňa 6h priamej výuky a odporúča minimálny počet 10h nepriamej výuky týždenne. Predmet sa hodnotí podľa aktivity študenta/študentky pri získavaní a hodnotení vlastných experimentálnych výsledkov podľa zamerania diplomovej práce. Na získanie hodnotenia A (100-92 %) študent získava experimentálne výsledky samostatne; na získanie B (91-84 %) študent získava experimentálne výsledky s minimálnou pomocou učiteľa; na získanie C (83-76 %) študent získava experimentálne výsledky s väčšou pomocou učiteľa; na získanie D (75-68 %) študent získava experimentálne výsledky s výraznou pomocou učiteľa; na získanie E (67-60 %) s minimálnou vlastnou aktivitou študenta pri získavaní experimentálnych výsledkov. Hodnotenie nebude udelené študentovi, ktorý vlastným pričinením nedosiahne žiadne experimentálne výsledky.

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Priama výuka je definovaná ako práca so školiteľom, nepriama výuka ako samostatná práca v laboratóriu, vyhodnocovanie a spracovanie výsledkov, príprava podkladov pre diplomovú prácu.

Práca so školiteľom a samostatná práca; realizácia laboratórnych experimentov a osvojenie si metodických prístupov nevyhnutných pre získanie podkladov a dát, ktorých povaha vyplýva so zamerania diplomovej práce.

Vlastná experimentálna diplomová práca študenta podľa navrhnutého projektu práce.

Forma výučby: prednáška/cvičenie

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2/2 Za obdobie štúdia: 28/28

Metóda štúdia: prezenčná

Tom Walsh, Randall Hayden, Davise Larone: Larone's Medically Important Fungi, American Society for Microbiology, 2018, ISBN: 9781555819873.

Joseph Heitman, Barbara J. Howlett, Pedro W. Crous, Eva H. Stukenbrock, Timothy Y. James,

Neil A. R. Gow:The Fungal Kingdom, 2017, American Society for Microbiology Print ISBN : 9781555819576.

Aktuálne internetové zdroje

Záverečná skúška je podmienená ukončením praktickej skúšky z praktických cvičení s minimálnym hodnotením E. Záverečná skúška pozostáva z ústnej rozpravy, ktorá je hodnotená štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v slovenskom a anglickom jazyku)

Predmet zahŕňa niekoľko nasledovných okruhov: História mykológie, základy terminológie používanej v mykológii, izolácia húb z pôdy, vody, zo vzduchu, z potravín a z klinického materiálu, kultivácia a uchovávanie mikroskopických húb; Štruktúra, zloženie a úloha bunkovej steny mikroskopických húb, štruktúra, zloženie a úloha cytoplazmovej membrány, organel a cytoskeletonu, pravé a nepravé mycélium; Základy metabolizmu a produkcia exoenzýmov; Nepohlavná a pohlavná sporulácia nižších a vyšších mikroskopických húb; Systém mikroskopických húb; Dimorfizmus a patogenitata, faktory virulencie; Najvýznamnejšie fungálne patogény a terapia fungálnych infekcií, mechanizmy účinku a rezistencie voči klinicky používaným antifungálnym látkam; Základné postupy pri identifikácii klinicky významných mikroskopických húb; Mykotoxíny a sekundárne metabolity; Mikroskopické huby a ich vzťah s inými organizmami, parazitizmus a symbióza.

Študenti sa oboznámia so základnými poznatkami z oblasti života mikroskopických húb, systematickým zaradením a významom z hľadiska priemyslu a medicíny. Podrobnejšie sa oboznámia s históriou mykológie, základnou terminológiou používanou v mykológii, izoláciou húb z pôdy, vody, zo vzduchu, potravín a klinického materiálu, kultiváciou a uchovávaním kultúr mikroskopických húb ako aj ich morfológiou, metabolizmom, rozmnožovaním, systémom, najvýznamnejšími patogénmi, antifungálnymi látkami a mechanizmami rezistencie voči nim a sekundárnymi metabolitmi.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 28

Metóda štúdia: prezenčná

J.J. Ou and T.S.Benedict Yen;Human oncogenic viruses

L.J.Rosenthal: Mechanisms of DNA tumor virus transformation

N.J.Dimmock, A.J.Easton and K.N.Leppard: Introduction to modern virology

a odborná literatúra podľa odporúčania jednotlivých vyučujúcich

Na konci semestra bude záverečná skúška, ktorá pozostáva z ústnej rozpravy a je hodnotená štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Imortalita, transformácia a tumorogenéza. RNA onkogénne vírusy. DNA onkogénne vírusy. Retrovírusy – experimentálny model a ich výskyt v nádoroch. Vírusy asociované s rakovinou pľúc. Papiloma-, polioma- a adenovírusy: experimentálne modely na študovanie nádorov. Úloha herpetických vírusov v onkogenéze. Vírusy hepatitídy a rakovina pečene. Apoptóza - signálne dráhy. Možnosť kontroly vírus asociovanej rakoviny. Rekombinantné vírusy a antivírusová terapia. Vakcíny a imunoterapia: prevencia vírusových ochorení.

V rámci predmetu študent získa teoretické vedomosti o princípoch transformácie eukaryotickej bunky po infekcii onkovírusmi, budú rozobrané mechanizmy pôsobenie RNA onkovírusov a DNA onkovírusy, jednotlivé onkogény a mechanizmy indukcie onkogenézy, retrovírusy ako ideálny model pri štúdiu mechanizmu nádorovej transformácie, výskyt retrovírusov v nádoroch, študenti zistia ako vírusy súvisia s vývojom rakoviny pľúc a pečene. Nadobudne prehľad od úlohe herpetických vírusoch v onkogenéze. Dozvie sa o signálnych dráhach zapojených v apoptóze buniek a využití získaných poznatkov pri príprave rekombinantných vírusoch, ktoré nachádzajú uplatnenie v antivírusovej terapii a prevencii vírusových ochorení.

Forma výučby: cvičenie

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 3 Za obdobie štúdia: 42

Metóda štúdia: prezenčná

Šupolíková (2014) Cvičenia z imunológie. Vybrané imunologické metódy, vyd. UK Bratislava, ISBN 9788022335362;

Buc (2012) Základná a klinická imunológia, vyd. VEDA SAV, ISBN 9788022412353;

Chapel (2018) Základy klinické imunologie, 6.vyd., Triton, ISBN 9788075533968;

Mahajan (2019) Immunology Laboratory Testing An Issue of the Clinics in Laboratory Medicine, AP Elsevier, ISBN 9780323711579;

Male (2020) Immunology, 9e AP Elsevier, ISBN 9780702078446.

Predmet sa končí zápočtovým testom, ktorý je hodnotený štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský, český v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v anglickom jazyku)

Prehľad a princípy najčastejšie dostupných a používaných imunologických metód vo virológii a mikrobiológii založených na špecifickej reakcii antigénu s protilátkou. Metódy na kvantitatívne stanovenie antigénu alebo protilátky. Modifikácie enzýmových imunoanalýz: Priama ELISA. Nepriama ELISA. Kompetitívna ELISA. ELISA na bunkových líniách. ELISPOT (enzyme-linked immunospot assay). Testovanie protilátok v imunoprecipitácii. Imunoprecipitácia chromatínu (ChIP). Imunoprecipitácia RNA (RIP). Detekcia vírusového antigénu pomocou nepriamej imunoflurescencie. Stanovenie infekčného titra imuno-plakovou metódou. Identifikácia vírusového antigénu metódou imunoblotingu. Detekcia vírusu pomocou reverzno-transkripčnej polymerázovej reťazovej reakcie (RT-PCR). Príprava monoklonových protilátok hybridómovou technológiou.

Študenti sa oboznámia s princípmi náročnejších imunologických a imunochemických metód používaných v biologickom laboratóriu, zameraných predovšetkým na reakcie antigénu s protilátkou (napr. dôkaz vírusu ako antigénu v reakcii so špecifickou protilátkou). Prakticky si precvičia rôzne imunologické, imunochemické a molekulárno-biologické metódy, napr. rôzne modifikácie enzýmových imunoanalýz vrátane ELISPOT, rôzne typy imunoprecipitácií, imunofluorescenčné metódy priame a nepriame, imunoblotovacie metódy, rôzne detekčné metódy a iné.

Forma výučby: prednáška

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 28

Metóda štúdia: prezenčná

Ondriska F.: Lexikón lekárskej parazitológie, Vyd. HPL spol. s.r.o. Bratislava, 2012, ISBN 978- 80-970873-3-3.

Ondriska, F., Kaiglová, A., Boldiš, V. Vybrané kapitoly z klinickej parazitológie všeobecnej a špeciálnej a laboratórnych vyšetrovacích metód. Bratislava, Trnava: VEDA, 2019. -105 s.- ISBN 978-80-568-0377-6.

Ondriska, F., Boldiš, V., Garajová, M., Mrva., M. Klinická parazitológia.1. vyd. Bratislava UK Prírodovedecká fakulta, 2016. - 233 s.- ISBN 978-80-223-4217-9.

Predmet sa končí písomnou skúškou, ktorá je hodnotená štandardným spôsobom: A (100-92 %); B (91-84 %); C (83-76 %); D (75-68 %); E (67-60 %); FX (59-0 %).

Slovenský v kombinácii s anglickým (študijná literatúra v slovenskom a anglickom jazyku)

Terminológia používaná v odbore parazitológia, priame a nepriame metódy skúmania parazitov - prvokov, helmitov a článkonožcov. Životné cykly a jednotlivé štádiá vývinu klinicky významných parazitov. Špecifické diagnostické znaky parazitov nevyhnutné pre správne objektívne stanovenie parazitárnej diagnózy. Základy taxonómie parazitov, vedecké názvoslovie a nomenklatúra parazitóz. Princípy diagnostiky ako farbiace metódy, mikroskopický dôkaz, sedimentačno- či flotačno-koncentračné techniky, Kato, dôkaz DNA parazitov pomocou PCR a sérologický dôkaz špecifických anti-parazitárnych protilátok. Základy liečby a prevencie. Návšteva klinického laboratória.

Kurz poskytne študentom všeobecný prehľad z lekárskej parazitológie – najmä ide o všeobecnú charakteristiku črevných, krvných, taknivových prvokov a helmintov i ektoparazitov. Ďalej je orientovaný na princípy diagnostiky parazitárnych infekcií, ich rozšírenie a liečbu. V rámci výuky sa umožní študentom návšteva klinického laboratória zameraného na diagnostiku parazitárnych ochorení.

Podmienky na absolvovanie predmetu:

Podmienkou na absolvovanie seminára bude aktívna účasť študentov na hodinách seminára a vypracovanie seminárnych zadaní. Hodnotená bude schopnosť študentov spracovať, prezentovať a diskutovať prezentovanú odbornú tému. Hodnotenie bude udelené nasledovne: A (92-100 %); B (84-91 %), C (76-83 %); D (68-75 %); E (60-67 %). V každom hodnotení je zahrnutá aj aktivita študenta/študentky v diskusiách vedených v priebehu seminára počas celého semestra. Hodnotenie nebude udelené študentovi, ktorý získa menej ako 60 % bodov.

Slovenský v kombinácii s anglickým

Stručná osnova predmetu:

Odborný seminár 1 obsahuje tematické okruhy v rámci mikrobiológie. Prvá polovica seminárov bude zahŕňať prednášky z aktuálnych trendov v mikrobiológii (príprava nanomateriálov, fotodynamická inaktivácia, kombinované terapia, nozokomiálne infekcie a biofilm, rozbrazovanie techniky v mikrobiológii, prietoková cytometria, molekulárna analýza expresia génov virulencie a rezistencie...). V druhej polovici semináru budú študenti diskutovať aj najnovšie zaujímavé publikácie aktuálneho semestra, ktoré vyšli v rámci mikrobiológie.

Výsledky vzdelávania:

Seminár sa zameriava hlavne na oboznámenie študentov s aktuálnym výskumom v oblasti mikrobiológie a virológie a tiež s novými metódami a postupmi v laboratóriu, ktoré budú študentom v rámci semináru prezentované. Náplňou seminára sú prednášky pozvaných mikrobiológov a virológov ako aj prezentácia študentov a ich výskumu.

Podmienky na absolvovanie predmetu:

Podmienkou na absolvovanie seminára bude aktívna účasť študentov na hodinách seminára a vypracovanie seminárnych zadaní. Hodnotená bude schopnosť študentov spracovať, prezentovať a diskutovať prezentovanú odbornú tému. Hodnotenie bude udelené nasledovne: A (92-100 %); B (84-91 %), C (76-83 %); D (68-75 %); E (60-67 %).V každom hodnotení je zahrnutá aj aktivita študenta/študentky v diskusiách vedených v priebehu seminára počas celého semestra. Hodnotenie nebude udelené študentovi, ktorý získa menej ako 60 % bodov.

Slovenský v kombinácii s anglickým

Stručná osnova predmetu:

Odborný seminár 2 obsahuje tematické okruhy v rámci virológie. Prvá polovica seminárov bude zahŕňať prednášky z aktuálnych trendov vo virológii a imunológii (výroba a príprava vakcín, DNA a RNA vírusy, antivirotiká, imunitná odpoveď organizmu na infekciu...). V druhej polovici semináru budú študenti diskutovať aj najnovšie zaujímavé publikácie aktuálneho semestra, ktoré vyšli v rámci virológie a imunológie.

Výsledky vzdelávania:

Odborný seminár 2. obsahovo nadväzuje na Odborný seminár 1. Seminár sa zameriava hlavne na oboznámenie študentov s aktuálnym výskumom v oblasti mikrobiológie a virológie a tiež s novými metódami a postupmi v laboratóriu, ktoré budú študentom v rámci semináru prezentované. Náplňou seminára sú prednášky pozvaných mikrobiológov a virológov ako aj prezentácia študentov a ich výskumu.

Podmienky na absolvovanie predmetu:

Podmienkou na absolvovanie seminára bude aktívna účasť študentov na hodinách seminára a vypracovanie seminárnych zadaní. Hodnotená bude schopnosť študentov spracovať, prezentovať a diskutovať prezentovanú odbornú tému. Hodnotenie bude udelené nasledovne: A (92-100 %); B (84-91 %), C (76-83 %); D (68-75 %); E (60-67 %).V každom hodnotení je zahrnutá aj aktivita študenta/študentky v diskusiách vedených v priebehu seminára počas celého semestra. Hodnotenie nebude udelené študentovi, ktorý získa menej ako 60 % bodov.

Slovenský v kombinácii s anglickým

Stručná osnova predmetu:

Odborný seminár 3 obsahuje tematické okruhy v rámci mikrobiológie a virológie. Prvá polovica seminárov bude zahŕňať prednášky z aktuálnych trendov v mikrobiológii a virológii V druhej polovici semináru budú študenti diskutovať najnovšie zaujímavé publikácie aktuálneho semestra, ktoré vyšli v rámci mikrobiológie a virológie a taktiež sa naučia hľadať relevantné literárne zdroje v rámci publikovania svojich výskumov. Diskutovať sa ďalej budú možnosti zahraničných stáží či mobilít v rámci štúdia a tiež nové techniky v analýze spracovania dát.

Výsledky vzdelávania:

Odborný seminár 3 zhŕňa aktuálne trendy a poznatky v rámci mikrobiológie a virológie. Seminár sa zameriava hlavne na oboznámenie študentov s aktuálnym výskumom v oblasti mikrobiológie a virológie a tiež s novými metódami a postupmi v laboratóriu, ktoré budú študentom v rámci semináru prezentované. Náplňou seminára sú prednášky pozvaných mikrobiológov a virológov ako aj prezentácia študentov a ich výskumu.

Forma výučby: seminár

Odporúčaný rozsah výučby (v hodinách):

Týždenný: 2 Za obdobie štúdia: 26

Metóda štúdia: kombinovaná

Súbory zozbieraných materiálov pre jednotlivé odbory, ktoré pripravia/vypracujú vyučujúci KJA

Podmienkou na absolvovanie predmetu je účasť na seminároch, systematická príprava a odovzdanie vypracovaných tém podľa dohodnutého harmonogramu.

Hodnotiaca škála je nasledovná:

A (100-92%, výborne – vynikajúce výsledky),

B (91-84%, veľmi dobre – nadpriemerný štandard),

C (83-76%, dobre – bežná spoľahlivá práca),

D (75-68%, uspokojivo – prijateľné výsledky),

E (67-60%, dostatočne – výsledky spĺňajú minimálne kritériá),

Fx (59-0%, nedostatočne – vyžaduje sa ďalšia práca navyše)

Anglický, minimálne B2 úroveň

Príprava na jazykové požiadavky príslušných študijných odborov a rozvoj všetkých

jazykových zručností na základe učebných materiálov, ktoré vypracujú, resp. pripravia

vyučujúci Katedry jazykov.

o Čítanie akademických článkov s porozumením

o Morfologicko-syntaktická analýza vedeckého textu

(používanie časov v jednotlivých častiach vedeckého článku, trpný rod, nominalizácia,

predložkové spojenia, spojky/pomlčky, hedging - predbežné tvrdenia, písanie názvov

článkov, ...)

o Sumarizácia vedeckého článku

o Prezentácia vedeckého článku